В марте 1940 г. наконец-то было подтверждено решение включить "Армстронг-Уитворт" в производство "Манчестеров" и дан заказ на 300 этих бомбардировщиков. Однако в мае необходимость сосредоточения производства на уже освоенных типах машин стала очевидна. В итоге, стали думать о заказе вдобавок еще 300 "Уитли". Примерно в это же самое время лорд Бивербрук (только что назначенный министром авиационной промышленности) заявил, что главный приоритет получит выпуск пяти имеющихся типов самолетов, в которые вошел и "Уитли" (вместе с "Веллингтоном", "Бленхеймом", "Спитфайром" и "Харрикейном"). Результатом приказа Бивербрука явилось то, что планировавшийся новый заказ на "Уитли" удвоился до 600, поскольку производство "Манчестеров" оставалось под сомнением в связи с дискуссией о возможном переходе на его четырехмоторный вариант (с "Мерлинами"). Заказ "Армстронг-Уитворт" на 300 бомбардировщиков фирмы "Авро" опять превратился в "Уитли". Это довело суммарный заказ до 1562 самолетов; прекращение выпуска их предполагалось в марте 1942 г.

Фактически "Ланкастер" ("четырехмоторный "Манчестер"") все-таки сменил "Уитли" на заводе "Армстронг-Уитворт", но задержек на этом пути было немало. Хотя первый "Ланкастер" был готов в Ковентри в августе 1942 г., пришлось размещать дополнительные заказы на "Уитли", чтобы загрузить производственные мощности до полного освоения новой машины. В 1941-42 гг. были заказаны партии из 100 и 150 самолетов соответственно, что довело общий итог до 1812 штук (исключая два прототипа и 120 бомбардировщиков, исключенных из заказа 1936 г.).

Поставка "Уитли" V началась в августе 1939 г. Это позволило полностью оснастить 51-ю и 78-ю эскадрильи (которые имели по несколько "Уитли" IV) самолетами модификаций с моторами "Мерлин". В первые несколько месяцев войны "Уитли" V получили 10-я, 51-я, 58-я, 77-я и 102-я эскадрильи. Модификации с моторами "Тайгер" были переведены на решение второстепенных задач, включая переучивание. Один "Уитли" II (К7243) был использован как летающий стенд для испытаний мотора Армстронг-Сиддли "Дирхаунд" – 21- цилиндрового звездообразного двигателя воздушного охлаждения, который должен был дать 1500 л. с. "Дирхаунд" летал только на "Уитли", начиная с января 1939 г. Охлаждение задних рядов цилиндров было постоянной проблемой. До марта 1940 г., когда самолет разбился, существенного прогресса добиться не удалось, и работа над "Дирхаундом" была прекращена.

К осени 1939 г. эскадрильи, вооруженные "Уитли", были сведены в 4-ю группу Бомбардировочного командования со штабом в Линтон-он-Оуз. Однако только пять из девяти частей можно было использовать в роли ночных бомбардировщиков – 10-ю, 51-ю, 58-ю, 77- ю и 102-ю. Из других 7-я как раз перевооружалась на "Хэмпден", 78-я обрела боеспособность в 1940 г. и в то время переходила с "Уитли" I на "Уитли" IV, 97-я и 166-я использовались как запасные; позднее их объединили в 10- ю часть боевой подготовки – первую часть, осуществлявшую таковую на "Уитли".

"Уитли" быстро вступили в действие, но таким способом, который не внес большого вклада в войну. Это произошло из-за наложенных правительством ограничений бомбовых ударов по территории Германии. Поэтому, когда 10 "Уитли" III из 51-й и 58-й эскадрилий (временно действовавших из Ленконфилда, пока в Линтоне строили бетонные полосы) отправились на первое (во всем Бомбардировочном командовании) боевое задание в ночь с 3 на 4 сентября 1939 г., они несли только пропагандистские листовки, которые были загружены еще 1 сентября, когда была объявлена общая мобилизация. 13 тонн бумаги, выброшенные через трубы для осветительных ракет и нижние турели, упали на Гамбург, Бремен и города Рура. Это был первый из многих подобных полетов (под кодовым названием "Никель"), совершенных "Уитли" 4- й группы в последующие несколько месяцев. Три "Уитли" IV из 10-й эскадрильи в рамках операции "Никель" побывали над Берлином в ночь с 1 на 2 октября – самолеты Бомбардировочного командования впервые появились над германской столицей.

Начиная с ночи 12-13 декабря 1939 г., "Уитли" патрулировали над базами немецких гидросамолетов в Боркуме, Силте и Норденее на Фризских о-вах, с которых поплавковые Не 115 летали на постановку мин. Существовал запрет на атаку наземных целей, но бомбы иногда сбрасывались на огни, подсвечивавшие посадку гидросамолетов. Первый английский налет на сухопутную цель был осуществлен ночью 19-20 марта 1940 г. 30 "Уитли" из 10-й, 51-й, 77-й и 102-й эскадрилий вместе с 20 "Хэмпденами" из 5-й группы атаковали базу гидросамолетов в Горкуме (Силт). Один "Уитли" был потерян, а последующая разведка показала, что удар был неэффективен. Следующий произошел в ночь с 10 на 11 мая, когда восемь "Уитли" из 77-й и 102-й эскадрилий атаковали железные и шоссейные дороги и мосты в Германии в попытке нарушить транспортную связь с Голландией. За этим первым налетом на территорию собственно Германии на следующую ночь последовал второй, более мощный удар по железнодорожным объектам возле Монхенгладбаха. Через три дня все ограничения были сняты, и началась стратегическая бомбардировочная кампания против Германии.

В последующие два года "Уитли" 4- й группы сыграли определенную роль в ночных операциях, хотя уже на этой "двухмоторной" стадии воздушного наступления все большее значение приобретали "Веллингтоны". "Уитли", наряду с "Веллингтонами" и "Хэмпдена- ми", были среди 81 самолета, ночью 25- 26 августа 1940 г. посланного на Берлин (это был первый налет на столицу Германии), а ранее, в ночь с 11 на 12 июня 10-я, 51-я, 58-я, 77-я и 102-я эскадрильи направили свои самолеты на цели в Италии. Они перелетели Альпы и атаковали Турин и Геную. А рейд на Остенд ночью 29-30 апреля 1942 г. был последней операцией "Уитли" в строевых эскадрильях Бомбардировочного командования. Это произошло примерно за год до прекращения производства бомбардировщиков "Уитли" V. Позднее "Уитли" иногда участвовали в операциях над территорией противника – например, когда самолеты из частей боевой подготовки привлекались в первые "рейды 1000 бомбардировщиков" или когда "Уитли" из 38-й группы участвовали в операции Никель", ожидая перехода на обслуживание воздушно-десантных частей.

Среди самолетов, выпущенных в Бэгинтоне в 1941-42 гг., было 146 самолетов "Уитли" VII. Этот номер обозначал модификацию, специально оборудованную для службы в Береговом командовании. Последнее начало использовать "Уитли" V с 1940 г. в качестве замены для Авро "Энсон". Основными изменениями были увеличение запаса горючего, установка радиолокатора ASV MkIl, антенны которого стояли на верху и бортах фюзеляжа и под крыльями, и место для шестого члена экипажа, который сидел боком в центральной части фюзеляжа и обслуживал радиолокатор. Вместе с имевшимся ранее вспомогательным баком в переднем бомбоотсеке "Уитли" VII нес четыре дополнительных бака в задней части фюзеляжа; всего запас топлива составлял 5000 л, что давало дальность в 3700 км. Скорость упала до 346 км/ч из-за дальнейшего роста полного веса (до 15413 кг) и дополнительного сопротивления антенн. Скороподъемность была немного хуже, чем у "Уитли V" – "Уитли" VII тратил 22 мин. на подъем на высоту 3658 м при нормальном весе.