Хотя Пожарский по-прежнему оставался главным воеводой ополчения, однако будучи человеком, приверженным старым порядкам, в земском совете он сам усадил на первые места более знатных, по его мнению, людей. Теперь на грамотах, рассылаемых из Ярославля по городам, первая подпись принадлежала боярину Василию Петровичу Морозову, который в бытность казанским воеводой присягнул Тушинскому вору, вторая — боярину князю Владимиру Тимофеевичу Долгорукому, незадолго до того оставившему лагерь семибоярщины, третья — окольничему Семёну Васильевичу Головину, одному из тех, кто впустил польский гарнизон в Кремль. Четвёртым подписывался князь Иван Большой Никитович Одоевский, недавно пустивший де Ла-Гарди в Новгород и присягнувший шведскому королевичу. Теперь и он поспешил в Ярославль. Пятым — князь Василий Пронский, оставивший ополчение под Москвой вместе со своими ратниками из поморских городов. Шестым подпись ставил князь Фёдор Фёдорович Волконский-Мерин, который в своё время деятельно участвовал в свержении Шуйского и пострижении его в монахи. Седьмая подпись принадлежала воеводе Матвею Плещееву, восьмая — князю стольнику Алексею Михайловичу Львову, девятая — воеводе чашнику Мирону Андреевичу Вельяминову-Зернову, которого в бытность владимирским воеводой горожане забросали каменьями за верность самозванцу. Все эти люди руководили ратными отрядами в первом ополчении, но после убийства Ляпунова покинули подмосковный лагерь.
Князь Дмитрий Михайлович Пожарский подписывался лишь десятым, а Козьма Захарович Минин — пятнадцатым. Впрочем, из-за неграмотности Минина расписывался за него сам Пожарский: «В выборного человека всею землёю, в Козьмино место Минина князь Пожарский руку приложил».
Десятое и пятнадцатое места не были уничижительными для главных вождей ополчения: ведь следом за Мининым в грамотах стояли ещё тридцать четыре подписи, в том числе князей Долгорукого и Туренина, Шереметевых, Салтыкова, Бутурлина. Будучи человеком скромным, Пожарский не желал выпячиваться сверх меры, но в то же время строго блюл достоинство и своё, и своего ближайшего помощника — простого посадского человека — Минина.
Заботясь об укреплении нового земского правительства, Пожарский стремился к расширению в нём представительства не только знати, но и лучшее людей из всех других сословий. В своих грамотах в города он писал:
«Бояре и окольничие, и Дмитрий Пожарский, и стольники, и дворяне большие, и стряпчие, и жильцы, и головы, и дворяне, и дети боярские всех городов, и Казанского государства князья, мурзы и татары, и разных городов стрельцы, пушкари и всякие служилые и жилецкие люди челом бьют... И вам, господа, пожаловать, советовать со всякими людьми общим советом, как бы нам в нынешнее конечное разоренье быть небезгосударным, выбрать бы нам общим советом государя, чтоб от таких находящих бед без государя Московское государство до конца не разорялось. Сами, господа, знаете, как нам теперь без государя против общих врагов, польских, литовских и немецких людей и русских воров, которые новую кровь начинают, стоять? И как нам без государя о великих государственных и земских делах с окрестными государями ссылаться? И как государству нашему вперёд стоять крепко и неподвижно? Так по всемирному своему совету пожаловать бы вам, прислать к нам в Ярославль из всяких чинов людей человека по два, и с ними совет свой отписать, за своими руками...»
Правительство для управления страной учредило приказы. Монастырский приказ, призванный собирать налоги с монастырей, возглавил судья Тимофей Витовтов, человек безупречной репутации, получивший чин думного дьяка ещё из рук Прокопия Ляпунова. Приказ Казанский дворец, управлявший поволжскими землями, возглавил дьяк Афанасий Евдокимов, также до того служивший в первом ополчении.
Позднее были организованы новые приказы — Поместный, занимавшийся раздачей земель оскудевшим дворянам, и Новгородская четверть, ведавшая делами северо-западных земель.
Ярославское правительство учредило новый герб. Поскольку самозванцы выступали под знамёнами с двуглавым орлом, совет избрал другую эмблему — льва. На большой дворцовой печати были изображены два льва, стоящих на задних лапах, как бы изготовившись к прыжку, а на малой — один лев.
Печать главного воеводы представляла собой его собственный герб — двух рыкающих львов, держащих в передних лапах геральдический щит с изображением ворона, клюющего вражескую голову. Внизу, под щитом, находился поверженный издыхающий дракон. По окружности располагалась надпись: «Стольник и воевода и князь Дмитрий Михайлович Пожарково Стародубсково». Пожарский специально упомянул о своих предках, удельных князьях Стародубских, из рода Рюрика, чтобы не быть обвинённым в худородстве.
Имел собственную перстневую печатку и «человек всей земли» Козьма Захарович Минин. Рисунок для неё подсказал Пожарский, с детства чтивший древнегреческих авторов. Изображение представляло собой фигуру античного героя, сидящего в кресле и держащего в правой руке чашу. Рядом с креслом стояла амфора. Всё это, по мысли князя, символизировало смысл деятельности Минина, — собрание и хранение государственной казны.
Совет ополчения с первого же часа пребывания в Ярославле действовал энергично и целеустремлённо. Обстановка в стране оставалась крайне тяжёлой: многочисленная рать черкас — запорожских казаков приблизилась к Антоньеву монастырю, расположенному у Красного Холма в тридцати вёрстах от Бежецка, в Угличе также стояли казаки. Атаман Василий Толстой, шедший из-под Москвы, занял Пошехонье, в тылу у Ярославля. От Новгорода двинулся отряд шведских наёмников, захвативший Тихвин. Жители Переяславля-Залесского прислали в Ярославль слёзное прошение избавить их от разбоя людей Заруцкого.
Мешкать было никак нельзя, и Пожарский отправил в Пошехонье отряд под начальством Пожарского-Лопаты, чтобы очистить путь на Север и в Поморье. Доблестный Лопата наголову разбил казаков Толстого, сам атаман едва спасся, ударившись в бега аж до самого Кашина. Воевода Иван Наумов отогнал всадников Заруцкого от Переяславля-Залесского и сам укрепился в городе. Ратники, посланные Пожарским, заняли Тверь, Владимир, Ростов, Касимов.
Князь Дмитрий Черкасский-Мастрюков с большим воинством, состоявшим из отрядов смолян под начальством Лопаты, казаков под командованием Семёна Прозоровского и Леонтия Вельяминова, вологжан, которых вёл Пётр Мансуров, и романовских татар, выступил в поход к Бежецку против черкас. Однако среди патриотов оказался один предатель. Это был Юрий Потёмкин, один из участников убийства Ляпунова. Сменив несколько лошадей в пути, изменник предупредил атамана Наливайко о приближении ратников из Ярославля. Запорожцы поспешно отступили к западу и пристали к воинству гетмана Ходкевича, по-прежнему грабившему мирное население, чтобы обеспечить продовольствием московский гарнизон.
После этого Пожарский поручил Черкасскому освободить Углич, где засели казаки, сохранявшие верность подмосковному стану. Причём главный воевода просил не доводить дело до кровопролития, а постараться склонить казаков к службе ярославскому ополчению. Действительно, в ходе переговоров четверо атаманов сразу же согласились перейти на сторону Черкасского, однако остальные решили сражаться. Впрочем, после первой же схватки в поле, видя значительный перевес в силе атакующих, они поспешили ретироваться. Углич также был занят гарнизоном из ополченцев.
Таким образом, Поморье и северные города стали надёжной базой для снабжения ополчения. А оно становилось всё многочисленнее. Каждый день в Ярославль являлись всё новые и новые ратники. Козьме Минину приходилось туго. Деньги, собранные в Нижнем Новгороде, иссякли, нужда в них становилась всё острее — ведь нужно было кормить, Девать, вооружать вновь прибывших.
Ярославские купцы, когда Минин пригласил их в земскую избу и потребовал внести деньги на очищение Москвы, было заупрямились, но они не ведали, насколько крут бывал нижегородец, когда встречал сопротивление общему делу. Он не стал долго разговаривать, а просто вызвал стрельцов, которые забрали строптивцев «не в честь» и, толкая взашей, препроводили их в воеводскую избу, к Пожарскому, где тот проводил военный совет. Минин громогласно провозгласил «вины» гостей и предложил лишить их всего имущества. Пожарский невозмутимо согласился. Перепуганные купцы пали на колени, признав собственную неправду.
