С приездом к отряду командующего войсками Оренбургского военного округа генерала Крыжановского, отряд был двинуть вперед на встречу бухарским войскам и овладел 2-го и 18-го октября 1866 года двумя крепостями: Ура-Тюбе и Джизаком, считавшимися неприступными. Обе крепости были взяты штурмом. На этот раз артиллерии предоставлена более видная роль, чем то было при предыдущих штурмах и при том с полным успехом. Весьма искусным действием наших батарей, с самых близких дистанций, в степах образовывались значительные обвалы, по которым и производился штурм. В Ура-Тюбе, после 150 брошенных с бреш-батарей гранат, образовались две бреши, из коих одна имела около 2-х сажен ширины и по высоте около одной сажени. Кроме брешей, для отвлечения внимания противника, штурмовались и другие участки стены по лестницам. При этом главные потери ложились именно на штурм по лестницам. В особенности тяжел был штурм Ура-Тюбе в колоннах генерального штаба капитанов Шауфуса и Глуховского под общим начальством графа Воронцова-Дашкова. В колонне первого из них, составленной из двух рот 1-го Туркестанского стрелкового батальона и команды сапер, силою 250 человек, выбыло из строя убитыми и ранеными 77 человек, а в другой колонне той же силы — 74 человека. Храбрые стрелки, несшие тяжелые из сырого дерева лестницы, по 30 человек на каждую, ошибочно спустили их в ров тонкими концами, а толстыми перекинули на стену. Вслед за тем колонна бросилась в ров и все оспаривали честь лезть первыми. Град пуль, камней, бревна сыпались на атакующих. Первым вскочил командир одной из рот капитан Грипенберг, но едва успели последовать за ним несколько стрелков, как лестницы, под тяжестью бросившихся на них людей, обломились. Не растерявшись, наши храбрецы, уже бывшие на стене, бросились вдоль ее к ближайшей башне, расчищая себе путь холодным оружием; достигли ее, заперлись там и защищались, пока наша колонна, выломав ворота бревнами (которые бросали осажденные), ворвалась в крепость. Штурм Ура-Тюбе обошелся нам дорого. В числе 7 выбывших из строя офицеров 3 было убитых. Колонне капитана Баранова, штурмовавшей по артилл. бреши, удалось быстрее других и с меньшими потерями овладеть стеною и проникнуть в город.
Наши трофеи при взятии Ура-Тюбе и Джизака были 20 знамен, 39 орудий. Наши потери убитыми и ранеными составили 224 человека.
Вновь образованная Туркестанская область прикрыла собою всю степь с кочевым киргизским населением и сделала ее нашим внутренним владением. Вместе с тем установилось и спокойствие в степи. Но замирив степь, мы вошли в непосредственное соприкосновение с тремя среднеазиатскими ханствами: Кокандским, Бухарским и Хивинским, которые не признавали международных обязательств и покорялись только силе. В то же время в восточных областях Китая (восточном Туркестане) быстро развилось с 1862 по 1865 год Дунганское восстание, в результате которого, в отложившихся от Китая областях, возникло в 1867 году два новых мусульманских владения: в Кульдже и главное в Кашгарии, под управлением нашего давнишнего противника Якуб-бека, сражавшегося против нас еще под Ак-Мечетью. Явилось справедливое опасение общего союза мусульманских владений для борьбы против гяуров (не-верных) — русских. Между тем, наши пограничные войска были подчинены двум независимым один от другого начальникам (округа Алатавского из г. Верный и области Туркестанской из г. Ташкента), подчиненным, в свою очередь, один — Западно-Сибирскому, другой — Оренбургскому генерал-губернаторам. При отсутствии телеграфа и расстояниях до 2,000 верст (Ташкент-Оренбург) о единстве действий не могло быть и речи. В устранение этих недостатков и с целью дать вновь занятым местностям правильное гражданское устройство, в 1867 году было образовано Туркестанское генерал-губернаторство и военный округ, в состав которого вошли Туркестанская область и Семиреченская, составленная из частей Семипалатинской области и Алатавского округа.
Назначенному Туркестанским генерал-губернатором, генерал-адъютанту Кауфману предоставлено право вести непосредственные переговоры с соседними среднеазиатскими владениями, объявлять войну и заключать мир.
Прибыв в край в ноябре 1867 года, ген. Кауфман, несмотря на волнения в населении, обратил главное внимание на устройство внутреннего управления краем и всеми силами стремился к мирному соглашению с правителями среднеазиатских ханств. По отношению к Кокандскому ханству, это удалось вполне. С Худояр-ханом кокандским был заключен договор, открывший ханство русской торговле: договор действовал все время до 1875 года, когда восставшее население изгнало дружественного нам хана и вынудило нас к походу и завоеванию ханства. Но переговоры с Бухарою не привели к желательным результатам. Эмир добивался очищения нами Ура-Тюбе и Джизака, чего нельзя было сделать, не подорвав значения нашего в Азии, ибо такой акт был бы истолкован, как признание слабости русских перед Бухарою. В тоже время эмир собрал в Самарканде многочисленную армию, нанял на службу до 10,000 туркмен и вел переговоры с Хивою, Кашгаром и Афганистаном об образовании общего союза для борьбы с русскими.
Поход 1868 года под Самарканд.
Весна 1868 года началась тревожно. В марте месяце эмир, под давлением духовенства, торжественно объявил газават. Известие об этом было встречено сочувственно всеми мусульманами. Проповедники газавата явились на базарах Ташкента, Ура-Тюбе и Джизака и волновали народ. В занятых нами городах начались нападения на одиночных солдата и часовых. Население Ташкента тоже волновалось; эмир становился все настойчивее в своих требованиях и, наконец, стал явно готовиться перенести борьбу в наши пределы. Бухарские многочисленные шайки показались в окрестностях Яны-Кургана и Джизака, где стояли наши передовые отряды, и прервали сообщение между ними, производившееся не иначе, как только «оказиями» с сильными прикрытиями. Шайки появились даже под Ташкентом. Так было произведено нападение на казачий пост в Кураминском уезде. Волнение передалось также и каракиргизам Семиреченской области.
При таком положении дела неизбежность вооруженной борьбы с Бухарою стала очевидною. Предстояло решить только: будет ли эта борьба с нашей стороны оборонительная или наступательная. Генерал Кауфман решил, что для оборонительной войны у нас недостаточно войск для прикрытия обширных границ от вторжения противника и для борьбы внутри наших пределов с бухарцами и с восставшим населением. (Восстание населения с приближением бухарских войск к Ташкенту признавалось неизбежным.) Наоборот, быстрый и решительный удар, нанесенный бухарцам в центре их средоточия, обещал скоро затушить начинавшийся в мусульманском мире общий пожар.
Наши силы в Сырдарьинской области, постоянно подкрепляемые с 1863 года, достигли к 1868 году числительности 11 батальонов, 32 орудий и 21 сотни казаков при 380 орудиях, расположенных в занимаемых нами в этой области 17 пунктах.
На лицо к 1-му апреля находилось: пехоты 7,800 чел., казаков 1,900 чел. и 700 артил. Некомплекта противу штатов достиг цифры 126 офицеров и 4,200 нижних чинов. Главная причина такого некомплекта заключалась в чрезмерной болезненности войск, особенно на передовых пунктах в Джизаке и Яны-Кургане. Расположенные в этих пунктах три батальона переболели почти поголовно лихорадками, а зимою 1867 года, вследствие сырых сырцовых помещений, наскоро сооруженных, между войсками развился в сильнейшей степени тиф, унесший сотни жертв. Из всего 2-го линейного батальона к весне 1868 года едва ли можно было собрать роту совершенно здоровых людей.
В течении 8 месяцев 1867 — 68 годов в лазареты области поступило 12,000 больных. С августа по апрель умерло 820 человек.
В марте 1868 г. больных в войсках было 1,800 человек. Кроме больных, на некомплект влияло большое число чинов, находившихся в командировках при разных лечебных и хозяйственных учреждениях, не имевших еще утвержденных штатов; кроме того, почти 400 человек назначено в прислугу прибывшим в край чиновникам. Всего командированных считалось свыше 1,000 человек.
