Такое упорство русских произвело подавляющее впечатление на скопища Алимкула. Потеряв несколько сот храбрейших, Алимкул не решился идти далее к Туркестану и вернулся обратно в Ташкента, оставив на сообщениях наших многочисленный шайки.
С ранней весны 1865 года в Бухаре начались приготовления к борьбе с русскими. Войска Бухарского эмира двинулись из Самарканда по направлению к Ташкенту.
Генерал Черняев зорко следил за бухарцами и знал о замыслах эмира. Нашему начальнику предстояло решить, что выгоднее в интересах России: в виду слабости наших сил ждать в Чимкенте появления, в 114 верстах от нас, в Ташкенте многочисленных бухарских войск, соединение их с кокандскими и провозглашения общего газавата против русских, или, напротив того, быстро двинуться вперед, и. не допустить соединения азиатских полчищ двух ханств. Все, по-видимому, указывало генералу Черняеву на необходимость только обороны: наши силы не превышали 2,000 человек, дурно снабженных боевыми припасами, продовольствием, оборванных, не получавших правильно денежного довольствия. Отделенная двумя тысячами верст от Оренбурга, с противником на сообщениях, эта горсть русских была предоставлена собственным силам и средствам. Ждать указании из Петербурга было некогда. Надо было решаться самому, и генерал Черняев решил идти вперед, уверенный, что отданные в его начальствование войска с малым числом патронов и снарядов, с малыми запасами довольствия, без денег, способны под его начальством сделать большие дела, ибо сильны духом, сильны уверенностью в своей непобедимости, в своем превосходстве над противником, сильны верою в своего начальника.
Добавим, что движение к Ташкенту, хотя и неразрешенное из Петербурга, соответствовало полученным генералом Черняевым общим указаниям.
Ему ставилось задачею отделить Ташкент от Кокандского ханства и, не включая его в пределы Империи, образовать из него самостоятельное владение под нашим протекторатом. Таким образом, совершенно не в наших видах было присоединение Ташкента к бухарским владениям, чему и надлежало противиться даже силою оружия.
Выступив из Ташкента в конце апреля, ген. Черняев овладел крепостью Ниазбеком, лежащею на реке Чирчике, захватив при этом головы каналов, снабжавших Ташкент водою, и блокировал город. 9-го мая наши войска разбили в полевом деле войска Алимкула в 7 верстах от г. Ташкента. Сам Алимкул был убит. Мы подступили к стенам Ташкента с отрядом силою в 1,950 человек при 12 орудиях. Кокандский хан выехал из города, а взамен в город вступила партия бухарцев с Искандер-Беком, который и принял начальство над городом, обещая скорую помощь от эмира Бухарского. Город имел в стенах своих до 30,000 защитников и свыше 60 орудий. Осада города, имеющего до 100,000 жителей, окружностью в 24 версты, не представлялась выгодною, ибо противник в направлении осады мог собрать подавляющие силы. Поэтому ген. Черняев решил взять Ташкент открытою силою. После ряда рекогносцировок, решено было овладеть стеной на участке близ юго-восточных Камеланских ворот. Штурм должен был произойти по штурмовым лестницам и при помощи арб с особыми откидными лестницами для перехода рва.
Штурмовою колонною из 2 1/2 рот назначен командовать штабс-капитан Абрамов. За нею шел резерв в 4 1/2 роты с 6 орудиями. На полковника Краевского возложено производство демонстрант со стороны Кокандских ворот (в 6 верстах от Камеланских). В 2 1/2 часа утра на 15-е июня колонна Абрамова уже приблизилась незаметно на 1 1/2 версты к крепостным стенам. Тихо сняли с верблюдов лестницы, и охотники понесли их на руках, продвигаясь по обе стороны дороги садами. Впереди охотников, пользуясь темнотою ночи и переученной местностью, покрытою садами, шла цепь стрелков. Движение наше было замечено, когда охотники с лестницами уже были в 100 шагах от стены. Раздались выстрелы, крики. Наши бросились вперед и ранее, чем неприятель успел опомниться, передовые уже были на барбете и сбросили неприятеля вместе с находившимися там орудиями со стены вниз. Священник Малов шел с крестом впереди атакующих войск.
Овладев стеною и выждав приближение резервов, колонна Абрамова двинулась вдоль стены, беря ряд завалов, овладевая последовательно барбетами и сбрасывая с них орудия. Неприятель, заняв сады и крыши сакель, все увеличивался в числе и сопротивлялся упорно. Из прилежащих к стене домов его приходилось выбивать штыками. После упорного боя, колонна Абрамова соединилась с колонною Краевского и вместе с нею двинулась вглубь города. Генерал Черняев, по мере подхода резервов, направлял их частью для поддержки колонны Абрамова, частью для овладения цитаделью, которая была взята в 7 1/2 часов утра. Весь день шел бой в улицах; в течение дня некоторые старшины занятой нами части города явились к генералу Черняеву с обещанием уговорить население прекратить сопротивление и сдать весь город. Основываясь на этом обещании и опасаясь ночевать внутри города, генерал Черняев стянул войска к вечеру к городским стенам, но вечером неприятель снова занял ближайшие к стенам сакли, возобновил завалы и разъединил наши отряды. Не смотря на наступившую темноту, войска снова были двинуты вперед и после горячего боя, очищая себе путь штыками, снова прогнали неприятеля.
С утра бой возобновился, но уже не имел того напряжения, как в предыдущий день. Переговоры с населением шли непрерывно. В городе начался пожар. Только 17-го июня явились к генералу Черняеву все аксакалы (Старшины. Аксакал, значит белобородый) и почетные жители города с изъявлением покорности. Город сдался безусловно. Нашими трофеями были 16 больших знамен, 63 орудия, 2,000 пудов пороху. Наша потеря состояла из 125 человек убитыми и ранеными. Много ранено холодным оружием.
С занятием Ташкента мы продвинулись к р. Сырдарье и стали прочною ногою в укр. Чиназе. С этого пункта наши войска, прикрывая Ташкент, могли своевременно предупредить опасность как со стороны Кокандского ханства в направлении Чиназ-Ходжент-Коканд, так и со стороны Бухарского ханства в направлении Чиназ-Джизак-Самарканда. Бухарский эмир, успевший посадить на Кокандский престол покровительствуемого им Худояр-хана, гордый своими успехами, потребовал от ген. Черняева очищения Ташкента. Начавшиеся переговоры не были для нас удачны. Эмир задержал наше посольство и купцов. Черняев для устрашения эмира предпринял в феврале 1866 года поход от Чиназа к Джизаку, который кончился, в виду недостатка фуража, перевозочных средств и, главное, в виду приказаний из Петербурга, отступлением наших войск.
Это отступление, принимаемое за поражение, усилило фанатическое возбуждение в Бухаре и способствовало волнениям в занятых нами местностях. Раннею весною 1866 года эмир с многочисленным войском двинулся к Ташкенту.
Вновь назначенному на место генерала Черняева, генералу Романовскому предписано было не распространять наших владений, не отказываясь в тоже время от таких действий и распоряжений, которые были бы для нас необходимы.
Из вновь присоединенных земель образована Туркестанская область с подчинением ее Оренбургскому генерал-губернатору. 8-го мая 1866 года ген. Романовский атаковал с 3,000 чел. армию эмира Бухарского в 35,000 чел. на Ирджаре близ Чиназа, разбил ее на голову, захватив весь лагерь и 10 орудий. После этой победы наш отряд двинулся к г. Ходженту, занимающему весьма важное стратегическое положение (Он лежит на р. Сырдарье и составляете как бы ключ к входу в Кокандское ханство и узел путей в Ташкент, Коканд и Бухару.). Пункт этот уже был занят бухарскими войсками. Овладев этим пунктом, мы разъединяли ханство Кокандское и Бухарское и прочно обеспечивали за собой течение Сырдарьи. Городская ограда Ходжента, длиною 11 верст, состояла из двойного ряда весьма высоких и толстых стен, усиленных фланкирующими башнями и барбетами. 17-го мая отряд наш подошел к городу и, после короткой осады, 24-го мая взял город штурмом, по лестницам. Построенная в день штурма в 60 саженях от стены брешь-батарея сбила зубья стены, обсыпала барбет, но не много облегчила штурм. Наши молодцы, имея офицеров впереди, в 2 часа дня бросились на стены по лестницам под градом пуль, камней и ударов холодным оружием. Многие падали, но на смену их являлись новые. Первый приступ одной из колонн был отбит. Подкрепленные из резерва, войска наши возобновили штурм и на этот раз ворвались на стену, а затем и в город. Бой шел в улицах города, и только к 7 часам пополудни город сдался. Мы взяли большое знамя, 13 орудий, потеряв убитыми и ранеными 7 офицеров и 76 нижних чинов; кроме того контужено на штурме 57 человек.