Технический уровень средств обработки и передачи информации в то время не позволял оперативно передавать телеметрическую информацию с удалённых НИПов в Центр управления полётом (ЦУП) и команды управления - из ЦУПа на НИПы. Поэтому общее руководство силами и средствами НИПов, участвующих в работе, возлагалось на Главную оперативную группу управления (ГОГУ). В её состав входили представители Министерства обороны, специалисты ОКБ-1 (головная организация) и смежных организаций. Руководителем ГОГУ назначался представитель Центра КИКа.

Обычно ГОГУ размещалась на НИПе, который являлся основным при управлении конкретными космическими аппаратами. Традиционно ГОГУ лунными аппаратами размещалась на Симферопольском ЦДКС, а ГОГУ межпланетными КА и пилотируемыми КК - на Евпаторийском ЦДКС.

Перед каждым стартом издавался приказ начальника Центра КИКа, в котором определялись состав привлекаемых НИПов, их силы и средства, назначались представители в ГОГУ и оперативно-техническое руководство (ОТР) и объявлялся состав оперативных групп и специалистов, ответственных за выполнение программы полёта.

Как правило, в состав ОТР входили A.A. Большой, Н.Г. Фадеев,A.П. Романов, А.П. Бачурин, Н.М. Барабанов, A.Л. Родин, И.Л. Геращенко,B.Н. Петров, Ю.В. Дородкин и др.

Каждый пуск требовал тщательной предстартовой подготовки и выезда ГОГУ на НИП-10.

Управление объектом поручалось оперативной группе, в состав которой входили наряду с сотрудниками Центра КИКа и представители промышленных организаций, участвовавших в разработке, создании ЛKA и подготовке его к запуску. Оперативная группа включала несколько подгрупп: управления и программ; анализа; дешифровки; баллистики и др.

Анализ состояния и хода подготовки к работе по проекту Е6 осуществлялся отделом Центра КИКа, который до октября 1964 г. возглавлял Н.Г. Фадеев, а затем - А.П. Бачурин.

Обязанности по координации предстоящих работ, как правило, возлагались на капитана В.Н. Петрова.

При работе с объектами проекта Е6 изменилось и представление об управлении полётами ЛKA.

К традиционным операциям при запуске первых ЛKA добавились и такие, как оперативный расчёт траектории полёта с целью выработки данных для проведения её коррекции, преобразования этих данных к виду (структуре) радиосигнала, который затем передавался на борт ЛKA по командной радиолинии (KPЛ).

Настройка этих систем осуществлялась радиокомандами, выдаваемыми дежурным расчётом Симферопольского ЦДКС по KPЛ так называемыми функциональными и числовыми уставками.

Сложность управления заключалась ещё и в том, что предусмотренного в матрице количества таких команд не хватало. Для управления бортовыми системами ЛKA матрица содержала 28 радиокоманд: 20 функциональных, 5 адресных и 3 цифровых.

Кроме того, потребовалась выдача большего количества радиокоманд для переключения (в зависимости от обстановки) антенных систем бортовых приёмников и передатчиков, оснащённых всенаправленными, малонаправленными и остронаправленными антеннами с их многочисленными фидерными трактами и антенными переключателями.

Поэтому разрабатывались специальные комбинации, в которых одни и те же команды, но в сочетании с другими могли выполнять необходимые функции. Такое обстоятельство усложняло работу операторов КРЛ, приводя подчас к возникновению нештатных ситуаций.

Ещё одна особенность состояла в том, что бортовой комплекс имел два контура управления: один - по командам автоматики программно-временного устройства (ПВУ), а другой - по радиокомандам. Управленцы, разрабатывая программы сеансов связи, обязательно учитывали согласование этих двух контуров, дабы команды не накладывались одна на другую.

В установленный срок перед каждым запуском ЛКА составлялась программа полёта, представлявшая собой набор сеансов, в которых указывался состав привлекаемых наземных и плавучих средств КИКа, режимы работы бортовой аппаратуры и детально расписывались перечень выдаваемых на борт радиокоманд, тип получаемой с борта телеметрической и телевизионной информаций, данные для траекторных измерений. Программа разрабатывалась головной организацией разработчика ЛКА и согласовывалась со всеми организациями, участвующими в экспериментах.

Специалисты Центра КИКа составляли график работы участвующих сил и средств НИПов. Он включал сроки получения всех видов информации, её обработки, в том числе и баллистическими центрами, и выдачи этих результатов в ГОГУ. График представлялся на утверждение М.В. Келдышу и С.П. Королёву.

Для каждого сеанса с ЛКА составлялась индивидуальная программа, которая учитывала состояние бортовых систем и наземных комплексов и реальную трассу полёта. Она разрабатывалась группой управления в виде временного графика, на который накладывалась вся информация по полёту. Это - привязанная ко времени выдача радиокоманд и уставок; точное время и тип получаемой информации; сроки передачи информации в баллистические центры и получение от них предложений на проведение динамических операций (коррекции, торможения, посадки и др.). Такая программа утверждалась руководителем ГОГУ, после чего размножалась в необходимых экземплярах.

При этом ощущалось отсутствие так называемых «комплексников» - специалистов, которые могли бы квалифицированно проводить анализ всей поступающей информации и оперативно принимать оптимальные решения.

Первый старт PH «Молния» с ЛКА (объект Е6 №2) состоялся 4 января 1963 г. Его осуществили боевые расчёты РВСН космодрома «Байконур»[12].

Три ступени PH 8К78 отработали нормально, но двигатель разгонного блока «Л» не запустился, и ЛКА остался на промежуточной орбите ИСЗ. Это произошло так же, как и ранее при запусках этой PH других КА, вне зон радиовидимости телеметрических приёмных станций, расположенных на территории СССР.

На этот раз для работы с этим объектом в район Гвинейского залива направили плавучий (морской) измерительный пункт «Долинск» (начальник экспедиции майор М.И. Власов). Дежурная смена его экспедиции приняла с борта ЛКА телеметрическую информацию, позволившая установить причину отказа двигателя блока «Л».

Вообще создать морские измерительные пункты потребовалось при проведении лётно-конструкторских испытаний (ЛКИ) МБР в 1957-1958 гг. для контроля точности падения головных частей в акваторию Тихого океана, а затем и при запусках первых ИСЗ. По предложению С.П. Королёва в начале 1959 г. создание плавучего измерительного комплекса (ПИК) было возложено на НИИ-4 МО, коллектив которого в сжатые сроки решил эту задачу[13].

И уже в конце этого же года первый ПИК был создан из кораблей ВМФ «Сибирь», «Сахалин», «Сучан» и «Чукотка» под легендой прикрытия «Четвёртая Тихоокеанская гидрографическая экспедиция» (ТОГЭ-4). В руководящий командный состав ТОГЭ-4 входили капитан первого ранга Ю.И. Максюта, подполковник В.А. Авраменко и капитан С.И. Крошко.

В этом же году НИИ-4 МО было поручено разработать план создания плавучего радиотелеметрического комплекса для обеспечения телеконтроля на тех суточных витках КА, которые проходят над акваториями Атлантического и Индийского океанов и находятся вне зон радиовидимости наземных НИПов.

Под руководством Е.В. Яковлева и В.И. Гришакова коллективом института к августу 1963 г. была выполнена специальная НИР «Подготовка плавучего радиотелеметрического комплекса к работе и участие в проведении измерений при запусках объектов «Восток», МВ, Е6, «Зенит».

Черноморское морское пароходство[14]передало в распоряжение НИИ-4 МО для переоборудования теплоходы «Краснодар» и «Ворошилов» (в 1961 г. переименованный в «Ильичёвск») довоенной постройки, а Балтийское - новый сухогруз «Долинск», построенный в Финляндии.

На судах смонтировали для приёма информации с борта КА антенны, радиотелеметрическую аппаратуру регистрации и анализа телеметрической и научной информации, СЕВ, фотолабораторию и бензоэлектрические агрегаты. Радиосвязь с наземными пунктами управления КА осуществлялась через корабельные радиостанции.