После смерти Бейбарса в 1277 году храмовники находились в очень тяжёлом положении. Угроза как со стороны Бейбарса, так и со стороны Хулагу подорвала силы европейских воинов. Впервые за двести лет они оказались в критическом положении. К тому же орден продолжал упорно участвовать в гражданской войне в графстве Триполи между 1277 и 1282 годами. Это ненужное и бесполезное злоупотребление полномочиями безвозвратно обратило многих христиан против Гийома де Боже и тамплиеров. Как будет видно дальше, недоверие христиан имело для храмовников трагические последствия.

В 1281 году монголы предприняли новую атаку на мамлюков. Преемник Бейбарса султан Килавун ал-Малик ал-Мансур в 1282 году предложил европейцам заключить новый договор на 10 лет, чтобы избежать союза между монголами и христианами. В 1285 году после смерти Карла Анжуйского трон вернулся к сыновьям Гуго Кипрского.

В 1285 году, нарушив договор, Килавун стал нападать на территории европейцев. К этому времени европейцы находились в таком жалком состоянии, что окончательно потеряли присутствие духа. Вместо рвения, с которым они во времена первых походов требовали вернуть Палестину, ведя Святую Войну во имя Христа, осталось лишь желание вести торговлю с мусульманами. В 1289 году жители Триполи попросили Килавуна решить внутренний конфликт. Он выполнил их просьбу и захватил город. Гийом де Боже узнал через своих шпионов о намерениях султана. Он пытался предупредить христиан, но успел так дискредитировать себя в их глазах, что они не поверили ему. Килавун разрушил город и убил жителей. После этого он цинично заявил, что договор остаётся в силе, несмотря на его нарушение. Беспомощные и напуганные христиане согласились с этим.

В 1290 году в Акре вспыхнуло восстание и несколько мусульман было убито. Де Боже через своих шпионов узнал, что Килавун собирает армию, чтобы двинуться на Акру. Великий магистр предложил выдать султану пленных христиан, содержавшихся в заключении у военных орденов и торговых гильдий, и обвинить их в том, что они подняли восстание. Таким образом он надеялся усмирить мамлюков. (Поскольку пленные всё равно были приговорены к казни, он решил, что с помощью этой уловки спасёт большую часть населения.) Однако его план был отвергнут. Затем де Боже лично встретился с Килавуном, чтобы договориться о выкупе жителей (каждый из них должен был заплатить по золотой монете) и попытаться спасти Акру. Когда он сообщил об этом горожанам, они обвинили его в предательстве.

В ноябре 1290 года Килавун умер, и престол перешёл к его сыну ал-Ашрафу, который поклялся продолжать политику отца. 5 апреля 1291 года он осадил Акру. Ночью Гийом де Боже предпринял нападение на лагерь мамлюков. Сначала рыцарям сопутствовала удача, но потом они запутались в верёвках от шатров и были отбиты мусульманами. 18 мая мусульмане прорвали защиту и вошли в Акру. Тамплиеры храбро сражались, а де Боже был смертельно ранен.

За христианами остался только замок храмовников на юго-западе города. Оставшиеся в живых тамплиеры и жители Акры укрылись в нём. Во главе европейцев стоял маршал тамплиеров Пьер де Севри. 25 мая ал-Ашраф предложил им в случае капитуляции открыть путь на Кипр. Де Севри согласился и сдал замок. Мамлюки ворвались и стали убивать всех подряд: мужчин, женщин, детей. Однако христиане смогли отбить их нападение. Де Севри отправил командора ордена Тибо Годена в Сидон с оставшимися сокровищами и святыми мощами. Ал-Ашраф вновь предложил перемирие. На этот раз Севри покинул замок, чтобы обсудить условия, но его обезглавили на глазах у всех. 28 мая 1291 года войска султана напали на замок, Акра пала, а все, кто там находился, были убиты.

В Сидоне выбрали нового Великого Магистра ордена; им стал Тибо Годен. Когда армия мамлюков захватила Акру, он отправился на Кипр, взяв с собой оставшиеся средства. 14 июля пал Сидон, 3 августа мусульмане завладели Тортозой, а 14 августа 1291 года в их руки перешёл Замок Паломника. Впервые за последние двести лет на территории Святой Земли не осталось ни одной христианской армии.

После смерти Годена в апреле 1293 года двадцать третьим и последним Великим Магистром ордена стал Жак де Моле. Он родился во Франции в 1244 году, стал храмовником в 1265 году и вскоре отправился в Святую Землю. Де Моле был искренне озабочен ситуацией на Востоке и стал критиковать действия тамплиеров. По его мнению, миссия храмовников заключалась в том, чтобы сражаться с неверными, поэтому он полагал, что любой союз с мусульманами в лучшем случае — слабость, а в худшем — предательство. Великий Магистр не скрывал своего презрения к Гийому де Боже и его попыткам наладить дипломатические отношения с неверными. Все те двадцать семь лет, что де Моле провёл в ордене, он строго придерживался раз избранной манеры поведения, тем самым показывая братьям, что достоин стать Великим Магистром.

В 1294 году де Моле покинул Кипр и в течение трёх лет путешествовал по Европе. Он побывал в Англии, Франции, Неаполе, Арагоне, также прибыл с визитом к Папе Римскому. Де Моле вёл активную деятельность, чтобы подготовить орден к новому крестовому походу. Ему удалось добиться того, что многие монархи освободили тамплиеров от некоторых налогов и предоставили им скидки на ввоз и вывоз товаров. Папа Бонифаций VIII был посредником в споре между храмовниками и королём Генрихом Кипрским. Монарх настаивал на том, чтобы орден признал его верховную власть, поскольку тамплиеры находились на его территории. Папа даровал ордену на Кипре те же привилегии, что и в Сирии. Он принудил Генриха уважительно относиться к храмовникам, поскольку во время защиты Святой Земли они испытали многие тяготы.

Тамплиеры сделали всё, чтобы достичь своих целей. В 1291 году на острове Руад, находящемся в двух милях от Тортозы, расположился небольшой гарнизон. Тамплиеры стремились увеличить число своих кораблей и участвовали в нападениях на мусульман. Вплоть до 1301 года храмовники постепенно укрепляли этот гарнизон, пока он не был уничтожен в результате нападения мамлюков. В 1306 году кипрское отделение ордена вступило в крупную политическую игру: тамплиеры помогали Амори де Лузиньяну в попытках низложить его брата, короля Генриха. К ним присоединились госпитальеры, которые тоже поддержали Амори. Военные ордена приняли участие в этом конфликте, надеясь укрепить крепости крестоносцев на Кипре и защитить их от мамлюков. Тамплиеры также пытались заключить союз против мамлюков с монголами.

Однако теперь исчезли все препятствия, ранее мешавшие открытому проявлению недовольства поведением храмовников. В случае поражения они становились удобной мишенью для обвинений. Тамплиеры давно вызывали опасение и ненависть из-за привилегий, которые им предоставил Папа. Привилегии, которые получили тамплиеры, не только ставили их в особое положение по отношению к другим орденам, но благодаря им уменьшалась независимость местных приходов. Католическая церковь протянула свои длинные руки вплоть до самых отдалённых городов и глухих деревень. Генри Ли также говорит о том, что эти привилегии распространялись на всех тамплиеров: от знатных рыцарей до более низкого класса — служащих братьев, которые составляли около 90% всех членов ордена. Ещё одной причиной враждебности со стороны соседей по отношению к храмовникам является высокомерие, в котором можно было обвинить многих тамплиеров[102]. И, наконец, явное преумножение состояния и влияния ордена было плохо сопоставимо с их военными «успехами».

Для многих слово «тамплиер» значило «крестоносец». Возникал законный вопрос: поддерживает ли Господь христианское дело? Сомнения в этом всё больше и больше мучили благочестивых христиан, поскольку крестоносцы терпели поражение за поражением. Энтузиазм сменился разочарованием, а вместо похвалы слышались обвинения. Успех крестовых походов способствовал невероятному росту ордена, а поражения предвещали его конец. В прошлом орден не раз страдал от огромных потерь, но всегда находил возможность выправить положение. Однако роковым ударом для храмовников стала потеря Святой Земли. Орден был практически уничтожен. Смелость тамплиеров не оправдывала поражения, которые терпели крестоносцы.