Материалы дела свидетельствуют и о том, что источник внимательно следил за работой англичан по дешифровке советских шифров и сообщал данные о результатах этой работы, а также об имевшихся у английских спецслужб сведениях, касавшихся аналогичной работы по советским шифрам у немцев и японцев. Так, в переданной Кернкроссом расшифрованной телеграмме японского военного атташе в Берлине указывается, что японские эксперты по шифрам поддерживают постоянный контакт с немецкими специалистами в вопросе дешифровки советских телеграмм. Однако им пока не удалось раскрыть советский дипломатический шифр, и сейчас они начали работать над расшифровкой русских военных шифров.

В работе разведчика встречается много трудностей. Иногда на выяснение лишь какого-то одного факта уходит уйма времени и усилий. Нелегко было и Кернкроссу добывать разведывательные материалы. Однако в Блетчли-Парке (кодовое название службы, которое ей было дано по месту ее расположения) источнику повезло. Материалов дешифровки было довольно много. В первую очередь отбирались документы, касавшиеся непосредственно Англии и действий союзников. Большая часть остальных, где находились и материалы о советско-германском фронте, как правило, после их просмотра уничтожалась. Регистрация уничтоженных телеграмм не велась. Поэтому не нужно было снимать никаких копий. Кернкросс набирал пачку оригиналов, подлежащих уничтожению, и передавал их работнику резидентуры. Нередко ему удавалось находить интереснейшие документы в ящике для уничтожения, куда сбрасывались ненужные бумаги.

В конце 1943 года Кернкросс перешел на работу в СИС. Переход из службы радиоперехвата и дешифрования на работу в аппарат СИС был связан с резким ухудшением зрения. Кернкросс с детства не видел левым глазом. Напряженная работа в Блетчли-Парке отрицательно сказалась и на состоянии правого глаза. Зрение начало ухудшаться. Резидентура принимала меры к тому, чтобы помочь ему с лечением, однако результаты были мало обнадеживающими. Врачи советовали сменить характер работы.

После перехода на работу в центральный аппарат СИС источника назначили в Пятое, а затем в Первое управление. В Пятом управлении он занимался обслуживанием в контрразведывательном плане СССР и Балкан. Конкретными обязанностями Кернкросса были: анализ и изучение перехваченных телеграмм немецкой разведки о ее деятельности в СССР и на Балканах, а также всех агентурных материалов по этим регионам, изучение кадрового состава и агентуры немецких резидентур на Балканах, изучение методов работы немецкой разведки. В Первом управлении в его обязанности входил анализ политической информации.

Характеризуя новый участок работы Кернкросса, резидент писал в Центр, что источник получает все перехваты немецкой разведки, которые после использования должны им лично сжигаться. Часть этих телеграмм он действительно сжигает (никаких актов не составляется), а остальные передает нам. Во время своих дежурств по отделению (один-два раза в неделю) источник просматривает бумаги, поступающие в адрес других работников отделения (дипломатические перехваты, выемки из диппочты, еженедельные сводки агентурных материалов, телеграммы резидентур и проч.) и регулярно передает нам их содержание.

В одно из таких дежурств Кернкросс обнаружил в шкафу у своего шефа список английской агентуры на Балканах. Список был скопирован и отправлен в Москву.

Большой интерес представляла информация, изложенная в спецсообщении СИС от 28 октября 1944 года. В этом документе речь шла о полученной агентурным путем секретной инструкции Гиммлера о создании на территории Германии и некоторых оккупированных стран подпольной армии на случай оккупации союзными войсками этих территорий.

Подпольная армия, согласно инструкции, должна была состоять из трех звеньев: разведывательных групп, групп по организации саботажа, групп обеспечения безопасности. Группы разведки должны были комплектоваться из преданных нацистских офицеров, хорошо подготовленных радиоэкспертов, офицеров полевых радиослужб частей СС, из служащих районных администраций и других категорий.

Группы по организации саботажа формировались из инженеров саперных частей. Каждый член этих групп должен был пройти курсы химии и взрывчатых веществ в так называемых «академиях». Группы контрразведки должны были управляться и организовываться только офицерами служб безопасности. В этих группах предполагалось использовать и женщин.

В качестве офицеров связи планировалось подготовить специальных курьеров подполья. В их обязанности должно было входить назначение новых руководителей групп вместо выбывших из строя по различным причинам.

Группы подпольной армии планировалось формировать по принципу пятерок, и подчиняться они должны были непосредственно главному штабу подпольной армии. Согласно инструкции, подпольная армия должна была иметь секретные оружейные склады для хранения стрелкового оружия, взрывчатки, различных химикалий и других средств саботажа. Намечалось также создать госпитали, химические лаборатории, лаборатории для изготовления фальшивых документов, денег, продовольственных карточек, организовать радио-и телеграфную связь.

Кандидатам для работы в подпольной армии из числа офицеров СД, СС, полицейских органов, специальных армейских частей предлагалось сменить фамилии и документы. Часть этих людей для зашифровки должны были направить в концлагеря и тюрьмы.

В главный штаб подпольной армии, помимо Гиммлера, были включены Борман, Кальтенбруннер и несколько высших офицеров СД и СС.

Кернкросс работал в СИС до конца войны, затем уволился и возвратился на работу в министерство финансов.

За его вклад в борьбу советского народа против фашистских захватчиков Кернкроссу неоднократно объявлялись благодарности руководства внешней разведки. В ответ на это в октябре 1944 года он писал: «Я восхищен, что наши друзья сочли мою помощь заслуживающей внимания, и я горжусь тем, что я кое-что внес в дело победы, которая привела почти к полному очищению советской земли от захватчиков».

В марте 1945 года Кернкроссу была установлена пожизненная пенсия в сумме 1000 фунтов стерлингов в год. Однако от получения этой пенсии он отказался, мотивируя это достаточной материальной обеспеченностью.

Из министерства финансов Кернкросс был переведен в министерство снабжения. Непосредственно на участке, где теперь работал агент, не было материалов, представлявших интерес для Центра, и встречи с ним проводились лишь эпизодически.

На одной из таких встреч 23 октября 1951 года Кернкросс сообщил, что в начале сентября его допрашивал представитель контрразведки, который интересовался, какие отношения он поддерживал с Маклином (один из источников «кембриджской пятерки»), а также о его принадлежности к компартии.

Кернкросс был уже подготовлен оперработником на случай такого допроса. После побега в Советский Союз двух источников «кембриджской пятерки» Маклина и Берджесса, работавших в МИД Англии, которым грозил арест, контрразведка начала проверку всех их связей по институту и работе в МИД. Не исключалась возможность проверки Кернкросса, поэтому он и был сориентирован, как вести себя в случае допроса.

Кернкросс ответил представителю контрразведки, что с Маклином он просто здоровался, когда работал в МИД, а свое членство в партии он не скрывал, но после института никакой связи с ней не поддерживал.

Контрразведчик был удовлетворен ответом Кернкросса, и больше к нему никто не обращался. На работе он продолжал вести тот же участок, что и раньше, и никаких подозрительных моментов не отмечал.

Несмотря на то, что источник считал, что у контрразведки нет против него улик и его положение прочное, резидентура приняла решение по соображениям безопасности временно прекратить с ним связь. Была достигнута договоренность: с помощью соответствующих сигналов он будет ежемесячно сообщать о своем положении. Контрольная встреча была назначена на 23 января 1952 года.

На случай осложнения обстановки вокруг Кернкросса в Центре был разработан специальный план оперативных мероприятий, который предусматривал рекомендации источнику по выезду из Англии, обеспечение его другими документами, выделение необходимых средств для проживания за границей, а также условия связи на другие страны.