26 марта 1963 г. без всякого предупреждения Давид Бен-Гурион пригласил Меира Амита к себе, послав за ним самолет в район Мертвого моря, где последний находился с инспекционной поездкой в войсках. Когда через три часа Амит явился, ему было приказано немедленно возглавить Мосад, сохранив за собой и должность начальника Военной разведки. Однако полномочия нового начальника были значительно меньшими, чем предыдущего. Он уже не был ответственным за все израильское разведывательное сообщество («мемуне»), хотя и был назначен главой комитета разведывательных организаций «Вараш». Амит не посчитал свой перевод в Мосад удачным продолжением своей карьеры. Он оказался первым руководителем Мосада со стороны, назначенным на эту должность, и понимал, что его положение куда менее выгодно, нежели его предшественника.

Амит появился в Мосаде на следующий день. Еще накануне вечером один из самых ответственных сотрудников Мосада посетил Амита и известил его, что высшие лица этой организации не будут с ним работать. Они категорически считали, что Амит виноват в отставке Харела и что Харел, поостыв, вернется. Однако, увидев на следующий день Амита в кабинете Харела, они поняли, что этого не произойдет, что Амит собирается поселиться в кабинете всерьез и надолго. В тот же день на его рабочий стол положили шифровку, в которой выражались обеспокоенность по поводу ухода Харела и призыв предпринять все возможное для его возвращения. Шифровка была подписана несколькими видными представителями Мосада в Европе, но вместо подписей стояли их псевдонимы или клички, которых Амит не знал. Ему пришлось потратить несколько дней, чтобы установить, кто именно подписал шифровку. Это оказались резиденты в Европе Ицхак Шамир, Мордехай Альмог, Иосеф Раанан и многолетний представитель Мосада в Марокко Шмуэль Толедано. Как позже выяснилось, в начале они были готовы уйти в коллективную отставку, но потом решили ограничиться резким посланием. Амит среагировал тут же. «Мне не нравится ваше поведение, – написал он в своем ответе. – Я не привык к коллективным протестам». Вскоре Амит съездил в Париж и попытался примириться со своими европейскими сотрудниками. Но, в конечном счете, их сотрудничество так и не наладилось и в течение двух лет все четверо вышеупомянутых покинули Мосад. Не все «клеилось» в те дни и в самом здании Мосада. Большинство сотрудников открыто демонстрировало Амиту свою неприязнь. Амит же начал рьяно критиковать порядки, существовавшие в Мосаде, где всё практически держалось на власти и воле одного человека Исера Харела и все подчинялись только непосредственно ему. Амит же привык к системе взаимоответственности, когда каждый отвечал за определенный участок, спрашивал за работу со своих подчиненных и знал, что, произойди что-либо с ним, заместитель вполне может его заменить. И это на всех ступенях иерархической лестницы. В течение первых нескольких дней Мосад покинули заместитель Харела и трое самых опытных офицеров. Тогда по совету своих армейских коллег Амит несколько смягчил позицию. Он вызвал из Парижа резидента Мосада Якоба Кароза, близкого соратника Харела, работавшего в Мосаде со дня его основания, и назначил его своим заместителем, продемонстрировав этим, что он не против всех. Однако на деле впоследствии он совершенно игнорировал назначенного им же заместителя.

Официально Амит занимал должность исполняющего обязанности начальника Мосада, и многие друзья и поклонники Харела «нажимали» на Бен-Гуриона с целью возвратить его. Однако в связи с дальнейшими конфликтами в правящей партии и правительстве 16 июня 1963 г. Давид Бен-Гурион окончательно ушел из правительства. Новое правительство во главе с нерешительным Леви Эшколом после долгих дебатов в начале сентября приняло компромиссное решение: утвердить Меира Амита руководителем Мосада, назначить бывшего заместителя Амита Ааарона Ярива начальником Военной разведки, а бывшему руководителю Мосада Исеру Харелу поручить общее наблюдение за деятельностью обеих разведывательных организаций. Местом работы Харелу определили канцелярию премьер-министра, он должен был нести ответственность за всю поставляемую главе правительства информацию. Взаимоотношения между Харелом и Амитом по-прежнему оставались сложными. Харел был совершенно не приспособлен к новой должности. Он пытался вмешиваться в деятельность своих подопечных организаций, но оба новоиспеченных начальника всячески сопротивлялись. Амит пробыл в должности начальника Военной разведки «Аман» до декабря 1963 г., окончательно сдав дела Аарону Яриву, и сосредоточился только на руководстве Мосадом.

Амит перевел свою организацию в современное здание в центре Тель-Авива, в котором вместо спартанского кабинета его предшественника оборудовал другой, более просторный, в американском стиле, с деревянными панелями, обставил его дорогой мебелью и другими атрибутами комфорта, включая приемную с секретаршей. Он существенно улучшил дисциплину в Мосаде, наладил субординацию, разработал четкие планы перспективной работы, благодаря поддержке тогдашнего министра финансов увеличил бюджетные ассигнования и оснастил Мосад современной техникой, включая компьютеры, которые Харел не любил. Но часть сотрудников по-прежнему любила Харела и оказывала пассивное сопротивление новому начальнику. В ответ Амит изолировал наиболее ярых из них и пригласил на работу новых, в основном бывших работников Военной разведки, постепенно окружая себя своими людьми. Он добился повышения воинских званий военных атташе, некоторые из которых одновременно являлись резидентами Мосада. Следует отметить, что ко времени прихода Амита в Мосад в нем назревала смена поколений. Устарел не только Харел с его методами работы, но и как бы вся «команда». Многие сотрудники приближались к пенсионному возрасту, естественно они, с одной стороны, не собирались уходить в отставку, а с другой – утратили эффективность и уже не воспринимали все новое настолько, чтобы соответствовать духу времени и новым требованиям. Амит изменил систему подбора кадров. Раньше основная ставка при приеме на работу в Мосад делалась на рекомендации друзей и знакомых (как говорят в Израиле, «Витамин P(Пи)», от слова «протекция»). Амит решил использовать современные методы: потенциальных кандидатов искали не только в армии, но и в университетах, научных заведениях, деловых кругах и среди иммигрантов. Для профессиональной подготовки новых сотрудников была основана академия «Мидраш». Изменения произошли и с использованием женщин на оперативной работе. Исер Харел вообще был противником вовлечения женщин в оперативную работу. Амит посчитал необходимым их использовать, если это могло привести к скорейшему выполнению поставленной задачи, у женщин-сотрудниц Мосада появилась возможность пройти все ступени карьерной лестницы, вплоть до руководителя функционального или географического отдела. За время работы Амита в Мосаде число сотрудников увеличилось вдвое. Амит решил полностью отказаться от «показательных» операций и сосредоточил внимание своего ведомства на систематическом сборе военной и политической информации и ее анализе в арабских странах.

Между тем молодые сотрудники постепенно стали сторонниками Амита. Им нравились его методы, его стремление к модернизации, они, да и многие другие начали приходить к мысли, что им нужен именно такой начальник, его оригинальные мысли начали вызывать у них творческий интерес. Особо они отметили, что Амиту, хоть и с трудом, удалось перевести в Мосад знаменитое подразделение 131, предназначенное для выполнения специальных оперативных задач и добычи информации в арабских странах. В отличие от Харела, Амит считал (и этому учил своих сотрудников), что если кто-либо преграждает им дорогу во время выполнения задания, то следует открыть огонь максимальной интенсивности, чтобы как можно быстрее расчистить эту дорогу. Идеей Амита было выполнение поставленной задачи, не беспокоясь о методах, но при этом ни в коем случае не компрометировать государство Израиль. Довольно скоро оказалось, что сотрудники Мосада стали лучше приспособлены к изменившимся условиям работы в современном мире, более гибки, менее эмоциональны при постановке задач.