В августе 1942 г. 240-й иап в числе первых был вооружен новейшими в то время истребителями Ла-5. Однако переучивание провели наспех, за 15 дней, при эксплуатации машин вскрылись конструктивные и производственные дефекты, и, понеся на Сталинградском направлении тяжелые потери, уже через 10 дней полк был выведен с фронта. Кроме командира полка майора И. Солдатенко, в полку оставалось лишь несколько летчиков.

Следующие подготовка и переучивание проводились основательно: в конце декабря 1942 г. после напряженной месячной теоретической подготовки с ежедневными занятиями летчики приступили к полетам на новых машинах.

В одном из тренировочных вылетов, когда сразу после взлета из-за поломки двигателя тяга резко упала, Кожедуб решительно развернул самолет и спланировал на край летного поля. Сильно ударившись при посадке, он на несколько дней выбыл из строя и к моменту отправки на фронт едва налетал на новой машине 10 часов. Инцидент этот был лишь началом долгой полосы неудач, преследовавших летчика при вступлении на ратный путь.

При распределении новых самолетов Кожедубу достается тяжелая пятибачная машина с бортовым номером 75. В свой первый боевой вылет на прикрытие аэродрома он попал под удар вражеских истребителей, пытаясь атаковать группу бомбардировщиков, а затем попал в зону огня своей же зенитной артиллерии. Самолет его получил тяжелые повреждения от пушечной очереди Ме-109 и от попадания двух зенитных снарядов. Кожедуб чудом остался жив: бронеспинка защитила от фугасного снаряда авиационной пушки, а ведь в ленте фугасный снаряд, как правило, через один чередовался с бронебойным…

После ремонта его самолет мог быть назван боевой машиной лишь условно. На боевые задания Кожедуб вылетает редко и на «остатках», т. е. на свободных самолетах, которых было меньше, чем летчиков. Однажды его и вовсе чуть не забрали из полка на пост оповещения. Лишь заступничество Солдатенко, то ли разглядевшего в молчуне-неудачнике будущего великого бойца, то ли пожалевшего его, спасло Ивана от перепрофилирования.

…Только во время 40-го боевого вылета на Курской дуге, сам уже став «батей» — заместителем комэска, в паре со своим неизменным ведомым В. Мухиным, Кожедуб сбил своего первого немца — «лаптежника». Несмотря на нелюбимые истребителями задания по прикрытию наземных войск и сопровождению, Кожедуб, выполняя их, одержал 4 официальные победы.

Взыскательный и требовательный к себе, неистовый и неутомимый в бою, Кожедуб был идеальным воздушным бойцом, инициативным и исполнительным, дерзким и расчетливым, отважным и умелым, рыцарем без страха и упрека. «Точный маневр, ошеломляющая стремительность атаки и удар с предельно короткой дистанции», — так Кожедуб определял основу воздушного боя. Он был рожден для боя, жил боем, жаждал его. Вот характерный эпизод, подмеченный его однополчанином, другим великим асом К. Евстигнеевым: «Как-то Иван Кожедуб возвратился с задания, разгоряченный боем, возбужденный и, может быть, потому непривычно словоохотливый:

— Вот гады дают! Не иначе как «волки» из эскадрильи «Удет». Но мы им холку намяли — будь здоров! — Показав в сторону КП, он с надеждой спросил адъютанта эскадрильи: — Как там? Ничего больше не предвидится?».

Отношение Кожедуба к машине приобретало черты религии, той ее формы, что носит название аниматизма. «Мотор работает четко. Самолет послушен каждому моему движению. Я не один — со мной боевой друг» — в этих строках отношение аса к самолету. Это не поэтическое преувеличение, не метафора. Подходя к машине перед вылетом, он всегда находил для нее несколько ласковых слов, в полете разговаривал как с товарищем, выполняющим важную часть работы. Ведь, помимо летной, трудно найти профессию, где судьба человека более бы зависела от поведения машины.

За войну он сменил 6 «лавочкиных», и ни один самолет не подвел его. И он не потерял ни одной машины, хотя случалось гореть, привозить пробоины, садиться на усеянные воронками аэродромы.

Из его машин наиболее известны две. Одна — Ла-5ФН, построенная на деньги колхозника-пчеловода В. Конева, с яркими, белыми с красной окантовкой надписями по обоим бортам (а ведь броских примет особенно не любили летчики), имела удивительную фронтовую судьбу. На этом самолете Кожедуб провоевал май — июнь 1944 г., сбил 7 самолетов. После его перевода в сентябре в 176-й гиап на этой машине несколько боевых вылетов сделал П. Брызгалов, а затем К. Евстигнеев, уничтоживший на ней еще 6 самолетов.

Вторая — Ла-7, бортовой номер 27, сегодня ее можно увидеть в Музее-выставке ВВС (Монино). На этом истребителе Иван Никитович летал в «маршальском» гиап, на нем закончил войну, на нем сбил 17 вражеских машин.

19 февраля 1945 г. над Одером в паре с Дмитрием Титаренко (около 300 боевых вылетов, 15 личных побед) он встретил Ме-262. Переведя запас высоты в скорость, Кожедуб «подкрался» к перехватчику сзади — снизу и, когда тот, после очереди Титаренко, вошел в разворот, сбил его. Это была одна из первых в мировой авиации побед в воздухе над реактивным самолетом.

В апреле 1945 г. заградительной очередью Кожедуб отогнал пару немецких истребителей от американского Б-17 и тут же заметил группу приближающихся самолетов с незнакомыми силуэтами. Ведущий группы открыл по нему огонь с очень большой дистанции. С переворотом через крыло Кожедуб стремительно атаковал крайнего. Тот сильно задымил и со снижением пошел в сторону наших войск. Полупетлей выполнив боевой разворот с перевернутого положения, советский ас обстрелял ведущего — тот взорвался в воздухе. Конечно же, он уже рассмотрел белые звезды на фюзеляжах и крыльях и возвращался к себе с беспокойством: встреча с союзниками сулила неприятности.

К счастью, одному из сбитых летчиков удалось спастись. На вопрос «Кто вас сбил?» он ответил: «фокке-вульф» с красным носом».

Командир полка П. Чупиков отдал Кожедубу пленки, где были зафиксированы победы над «мустангами».

— Забери их себе, Иван… никому не показывай.

Этот бой был одной из первых схваток в воздухе с американцами, провозвестником большой воздушной войны в Корее, долгого противостояния двух сверхдержав.

Всего за войну Иван Никитович провел 330 боевых вылетов, 120 воздушных боев, лично сбил 62 самолета противника.

После войны гвардии майор Кожедуб продолжил службу в 176-м гиап. В конце 1945 г. в монинской электричке он встретил десятиклассницу Веронику, которая вскоре стала его женой, верным и терпеливым спутником всей жизни, главным «адъютантом и помощником».

В 1949 г. Иван Никитович заканчивает ВВА, получает назначение на должность комдива под Баку, но В. Сталин оставляет его под Москвой, в Кубинке, заместителем, а затем и командиром 326-й иад. В числе первых дивизия была вооружена МиГ-15 и в конце 1950 г. направлена на Дальний Восток.

С марта 1951 г. по февраль 1952 г. в небе Кореи дивизия Кожедуба одержала 215 побед, сбила 12 «сверхкрепостей», потеряв 52 самолета и 10 летчиков. Это была одна из ярчайших страниц боевого применения реактивной авиации в истории советских ВВС.

Кожедубу строго-настрого запрещалось лично участвовать в боевых действиях, и он совершал лишь тренировочные полеты. Опасность подстерегала летчика не только в небе: зимой 1951 г. он едва не был отравлен поваром: войну вели разными методами. Во время своей командировки полковник Кожедуб не только осуществлял оперативное руководство дивизией, но и принимал активное участие в организации, подготовке и перевооружении ВВС КНР.

В 1952 г. 326-я иад была передана в систему ПВО и переведена под Калугу. С энтузиазмом взялся Иван Никитович за новое для себя мирное дело обустройства личного состава дивизии. За короткий срок были получены и смонтированы 150 домиков для жилья, оборудованы и расширены аэродром, военный городок. Неустроенным оставался быт самого командира, ставшего летом 1953 г. генерал-майором. Его семья, с малолетними сыном и дочерью, ютилась то во времянке на аэродроме, то вместе с десятком других семей в «караван-сарае» — старой даче.