Теперь, когда главная цель путешествия была достигнута, поезд устремился к дому, хотя путь туда был и не близок. Екатерина встретилась с Жанной д'Альбрэ, которой разрешили выехать из Вандома, чтобы приветствовать партию в Нераке (столице герцогства Альбрэ). Здесь Екатерина показала, как плохо она понимает приверженность людей к вере, потребовав, чтобы Жанна оставила протестантизм и приняла католичество. Жанна воспользовалась этой возможностью, чтобы представить своего сына Генриха вождям гугенотов, и он провел много времени с дядюшкой Конде. Оставив сына королевы Наваррской с матерью с условием, что вскоре они обязуются присоединиться ко двору в Блуа, процессия отправилась дальше. Проезд через западную Францию оказался нелегким, ибо король и его семья нередко подвергались насмешкам и даже преследованиям со стороны рассерженных гугенотов. Блез де Монлюк вызвал дополнительно большой отряд солдат для сопровождения королевской семьи через враждебную территорию.

В Жарнаке, неподалеку от города Коньяк, 21 августа Екатерина получила огромное удовольствие, встретившись с Ги Шабо де Жарнаком, человеком, когда-то выигравшим дуэль против Ла Шатеньерэ, протеже Дианы де Пуатье и Генриха III. К ноябрю двор уже был в Анжере, откуда королевская семья поплыла по Луаре, останавливаясь в Туре, Шенонсо и Блуа. 21 декабря 1565 года они достигли Мулена, сердца владений Бурбонов, и остановились в замке, прежде принадлежавшем изменнику-коннетаблю де Бурбону. В завершение грандиозной программы судебных и административных реформ была собрана ассамблея государственных деятелей. Среди собравшихся были племянники Монморанси и большинство членов семейства Гизов. Оба клана не встречались больше года. После того, как Карл официально признал Колиньи не виновным в убийстве герцога, Екатерина, по своему обыкновению, предписала двум вождям, кардиналу Лотарингскому и адмиралу Колиньи, примириться и даже приказала поцеловать друг друга. Что они оба и сделали, правда, никто не может утверждать, насколько искренним был этот поцелуй.

Незадолго до официального открытия ассамблеи, 6 января 1566 года, из Флориды пришли вести об изуверском насилии, чинимом испанскими войсками в Новом Свете. Испанцы вырезали большую часть французских колонистов, которые были в основном протестантами. Французы достигли этой территории первыми и объявили ее своей именем короля, но не учли, что взбешенный Филипп заявил: близ испанских территорий не бывать колониям еретиков! Он выслал 26 тысяч солдат, напавших на шесть сотен мирных поселенцев и четыре роты французских солдат. Большинству поселенцев, мужчинам, женщинам и детям перерезали горло. Лишь горстке удалось спастись. Услышав страшные новости, «ее величество рычала от ярости, подобно львице» по словам испанского посла Алавы. Она заявила, что испанцы — более дикий народ, чем даже неверные турки. Но сверх того королева-мать ничего не могла поделать. Слишком слабая, чтобы требовать от Филиппа репараций, она ограничилась тем, что воздвигла мраморные колонны с именами жертв в Форте Колиньи — единственном сохранившемся французском лагере во Флориде.

Мишель де Л'Опиталь открыл ассамблею и в своей блестящей речи обрисовал ее цели. Французская судебная система требовала упорядочения и большего контроля со стороны монарха. Существующая ныне неразбериха в сфере юрисдикции, противоречивость законов, злоупотребления властью и коррупция, связанные не только с религиозными конфликтами, но и со многими другими факторами, должны быть искоренены, — сказал он. Восемьдесят шесть пунктов, составлявших Муленский устав, стали вершиной мастерства Л'Опиталя. Этот документ вышел в феврале 1566 года. Согласно его статьям реформы в правительстве и суде должны были вернуть королю законную власть и авторитет. Увы, вновь разразившиеся гражданские войны не позволили довести до конца внедрение этих законов, но историки соглашаются с тем, что Муленский устав послужил «отправной точкой для будущих попыток реформировать правительство Франции».

Наконец 1 мая 1566 года король и его многочисленные спутники возвратились в Париж после 829 дней путешествия, из которых лишь четверть прошла в пути, а три четверти — в замках, дворцах, аббатствах, больших и малых городах, деревнях и открытых лагерях на берегу моря. Сказочный вояж, задуманный Екатериной как величавая попытка внести согласие и гармонию в разоренное войной королевство ее сына, составил по протяженности около трех тысяч миль, с переходом через горы, реки и иссушенные равнины юга. Они встречали на пути снегопады, наводнения, чуму и убийственную жару. Эта не ведающая страха, непостижимая женщина показала своему сыну народ, а народу — короля. Теперь, по возвращении в столицу, у нее были основания ликовать, ибо она верила: отныне воцарится долгий мир. Она не учла одного: неистовые страсти по религии еще не улеглись в душах людей.

Летом 1566 года резкая вспышка насилия в испанских Нидерландах — позднее названная «иконоборческой ярью» — вызвала сильнейшее напряжение и недоверие между гугенотами и католиками Франции. Подъем освободительного движения в Нидерландах начался с протеста знати против жестоких новых запретов, наложенных на местное население регентшей Маргаритой Пармской, единокровной сестрой Филиппа II. Вскоре на борьбу поднялись фламандские кальвинисты, против которых Филипп решил принять крайние меры. Религиозные и гражданские волнения в такой близости от французской границы оказались той язвой, которую Екатерина не могла не замечать. Испанцы были крайне непопулярны во Франции из-за резни во Флориде, и королева-мать устроила в Париже траурную процессию вдов тех, кто погиб в далекой колонии. Это произошло в начале лета 1566 года, и еще больше разожгло в народе ярость против испанцев.

Екатерина не могла удержаться, видя, как терпит поражение жестокая и бескомпромиссная политика Филиппа в Нидерландах. Она писала ему язвительно: «Берите пример с нас, ибо мы успешно демонстрируем, как следует управлять страной». Затем, ошибочно посчитав, что теперь испанцы будут настроены более миролюбиво, она написала своему послу в Испанию: «Я весьма довольна, ибо теперь они аплодируют нам и одобряют то, что прежде в нас порицали». Это «поздравление самой себе» оказалось явно преждевременным. Филипп быстро решил отправить в Нидерланды армию — специально для усиления репрессий и гонений на фламандских протестантов.

Французские придворные кальвинисты пока что пользовались милостями Екатерины и Карла. Король вырос настоящим поклонником Гаспара де Колиньи, ставшего наставником и другом Карла, каким его дядя Монморанси был для Генриха II, а принц Конде быстро пошел в гору. Гизы временно ретировались, не в состоянии выносить возвышения свих бывших врагов. Особенно сильно эта семейка сердилась на брата Колиньи, кардинала де Шатильона, ныне протестанта, к тому же женатого человека, который продолжал пользоваться громадными доходами с церковных бенефиций. Лишь король мог аннулировать их, но Екатерина удерживала его от каких-либо шагов в отношении Шатильона и многих других новообращенных прелатов, продолжающих получать немалые доходы от католической церкви. Королева не желала провоцировать гугенотов, пока во Франции сохранялся мир, пусть даже такой непрочный. И ее, видимо, не волновало, что даже умеренные католики испытывают гнев.

Гугеноты, естественно, не преминули воспользоваться моментом кажущейся королевской милости и начали лоббировать интересы своих голландских собратьев по религии, зов которых о помощи становился все настойчивее. Колиньи, предлагавший военную помощь со стороны гугенотов, доказывал, что изгнание испанцев из соседних Нидерландов вполне согласуется с интересами Франции. Он даже предполагал, что Карлу захочется присоединить эти территории к Франции. Екатерина быстро положила конец этим рассуждениям. Последнее, чего бы ей хотелось — вызвать гнев Филиппа, кроме того, ей требовалась поддержка императора в новом матримониальном проекте: необходимо было женить Карла на одной из дочерей императора Максимилиана Габсбурга. Она ошибочно полагала, что Филипп почувствует к ней благодарность за противодействие Колиньи и, в свою очередь, поддержит ее проект. Связь между династиями стала крепче, когда до Парижа дошли вести о том, что после нескольких выкидышей Елизавета, наконец-то, благополучно разрешилась от бремени 12 августа 1567 года. Она родила дочь и Екатерина, таким образом, стала бабкой инфанты Испании.