После описания больных автор знакомит нас с доктором Андреем Ефимычем Рагиным. В ранней молодости он мечтал быть священником, но отец, доктор медицины и хирург, вынудил его стать медиком. Наружность у него «тяжелая, грубая, мужицкая», но манеры мягкие, вкрадчивые, а голос тонок. Когда он вступил в должность, «богоугодное заведение» находилось в ужасном состоянии. Страшная бедность, антисанитария. Рагин отнесся к этому равнодушно. Он умный и честный человек, но у него нет воли и веры в свое право изменять жизнь к лучшему. Сначала он работал очень усердно, но скоро заскучал и понял, что в таких условиях лечить больных бессмысленно. «Да и к чему мешать людям умирать, если смерть есть нормальный и законный конец каждого?» От этих рассуждений Рагин забросил дела и стал ходить в больницу не каждый день. У него выработался свой образ жизни. Немного поработав, больше для вида, он идет домой и читает. Через каждые полчаса выпивает рюмку водки и закусывает соленым огурцом или моченым яблоком. Потом обедает и пьет пиво. К вечеру обыкновенно приходит почтмейстер Михаил Аверьяныч, бывший богатый, но разорившийся помещик. Он уважает доктора, а прочих обывателей презирает. Доктор и почтмейстер ведут бессмысленные разговоры и жалуются на судьбу. Когда гость уходит, Рагин продолжает читать. Он читает все подряд, отдавая за книги половину жалованья, но больше всего любит философию и историю. Читая, он чувствует себя счастливым.

Однажды Рагин решил навестить палату № 6. Там он знакомится с Громовым, беседует с ним и скоро втягивается в эти беседы, часто навещает Громова и находит в разговорах с ним странное удовольствие. Они спорят. Доктор занимает позицию греческих стоиков и проповедует презрение к жизненным страданиям, а Громов мечтает покончить со страданиями, называет философию доктора ленью и «сонной одурью». Тем не менее их тянет друг к другу, и это не проходит незамеченным для остальных. Вскоре в больнице начинают судачить о посещениях доктора. Затем его приглашают на объяснение в городскую управу. Это происходит еще и потому, что у него есть конкурент, помощник Евгений Федорыч Хоботов, завистливый человек, мечтающий занять место Рагина. Формально разговор ведется о благоустройстве больницы, но на самом деле чиновники пытаются выяснить, не сошел ли доктор с ума. Рагин понимает это и сердится.

В тот же день почтмейстер предлагает ему вместе поехать развеяться в Москву, Петербург и Варшаву, и Рагин понимает, что это также связано со слухами о его душевной болезни. Наконец ему прямо предлагают «отдохнуть», т. е. подать в отставку. Он принимает это равнодушно и едет с Михаилом Аверьянычем в Москву. По дороге почтмейстер надоедает ему своими разговорами, жадностью, обжорством; он проигрывает в карты деньги Рагина, и они возвращаются домой, не доехав до Варшавы.

Дома все опять начинают докучать Рагину его мнимым сумасшествием. Наконец он не выдерживает и гонит из своей квартиры вон Хоботова и почтмейстера. Ему становится стыдно, и он идет извиняться к почтмейстеру. Тот уговаривает доктора лечь в больницу. В конце концов его помещают туда хитростью: Хоботов приглашает его в палату № 6 якобы на консилиум, затем выходит якобы за стетоскопом и не возвращается. Доктор становится «больным». Сначала он пытается как-то выйти из палаты, Никита его не пускает, они с Громовым начинают бунт, и Никита бьет Рагина в лицо. Доктор понимает, что из палаты ему никогда не выйти. Это ввергает его в состояние полной безнадежности, и вскоре он умирает от апоплексического удара. На похоронах были только Михаил Аверьяныч и Дарьюшка, его бывшая прислуга.

Андрей Васильевич Коврин, магистр, заболевает расстройством нервов. По совету приятеля-доктора решает поехать в деревню. Это решение совпадает с приглашением в гости от подруги детства Тани Песоцкой, проживающей вместе с отцом, Егором Семенычем, в имении Борисовка. Апрель. Описание громадного разрушающегося дома Песоцких со старинным парком на английский манер. Егор Семеныч страстный садовод, посвятивший жизнь своему саду и не знающий, кому перед смертью передать свое хозяйство. В ночь, когда приезжает Коврин, Егор Семеныч с Таней спят поочередно: следят за работниками, которые спасают деревья от заморозков. Коврин с Таней идут в сад, вспоминают детство. Из разговора легко догадаться, что Таня неравнодушна к Коврину и что ей скучно с отцом, который знать не хочет ничего, кроме сада, а ее превратил в покорную помощницу. Таня тоже нравится Коврину, он предполагает, что может всерьез увлечься, но эта мысль скорее смешит, чем всерьез занимает его.

В деревне он ведет такую же нервную жизнь, как и в городе: много читает, пишет, мало спит, часто курит и пьет вино. Он крайне впечатлителен. Однажды он рассказывает Тане легенду, которую не то слышал, не то вычитал, не то видел во сне. Тысячу лет назад одетый в черное монах шел по пустыне в Сирии или Аравии. За несколько миль рыбаки видели другого черного монаха – мираж, который двигался по поверхности озера. Потом его видели в Африке, в Испании, в Индии, даже на Дальнем Севере... Наконец он вышел из пределов земной атмосферы и теперь блуждает во Вселенной, его, возможно, видят на Марсе или на какой-нибудь звезде Южного Креста. Смысл легенды в том, что через тысячу лет после первого по– явления монах должен снова явиться на землю, и вот это время пришло... После беседы с Таней Коврин идет в сад и вдруг видит черного монаха, возникающего из вихря от земли до неба. Он пролетает мимо Коврина; тому кажется, что монах ласково и лукаво улыбается ему. Не пытаясь объяснить странное явление, Коврин возвращается в дом. Его охватывает веселье. Он поет, танцует, и все находят, что у него особенное, вдохновенное лицо.

Вечером этого же дня в комнату Коврина приходит Егор Семеныч. Он заводит разговор, из которого понятно, что он мечтает выдать Таню замуж за Коврина.. чтобы быть уверенным в будущем своего хозяйства. «Если бы у тебя с Таней сын родился, то я бы из него садовода сделал». Таня и отец часто ссорятся. Утешая Таню, Коврин однажды понимает, что более близких людей, чем она и Егор Семеныч, у него нет в целом свете. Вскоре его вновь посещает черный монах, и между ними происходит разговор, в котором монах признается, что он существует лишь в воображении Коврина. «Ты один из тех немногих, которые по справедливости называются избранниками божьими. Ты служишь вечной правде». Все это очень приятно слушать Коврину, но он опасается, что психически болен. На это монах возражает, что все гениальные люди больны. «Друг мой, здоровы и нормальны только заурядные, стадные люди». Радостно возбужденный Коврин встречает Таню и объясняется ей в любви.

Идет подготовка к свадьбе. Коврин много работает, не замечая сутолоки. Он счастлив. Раз или два в неделю встречается с черным монахом и подолгу беседует. Он убедился в собственной гениальности. После свадьбы Таня и Коврин переезжают в город. Однажды ночью Коврина вновь посещает черный монах, они беседуют. Таня застает мужа разговаривающим с невидимым собеседником. Она напугана, как и Егор Семенович, гостящий в их доме. Таня уговаривает Коврина лечиться, он в страхе соглашается. Он понимает, что сошел с ума.

Коврин лечился и почти выздоровел. Вместе с Таней проводит лето у тестя в деревне. Работает мало, не пьет вина и не курит. Ему скучно. Он ссорится с Таней и упрекает ее в том, что она заставила его лечиться. «Я сходил с ума, у меня была мания величия, но зато я был весел, бодр и даже счастлив, я был интересен и оригинален...»

Он получает самостоятельную кафедру. Но в день первой же лекции извещает телеграммой, что читать не будет по болезни. У него идет горлом кровь. Он уже живет не с Таней, а с другой женщиной, старше его на два года – Варварой Николаевной, которая ухаживает за ним, как за ребенком. Они едут в Крым и по дороге останавливаются в Севастополе. Еще дома, за час до отъезда, он получил письмо от Тани, но читает его лишь в Севастополе. Таня извещает о смерти отца, обвиняет его в этой смерти и проклинает. Им овладевает «беспокойство, похожее на страх». Он ясно понимает, что он – посредственность. Выходит на балкон и видит черного монаха. «Отчего ты не поверил мне? – спросил он с укоризной, глядя ласково на Коври-на. – Если бы ты поверил мне тогда, что ты гений, то эти два года ты провел бы не так печально и скудно». Коврин опять верит, что он избранник божий, гений, не замечая, что из горла идет кровь. Зовет Таню, падает и умирает: «на лице его застыла блаженная улыбка».