Генеральные советники литовского самоуправления и офицеры мешкали, искали аргументы, чтобы отказаться от создания частей, подвластных немецкому генералитету. Штаб МДЛ с требованиями и самоволием немцев не согласился, и уже 15 мая в Каунасе руководство дружины вместе с генералом П. Плехавичюсом и начальником штаба О. Урбонасом были арестованы гестапо и отправлены в Саласпилсский концентрационный лагерь (Латвия)[134]. Затем уже сформированные части были ликвидированы^{579}. Большинство их чинов были вывезены в Германию и переданы в вспомогательные части немецких военно-воздушных сил. Часть чинов МДЛ укрылась в лесах. Некоторые части МДЛ не успели разойтись и скрыться, поэтому были застигнуты немцами. Так случилось в Калварии, где подразделение МДЛ с утра окружила рота СС, литовцы имели менее сотни французских винтовок без патронов^{580}. Немцы арестовали, насильно одели в униформу военно-воздушных сил и вывезли в Германию около 3500 мужчин, которые служили в наземной службе военно-воздушных сил в Германии и в Норвегии, несколько десятков литовцев были расстреляны во время ареста. В Вильнюсе (в Панеряй) при разоружении 310-го батальона было расстреляно 13 литовцев, 17 мая — 17 солдат 306-го батальона, а 21 мая — ещё 53 бойцов. За казнью своих товарищей обязаны были наблюдать десять отобранных немцами бывших солдат МДЛ. Из арестованных бойцов 110 очутились в концентрационном лагере Штутхов.

Прибывший 15 мая 1944 г. в Каунас высший руководитель СС и полиции в Ф. Еккельн заявил, что литовская нация, как негодная, выбрасывается из сообщества создателей «новой Европы».

Начальник мобилизационного штаба полковник Генерального штаба А. Биронтас 24 мая огласил в печати, что члены МДЛ, «<…> которые выразят добровольное желание, смогут и дальше остаться в батальонах литовской полиции или в местных комендатурах. Для этой службы их обратно принимают местные коменданты, которые позже об этом сообщают областному руководителю СС и полиции, а также и начальнику мобилизационного штаба <…»>^{581}.

Руководитель СС и полиции в Литве 27 мая 1944 г. объявил в литовской печати о том, чтобы все офицеры и солдаты ликвидированной МДЛ сдали в военную комендатуру униформу, оружие и боеприпасы. Это указание выполнили только 7% воинов МДЛ, это оружие было передано литовской полиции^{582}. Из остальных вооружённых воинов стали создаваться литовские партизанские отряды, общая численность которых составила более 8000 человек. Летом того же года перед этими соединениями была поставлена невыполнимая задача — остановить приближающиеся советские войска на литовской границе. Абсурдность такого задания понимали члены Верховного комитета освобождения Литвы, которые со вступлением Красной армии в пределы Литвы призывали народ к пассивной форме сопротивления. Однако пассивное сопротивление оказалось неэффективным, и уже осенью 1944 г. отряды литовских партизан вступают в вооружённую борьбу с войсками НКВД и регулярными частями Красной армии. О размахе сопротивления свидетельствует численность партизанских отрядов, в которых к весне 1945 г. насчитывалось уже около 30 000 бойцов. Своей цели литовское партизанское движение не достигло — слишком неравными были силы, но литовский народ продемонстрировал свою волю к независимости.

В начале 1944 г., когда Красная армия готовилась к очередному вторжению в Прибалтику, начальник VI управления Главного имперского управления безопасности бригадефюрер СС Вальтер Шелленберг (Walter Schellenberg) и оберштурмбаннфюрер СС Отто Скорцени разработали план по созданию на территории Прибалтийских республик широкой сети разведывательно-диверсионных групп и отрядов. Эти формирования должны были обеспечивать базу для возможных операций вермахта, если бы ход войны изменился.

После приближения фронта к Литве 24 июня 1944 г. усилиями генерала П. Кубилюнаса было получено разрешение немцев в уездах создать охранные команды[135]. Немцы поняли, что литовцы будут сопротивляться новой советской оккупации, а это им было выгодно. Развитие событий на фронтах войны привело к тому, что в июле 1944 г. приказом Гиммлера было объявлено решение об образовании самостоятельных формирований литовских, латышских и эстонских националистов. Подбором и подготовкой кадров для этих формирований занималась в основном немецкая разведывательная организация — истребительное соединение войск СС (Waffen-SS Jagdverband)^{583}.

Когда бои приближались к восточным границам Литвы, в Жемайтии, в окрестностях Тельшяй, 29 июля 1944 г. была сформирована Жемайтийская дружина, иначе называемая Армией обороны Отечества (АОО) (Tėvynės Apsaugos Rinktinė — TAR)^{584}. В ее состав в основном вошли отступившие из Аукштайтии бывшие сотрудники полиции Литвы, военные и по-боевому настроенная молодежь. Бойцы АОО были одеты в униформу вермахта (немцы не возражали, чтобы на левый рукав были бы нашиты щитки национальных цветов, а военные грузовики имели бы эмблему «Столбы Гедиминаса»), вооружены французским и советским оружием. Идейным создателем АОО был ксендз, доктор психологии, бургомистр Зарасая Ионас Степонавичюс (Jonas Steponavičius). Он надеялся, что немецкие физики создадут тайное атомное оружие и остановят наступление Красной армии. Командиром 1-го пехотного полка дружины был назначен майор А. Урбонас, 2-го пехотного полка — подполковник инженер Мечис Карейва (Mečys Kareiva), а после его смерти — подполковник Генерального штаба Матас Науиокас (Matas Naujokas). После отказа бывшего командира 3-й дивизии довоенной армии дивизионного генерала Эдвардаса Адамкявичюса (Edvardas Adamkevičius) возглавить дружину ее возглавил бывший начальник Мажейкяйского уезда капитан Изидорюс Ятулис (Izidorius Jatulis), начальником штаба стал капитан Ионас Чесна (Jonas Čėsna). С немецкой стороны дружиной командовал немецкий полковник (позже генерал) Гельмут Мадер (Helmuth Maeder). Советские войска наступали на запад, АОО стала арьергардом отступающих немецких частей. Произошло несколько кровавых боёв, особенно сильные бои были при Седе. АОО была слабо вооружена, а неравенство сил было очень велико, поэтому она была вынуждена отступать в Германию. Её остатки были распределены по восьми строительно-сапёрным ротам, которые возводили укрепления в Восточной Пруссии.

Почти сотня литовцев попала в военно-морской флот Германии — в 9-е морское запасное подразделение (9. Marine Ersatz Abteilung). Здесь вместе с литовцами обучались 400 латышей и 150 эстонцев^{585}. Позже, в октябре 1944 г., латыши и эстонцы были вывезены в Данциг, где располагались учебные лагеря их легионов СС.

В конце 1944 г. — начале 1945 г. немцы предприняли усилия создать из проживающих в Германии военных беженцев так называемый «литовский национальный комитет» и с его помощью попытаться мобилизовать в военные части находящихся в Германии литовцев-беженцев. Для этой цели использовалось действующее в Германии Литовское вспомогательное учреждение (Litauische Hilfsstelle), руководимое бывшим генеральным советником по вопросам труда и социальным проблемам д-ром Ионасом Паукштисом (Jonas Paukštys). Ещё 20–21 сентября 1944 г. в этом учреждении прошло совещание по вопросу создания литовских военных частей в Германии. Должность командующего будущих военных частей вновь была предложена генералу С. Раштикису, однако он категорически отказался, вплоть до решения всех политических вопросов. Отказались от этого предложения и генералы С. Пундзявичюс и К. Таллат-Кялпша. Так что и на этот раз немцам не удалось найти общий язык с литовцами^{586}.