Зимой 1630–31 г. вражда еще больше обострилась. 27 декабря Палицын собрал в Успенской церкви сходку Мангазейской общины и при всем народе объявил Григория Кокорева государевым изменником. Пока шла сходка, Кокореву донесли об этом, и он приказал занять Успенскую башню, чтобы расстрелять бунтовщиков.

Открытое выступление Палицына с обвинением Кокорева в измене подлило масла в огонь. Посадские и промышленные люди, в их числе был и Леонтий Плехан, только что вернувшийся с Енисея, куда он ездил на соболиную охоту, поднялись против старшего воеводы, действиями которого они давно были недовольны. Гнев прорвался наружу. «Мир» решил восстановить порядок в городе и покончить с воеводской распрей. От лица всех была составлена челобитная царю с перечислением «измен» Кокорева и с просьбой передать управление Мангазеей в руки Палицына, немедленно заявившего о своем согласии исполнить желание посада. В ответ на это дерзкое решение «мира» Кокорев привел к присяге гарнизон, верных ему торговых и промышленных людей и сел в осаду. В городских крепостных башнях и в стенах были вырублены дополнительные бойницы и поставлены пушки, а Спасские ворота закрыты, они охранялись усиленным нарядом стрельцов. Однако Кокорев скоро и сам понял, что хватил через край и что следовало поискать выхода. Поэтому 27 февраля он созвал на посаде на гостином дворе всех жителей Мангазеи с намерением договориться обо всем. Однако вышел он из крепости, окруженный стрельцами, и на гостиный двор идти не захотел, а стал перед городской стеной. Неизвестно, дал ли кто команду открыть пальбу с городских башен по посаду, но выстрелы последовали. Это вызвало немедленную реакцию противной стороны. Промышленные и посадские люди, руководимые племянниками Палицына, бросились на штурм крепости, но взять ее, конечно, не смогли. Зато они окружили город со всех сторон и держали его в осаде несколько месяцев. Под городскими стенами выросли «остроги», стояли караулы, все дороги к городу были «перехвачены». Таким образом, гарнизон, насчитывавший сто человек, оказался в полной изоляции. В город не пропускали продукты, не позволяли возить дрова. От недоедания и отсутствия свежей пищи в осажденном лагере началась цинга, унесшая 10 жизней. Однако и посад пострадал. Почти ежедневно его обстреливали из крепостных пушек и половину домов разрушили. Не помогли и подкрепления, прибывшие из Туруханского зимовья во главе с поляком Павлом Хмелевским. К маю у осаждающих иссякли порох и свинец. Они уже не могли отвечать на артиллерийский огонь и вылазки из крепости. Тогда Палицын приказал отступить на Енисейский волок, где к этому времени поставил службы взамен мангазейских — таможню, съезжую избу. Он даже снаряжал отряды служилых людей в ясачные зимовья и собирал ясак. По существу, в эти месяцы Мангазея перестала быть центром уезда, переместившимся на Енисейский волок.

После ссоры и разгрома посада в городе едва теплилась жизнь, хотя потери были незначительные: убито 12 человек, ранено 4 стрельца.

Сведения о мангазейской смуте поступили в Тобольск летом 1631 г. Там решили, что во всем виноват Андрей Палицын: он зачинщик «мужицкого воровства». Поэтому в Мангазею послали небольшой отряд стрельцов с приказом схватить и доставить Палицына в Тобольск. Младший воевода, однако, отвел обвинения и не послушался, продолжая сидеть на Енисейском волоке, и только после окончания сбора ясака двинулся в Тобольск. Шел он в караване торговых людей. Рассказывали, что на коче, кроме соболиной казны, вез Палицын как доказательства ядра от крепостных пушек, которыми Кокорев стрелял по посаду. В июле его коч прошел мимо Мангазеи, никем не остановленный. Как ни странно, в Тобольске Палицына также не решились задержать. А в Москве отделался он непродолжительным домашним арестом. Во время ареста, употребив все свое красноречие и недюжинные дипломатические способности, добился нового назначения на воеводство. Умер Палицын в начале 40-х гг. уже в преклонном возрасте.

Кокорев продолжал управлять Мангазеей еще целый год, ожидая прибытия новых воевод. О его плавании по Обской губе упоминалось. Он также не подвергся наказанию. Царский двор довольно легко убедился в том, что наветы Палицына в сущности являлись плодом его домыслов, что Кокорев не мог выступить против царского дома, и если он хотел действительно уйти из Мангазеи по морю-океану, то не по злому умыслу, а «из боязни царского гнева». Вскоре его назначили воеводой в город Чугуев.

Для самой Мангазеи воеводская смута значила очень много. Она вскрыла отрицательные стороны порядков, установившихся с приходом на Таз первых воевод. Эти порядки были неприемлемы потому, что тормозили развитие жизненно важных для северных районов Сибири торговых и пушных промыслов. Когда-то притягивавшая к себе толпы промышленного люда Мангазея после воеводской смуты стала клониться к упадку, долгое время оставаясь транзитным пунктом, который к тому же при удобном случае обходили, пользуясь южными путями — дорогой от Тобольска на Маковский острог и дальше на Енисей. Показательным в этом отношении является запустение мангазейского посада, который так и не отстроился вновь после воеводской смуты.

Сами мангазейские власти вынуждены были засвидетельствовать через 10 лет, что в городе наступило полное затишье в торговле и что «как был бой меж воевод… только на том гостином дворе от их воеводцкого пустошения осталось четыре лавченка, да и те, государь, изсечены и стоят оне пусты, а торговые и промышленные люди с своими рускими товары и с хлебными запасы стоят по онбарам и по избам у мангазейских стрельцов».

Вместе с тем нельзя сказать, что Мангазея совсем перестала играть какую-нибудь роль на торговых путях Сибири, она по-прежнему снаряжала походы в «новые землицы».

Принявший сторону Палицына, Леонтий Плехан после осады, в которой принял участие и был ранен, уехал в Туруханское зимовье, решив перевести свои торги поближе к реке Нижней Тунгуске — главной промышленной артерии Мангазейского уезда. Через три года он в последний раз посетил Мангазею и на коче благополучно прибыл в Березов. Поздней осенью он через Камень перебрался в Усть-Цильму и оттуда прибыл в свою родную Усть-Пинегу. Мангазейское, точнее, туруханское дело, которому он отдал тридцать с лишним лет, продолжали его сыновья — Климентий и Иван Плехановы.

Однажды, в вечерние часы, когда воевода Данила Наумов вышел на осмотр строящейся башни Туруханского города, встретил его подьячий съезжей избы и передал связку архивных дел. Он сказал, что в них есть интересные сведения об истории Мангазеи. Поэтому сразу по возвращении домой Наумов принялся за чтение.

Вначале в свитке нового ничего не оказалось. Документы мангазейской таможни и съезжей избы подтверждали то, в чем он убедился и раньше. Уходила жизнь из Мангазеи, и, как ни препятствовали тому царские власти, увядала Мангазея год от года. Но дальше встретились важные сообщения, имевшие прямое отношение к истории города.

В знойное лето 1642 г. в Мангазее разразился грандиозный пожар. За десять верст видно было, как горел город. Выгорел он почти весь. Сгорели воеводский двор, государев амбар, съезжая изба, часть крепостной стены. Многие полуобгоревшие, но не до конца погашенные постройки пришлось разломать из опасения новой вспышки пожара. Сибирский приказ требовал от мангазейских воевод восстановления города, не понимая, что сделать это уже невозможно. Люди постепенно покидали Мангазею. В челобитной, которую послали мангазейские служилые люди царю, говорилось почти о бедственном их положении.

«Нам, холопям, твоим, — писали они, — порченых, разломаных и разрытых мест Мангазейского города и острог ставить на горелом месте, съезжую избу, воеводский двор и государевы амбары делать некем: да в Мангазее служилых людишек всего 94 человека, да из них 70 человек посылаются на государевы годовые, двухгодовые и трехгодовые службы по ясачным зимовьям и с ясаком в Москву, 10 человек сидят в тюрьме и остается в Мангазее для береженья государевой казны 14 человек… На… службы поднимались, должая великими долгами, дети и жены наши, живучи в Мангазейском городе, терпят голод, а теперь и должаться не у кого, потому что город запустел…»