В общине числилось по списку почти 300 человек, и даже в будни синагогу посещало от 80 до 150 прихожан. По сведениям Б. Гребенникова, община уже имела в то время большое влияние на окружающее население. В марте 1948 года горисполком выдал разрешение на проведение службы, а 28 сентября был заключён бессрочный договор о бесплатном пользовании помещением.
С 1947 года и до мая 1948 года синагогу посещали не только пожилые люди, но и молодёжь. В праздничные дни Пейсаха, Йом-Кипур, Рош га-Шана (еврейский Новый год) собиралось до 400 и более человек. Активными участниками общины оказались близкие родственники работников горисполкома и облисполкома, некоторые партийные и комсомольские работники.
Члены общины активно обсуждали «палестинский вопрос», который решался в то время на чрезвычайной сессии Генеральной Ассамблеи ООН. При этом верующие порой ревниво относились к идее создания второго еврейского государства, полагая, что достаточно уже образованной Еврейской автономной области.
Перед общиной стояли и другие задачи: издание еврейского календаря, открытие магазина кошерного мяса, получение белой муки для выпечки мацы. Летом 1948 года община, собрав деньги, отправила р. Каца в Москву для решения этих проблем, но Совет по делам религиозных культов разрешений на эту деятельность не выдал.
Чтобы уменьшить активность еврейской общины, партийные и советские органы начали оказывать давление на руководителей предприятий, отпускавших работников на религиозные праздники. Если на Йом-Кипур 1948 года почти 600 биробиджанцев пришло в синагогу выразить своё отношение к самому знаменательному празднику еврейского народа, то в 1949 году, на Йом-Кипур, синагогу посетило около 450 человек, а в 1950 году — почти 350 прихожан.
Религиозная община постепенно утрачивала своё влияние. Если в марте 1948 года в ней было зарегистрировано 300 человек, то на 1 июня — всего 43 человека. Снизилась посещаемость синагоги прихожанами: после мая 1948 года в пятницу в синагоге бывало 25–30 человек, в субботу — от 60 до 100 человек. Резко сократились денежные сборы, в связи с чем несколько месяцев кантор синагоги С. Каплун не получал жалование. Зимой 1948–1949 года из-за того, что не было средств на отопление, синагога часто была закрытой.
Оценивая сложившуюся в 1949 году обстановку, Б. Гребенников отмечал, что резкое сокращение посещений синагоги верующими в Биробиджане произошло потому, что обком ВКП(б) и горком партии крепко прижали кое-кого из членов, кандидатов в члены партии и городских руководящих работников, близкие родственники которых посещали синагогу и совершали религиозные обряды. Во время этих гонений община лишилась раввина. По сведениям из архивов Хабаровского края, на 1 октября 1950 года председателем правления общины стал Лейб Гершевич Гефен, 1880 года рождения, проходивший по документам как иждивенец.
Сложным в жизни еврейской общины стал 1950 год. В справке «О религиозном движении и деятельности религиозных культов по Еврейской автономной области», которую Б. Гребенников в октябре 1950 года направил в Хабаровский крайком ВКП(б), сообщалось о всё ещё сохранявшейся в Биробиджане нездоровой обстановке. Под грифом «Секретно» он направляет секретарю обкома ВКП(б) ЕАО Адаскину список «активных религиозников». В нём были отмечены члены правления, члены ревизионной комиссии, кантор общины, большинство из которых родились до 1900 года и давно были на пенсии.
В октябре 1950 года Б. Гребенников пишет в справке: «По Еврейской автономной области имеется официально зарегистрированная одна еврейская религиозная община в г. Биробиджане, в которой числится верующих, постоянно посещающих синагогу, 57 чел. Из них 39 мужчин, 18 женщин…. Периодически посещающих синагогу, особенно в дни больших праздников Йом-Кипур, Рош-Гошано (так в тексте — И.Б.), Суккот или праздник урожая (один из основных праздников еврейского народа, в это время по традиции следует жить в шатре, куще — И.Б.) и Пасху, до 400 человек и более…
Кроме зарегистрированной общины евреев в области имеются группы верующих евреев, которые собираются по 15–20 человек где-либо на квартире и совершают религиозные обряды. По имеющимся сведениям, такая группа есть в райцентре с. Ленинского, эта группа 20 сентября на праздник Йом-Кипур собиралась. Есть сведения, группа миньян имеется в колхозе «Валдгейм» Биробиджанского района…».
После завершения праздников 1950 года председатель правления общины Л. Гефен, подтверждая происходящие изменения в жизни общины, заключает: «Наши праздники с каждым годом проводятся беднее, вера падает, верующих, посещающих синагогу, все меньше и меньше, наши расчёты на то, чтобы в праздники собрать побольше средств и отремонтировать синагогу, не оправдались».
В начале 1951 года Л. Гефен встречается с уполномоченным, чтобы определиться с дальнейшей работой общины. Из состава правления выбыло несколько членов, и возникли проблемы с довыборами, посещаемость молитвенных собраний снизилась, не было денег даже на свечи, не говоря уже о том, что требовался ремонт синагоги. Гефен поднял вопрос о невозможности исполнять свои обязанности. К тому времени из-за давления власти из Биробиджана выехали главные организаторы синагоги — раввин Г. Кац, 3. Вайсер и многие другие верующие.
В 1952 году впервые в синагогу в праздничные дни не приехали верующие из колхозов, не было нарушений трудовой дисциплины, связанных с самовольным уходом с рабочих мест. Перестали проводиться религиозные обряды. Верующих евреев хоронили без соблюдения ритуала на общем кладбище. Община уже не настаивала на отводе отдельного кладбища для евреев, не просила организовать приготовление и продажу мацы и кошерного мяса.
Последний всплеск религиозной активности общины пришёлся на праздник Йом-Кипур, который состоялся 18 сентября 1953 года. В синагоге присутствовало более 500 человек. Такая активность прихожан, как считает Д. Вайсерман, вызвала ответную реакцию власти. Была разработана операция по дискредитации общины спровоцированной дракой и ночным погромом в здании синагоги. Это стало поводом для принятия решения исполкомом областного Совета народных депутатов в ноябре того же года о закрытии синагоги. Это было начало конца её существования. Драка и скандал рассорили прихожан, и они перестали ходить в синагогу.
Упадок религиозной деятельности общины был естественным на фоне крайне жестоких мер, принимавшихся с 1949 года как к руководителям области, так и к еврейской интеллигенции, в числе которых были писатели, поэты, учителя, артисты. В этот период были закрыты областной музей, еврейский театр им. Л.М. Кагановича, прекратилось изучение языка идиш в школах. Это было наступление по всему фронту под флагом борьбы с «буржуазным национализмом и космополитизмом».
В докладе первого секретаря обкома ВКП(б) А. Бахмутского в феврале 1949 года, в разделе «Вопросы идеологической работы», отмечалось: «…обком партии допустил серьёзную ошибку, совершенно забросив антирелигиозную пропаганду, хотя сигналы активности религиозников у обкома были. Обком не сделал для себя выводов даже после того, когда члены некоторых наших руководящих работников, в т. ч. и областных, начали посещать синагогу. Бюро обкома ограничилось тогда внушением этим работникам, но не организовало обсуждения в партийных организациях вопроса об отношении партии к религии… Надо развернуть активную наступательную антирелигиозную пропаганду, как против иудейской, так и против христианской религии…».
Но даже эти признания не помогли Бахмутскому, который вынужден был балансировать на грани борьбы с властью за национальное развитие области и преодоления сильнейшего давления на него, выразившегося в предъявленных к нему обвинениях в «буржуазном национализме», потворстве «космополитам». Через два года А. Ярмицкий вместе с А. Бахмутским и М. Левитиным были исключены из партии за «буржуазный национализм и космополитизм». Их позиции в политических и национальных вопросах признаны ошибочными. Они были осуждены на различные сроки и впоследствии реабилитированы.
