Институт геологических наук, куда Каныша Имантаевича пригласили директором, был первым самостоятельным научно-исследовательским учреждением в системе КазФАНа. Вслед за ним в том же 1941 году открылся Институт истории, языка и литературы.
Дальнейший рост казахского филиала тесно связан с возросшими в условиях военного времени запросами промышленности и сельского хозяйства республики. Поскольку филиал нацелил всю свою научную деятельность на удовлетворение нужд обороны страны, в большой степени повысилось практическое значение выполняемых исследований. Вскоре после начала войны на базе соответствующих секторов возникли химико-металлургический институт и Институт астрономии и физики.
Свидетельствует академик АН СССР В.Г.Фесенков:
«В первый год Великой Отечественной войны советские астрономы, приехавшие в Алма-Ату для наблюдения полного солнечного затмения 21 сентября 1941 года, оказались на положении эвакуированных, так как после окончания своей работы уже не могли вернуться обратно. Однако мы не почувствовали тяжести положения, так как встретили активную поддержку со стороны руководства Казфилиала... и особенно со стороны Каныша Имантаевича Сатпаева. Для успешного продолжения научной работы мы предложили создать при Казфилиале АН СССР Институт астрономии и физики. Этот проект активно поддержал К.И.Сатпаев. После его доклада в Совнаркоме Казахской ССР в октябре 1941 года можно было приступить к организации института, его астрономической обсерватории и созданию для его сотрудников необходимых условий... Несмотря на то, что институт сначала занимал всего лишь одну комнату в здании Казфилиала, в нем началась активная научная работа. Каждую пятницу проводились научные собрания с докладами сотрудников, в которых время от времени принимал участие и Каныш Имантаевич».
О работах, выполненных Институтом геологических наук под непосредственным руководством Сатпаева в тот тяжелый для страны период, мы уже говорили. А какую лепту внесли в дело обороны страны новые институты, например, астрономии и физики? Архивы свидетельствуют, что в годы войны в лабораториях была налажена такая тонкая и сложная работа, как спектральный радиометрический анализ руд, поступающих от полевых экспедиций. В основном это было уделом физиков. Но и астрономы плодотворно трудились для фронта. В творческом содружестве с ботаниками они занялись исследованиями, необходимыми для изготовления светофильтров. И вскоре противовоздушная оборона страны получила эти приборы. А содружество столь несхожих на первый взгляд наук привело в конце концов к неожиданному результату: в Казахстане родилась астроботаника — наука, до тех пор не существовавшая.
Значительными достижениями начинал свою работу и химико-металлургический институт. Ученые помогли специалистам Балхашского медеплавильного завода наладить технологию выплавки металла из богатых джезказганских руд, а до этого предприятие работало только на коунрадском сырье; для Чимкентского и Лениногорского свинцовых заводов институт вел исследования по извлечению ценных компонентов из отходов обогатительных фабрик; именно в эти годы впервые сумели использовать отходящие сернистые газы металлургических заводов для создания в республике новой сернокислотной промышленности. В период войны металлурги республики с помощью ученых наладили выпуск нескольких новых остродефицитных редких металлов, а раньше они безвозвратно уходили вместе со шлаками или без пользы лежали в «хвостах» обогатительных фабрик. На основе рекомендаций ученых КазФАНа вблизи Караганды, в урочище Темиртау, началось строительство Казахского передельного завода — предшественника нынешней Казахстанской Магнитки.
Основные усилия химиков были также направлены на использование в народном хозяйстве сырьевых запасов Казахстана. В кратчайшие сроки они разработали промышленные способы получения жидкого стекла, карбида кальция, каустической соды, бентонитов и многих других видов продукции, имевших важное значение для обороны страны. Пожалуй, самыми серьезными их достижениями были детальное изучение месторождения фосфоритов и открытие способа получения из них минеральных удобрений.
Такая же напряженная работа шла и в других секторах филиала, в научных институтах, открытых в годы войны. Еще в начале ее ботаники, физиологи, биохимики передали производственникам новую технологию получения дубильных веществ, прочных растительных красок, витаминов, поташа и других ценных продуктов из растительного сырья. Весьма кстати оказалось открытие казахским ученым Каримом Мынбаевым каучуконосных растений — каратауский таусагыз позволил обеспечить десятки тысяч машин на фронте и в тылу высококачественной резиной.
Даже такая чисто «гражданская» наука, как лингвистика, нашла себе применение во всенародном деле помощи фронту. Казахские языковеды составили русско-казахский словарь военных терминов, который оказался весьма полезен для обучения новобранцев-казахов. Литературоведы выпустили в годы войны первый том «Истории казахской литературы». А историки наряду с собиранием и научной систематизацией материалов о Великой Отечественной войне подготовили и издали «Историю Казахской ССР с древнейших времен до наших дней». Внесли свою, притом немалую, долю в дело помощи фронту и такие представители сугубо мирных отраслей науки, как почвоведы. Они составили почвенные карты почти всех областей Казахстана, которые сыграли важную роль в рациональном использовании бескрайних земельных угодий республики...
Так было почти во всех секторах, отделах, научных институтах. Везде и всюду кипела работа. Лозунг «В тылу как на фронте!» определял все устремления коллектива филиала.
Общий штат филиала к этому времени достигает уже пятисот человек, среди которых 2 академика, 4 члена-корреспондента, 18 докторов наук и профессоров, 44 кандидата наук и около 150 младших научных сотрудников и лаборантов.
Пополнение кадрами постоянно расширяющихся институтов и секторов филиала шло в основном тремя путями.
Первый из них — приглашение одаренных, способных специалистов с промышленных предприятий. Хотя у них не было ни ученых степеней, ни навыков исследовательской работы, они хорошо знали производство, свое дело. Руководство филиала смело и решительно выдвигало таких специалистов на ответственные посты.
Второй — приглашение на временную или постоянную работу крупных ученых, эвакуировавшихся в Алма-Ату. Впоследствии многие из них остались в столице Казахстана, избрав ее местом постоянного жительства.
Из воспоминаний В.А.Ульяновской:
«...Разразилась война. Стал остро вопрос, куда вывезти из Москвы детей сотрудников Академии наук. Предлагались разные варианты, разные города. Я вспомнила, о радушном приеме своих друзей казахстанцев, которых к этому времени у меня уже появилось немало, вспомнила о словах тов. Ундасынова26 и решила дать телеграмму о возможности вывезти детей в Казахстан.
А через два дня мне позвонили из Казахского представительства в Москве.
— Тов. Ульяновская, сегодня ночью мне звонил по телефону тов. Ундасынов и просил передать вам, что не только детей сотрудников Академии наук, но и всех академиков правительство Казахстана приглашает приехать в республику. Назовите любое место.
— Можно детей отвезти в Боровое? — задан был мною вопрос. — Куда переводить на содержание детей деньги?
— Повторяю указание тов. Ундасынова, — ответил мне постпред. — Можно везти в любое место, в том числе и в Боровое, а о деньгах... ведь детей повезут в республику Советского Союза, какой же может быть разговор о деньгах?..
Я никогда не забуду этого разговора. Великое братство народов в нашей прекрасной стране сказалось здесь с особой силой.
В середине 1941 года не только дети сотрудников Академии наук, но и многие академики с семьями выехали в замечательный курорт Казахской ССР — Боровое, а некоторые институты, в том числе Институт истории, экономики, географии АН СССР — в столицу республики г.Алма-Ату».
