Затем в статье говорится об участии героя в суворинском «Новом времени», о том, как он пытался обобрать Суворина, а когда «Суворин отстоял свое добро», то герой «открыл торговые бани в собственном доме». Автор статьи уверен, что его герой «не замедлит открыть вскоре образцовый публичный дом для продолжения своей торговли мясом». Заканчивается статья так: «Мы было и забыли сообщить имя «героя нашего времени». Мужа этого зовут Владимир Онуфриевич Ковалевский».
Вздорность обвинения «Общего дела» против В. О. Ковалевского очевидна после всего рассказанного о его издательской деятельности, о его связях и отношениях с радикальными кружками, о его фиктивном браке, о его увлечении спекуляциями, после приведенных выше его политических высказываний по поводу Коммуны 1871 года. Статья «Нечто о шпионах» не подписана, но установлено, что автором ее является известный критик и революционер В. А. Зайцев (1842–1882), с которым В. О. Ковалевский был знаком по радикальным кружкам первой половины шестидесятых годов. Оба они участвовали также, вместе с другими товарищами В. О. по училищу правоведения — В. В. Яковлевым и князем А. С. Голицыным, в издании радикальной газеты «Народная летопись», выходившей в Петербурге в 1865 году. Зайцев имел какие-то счеты с Владимиром Онуфриевичем из-за своей сестры Варвары Александровны, в связи с ее фиктивным браком. Эта «красивенькая, но надутая», как характеризует ее современник, барышня хотела освободиться от гнета отца, крупного чиновника, разошедшегося с женой вследствие несочувствия ее радикальному образу мыслей и революционным связям своих детей. С этой целью Зайцева фиктивно вышла замуж за участника нигилистических кружков 60-х годов князя А. С. Голицына. Потом она выехала в Швейцарию, где сошлась с другом Ковалевского, участником польского восстания доктором П. И. Якоби. С последним у Ковалевского тоже были временные недоразумения на почве денежной помощи, которую Владимир Онуфриевич ему оказывал. Когда В. О. Ковалевский узнал, что Якоби живет с Зайцевой, он писал брату, что после этого его хорошие отношения с товарищем «должны кончиться, или, по крайней мере, охладиться».
В. А. Зайцев до конца жизни не отделался от неприязни к В. О. Ковалевскому. Что касается вопроса о шпионах, то борьбу с ними он вообще считал одной из важнейших задач писателя-революционера и требовал в этом деле исключительной бдительности. Через два года после статьи о Ковалевском, в статье «Теоретические основания суда над шпионами», Зайцев писал: «Всякий, заподозрив лицо в шпионстве, не только имеет право, но и прямую обязанность высказать открыто подозрение, хотя бы с риском обвинить невинного. Опасность повредить одному лицу совершенно исчезает перед риском сделаться сообщником гибели сотни людей… Разумеется, не должно возводить обвинений легкомысленно; надо иметь для этого полное нравственное убеждение; оно назревает само собой и помимо нашей воли; но раз почувствовав его, надо иметь мужество высказать его громко, не ожидая никаких улик, так как их в этом деле быть не может».
Конечно, в появлении статьи о Владимире Онуфриевиче сыграла роль отмеченная новейшим исследователем публицистической деятельности В. А. Зайцева «чрезмерная склонность» последнего «к поспешным непродуманным выводам». Но побудительным толчком для автора несомненно послужили разговоры о широком размахе спекулятивной деятельности Ковалевского, о преступно-пышной, с точки зрения радикальных кружков 70-х годов, обстановке его домашней жизни, о том, что он продал свое научное первородство за чечевичную похлебку, толки о его знакомствах среди столичной плутократии. Статья запрещенной газеты не могла получить в России широкого распространения, но неаполитанские слухи 1866 года снова поползли по петербургским гостиным. Душевный покой Владимира Онуфриевича был нарушен окончательно.
Материальное банкротство Ковалевских было неотвратимо. Их делами уже распоряжались нетерпеливые кредиторы. Софья Васильевна извещала об этом А. О. Ковалевского в январском письме 1880 года. Начато было письмо Владимиром Онуфриевичем, но он никак не мог собраться продолжать его, и жене пришлось доканчивать сообщение о делах, в которых Александр Онуфриевич был заинтересован своими крохами. «Как мы справимся с этим делом, я решительно и представить себе не могу, — пишет В. О., — у Софы все еще существуют какие-то надежды на устройство дела, но у меня их положительно нет и по той простой причине, что здание возведено в таких размерах и в такой стоимости, что оно не окупает всех процентов и следовательно неминуемо должно погибнуть». Софья Васильевна никаких надежд на устройства дела не имела, что и высказала в своей приписке: «Я почти рада, что эта операция уже окончена, так как один из главных страхов уже пережит. Что будет дальше — и сказать пока невозможно. Лишь только что-нибудь выяснится, я намереваюсь убежать с Фуфкою (дочерью) из Петербурга».
В начале 1880 года Ковалевские разделались со всеми своими коммерческими предприятиями: их домами, парниками, банями, коровами, садом завладели другие лица. Сами они уехали в Москву, где оба пытались снова заняться наукой.
Софья Васильевна вступила в математическое общество при Московском университете, но там отнеслись несочувственно к ее увлечению теорией Вейерштрасса.
Московские математики настолько не знали тогда эту теорию, что Софья Васильевна писала Миттаг-Леффлеру: «Меня больше почти не удивляет, что наши русские математики, знающие всю эту теорию лишь по книжкам Неймана и Брио, проявляют такое глубокое равнодушие к изучению этих функций. Поверите ли вы мне, например, если я вам скажу, что мне еще недавно пришлось выдержать горячий спор с несколькими профессорами математики Московского университета, считавшими, что еще не доказана возможность серьезного применения абелевских функций и что вся эта теория еще настолько запутана и бесплодна, что она совершенно не может служить предметом для университетского курса!»
Тем не менее Софья Васильевна решила сдать в Москве экзамены на звание магистра, и вступила в переговоры с профессорами физико-математического факультета. С своей стороны Владимир Онуфриевич подал заявление о зачислении его преподавателем университета. Ковалевские рассчитывали на переживавшийся тогда русским просвещением период либерального восторга: министром был молодой, принадлежавший к группе прогрессивных сановников, «правовед» А. А. Сабуров, незадолго до того сменивший мракобеса и вождя оголтелой реакции Д. А. Толстого. Но почтенные московские профессора знали цену сабуровской прогрессивности и, стараясь подслужиться к министру, лишний раз показали, чего стоит свободолюбие либерала.
Небольшие отрывки из двух писем Софьи Васильевны к А. О. Ковалевскому чрезвычайно любопытны для характеристики русского либерального общества в эту пору. «Володя уже, конечно, писал вам, что его избрание в штатные доценты при здешнем университете становится довольно вероятным и что он этого весьма сильно желает, так как надеется комбинировать служение маммоне со служением геологии. Что до меня касается, то я было подала прошение о допущении меня к магистерскому экзамену, но Бабухин (профессор гистологии) и Снегирев (профессор акушерства), услышав об этом, пристали к Володе с тем, чтобы я взяла прошение обратно, ибо в университете существует весьма сильная партия ненавистников женского вопроса, которых рассуждения обо мне могут восстановить и против Володи, что значительно повредит вопросу о его избрании. Хотя Бугаев (Н. В. — профессор математики, отец писателя Андрея Белого) и утверждает, что это все вздор, но я все-таки не желаю итти на риск и решилась магистерство отложить».
В другом письме Софья Васильевна говорит о том же: «Володя уехал за границу… Он, конечно, писал вам, что его избрание в университет становится чрезвычайно вероятным… Что до меня касается, то мои дела идут далеко не столь блестящим образом; несмотря на то, что и профессор Давидов (А. Ю., московский математик) и ректор Тихонравов (Н. С.) лично обращались к министру с просьбою допустить меня к магистерскому экзамену, но министр (А. А. Сабуров) решительно отказал и даже одному моему знакомому, д-ру Покровскому, тоже имевшему случай говорить с министром, выразился так, что и я, и дочка моя успеем состариться прежде, чем женщин будут допускать к университету. Каково? Кто бы мог ожидать подобного от столь либерального молодого человека, как наш Сабуров?».