В марте 1872 года Владимир Онуфриевич приступил к докторским экзаменам в Иене и после блестящей сдачи их защитил диссертацию. Немецкие ученые оценили эти «поистине поразительные» результаты работ Ковалевского и предлагали ему профессуру в одном из германских университетов.
Но Владимир Онуфриевич стремился к получению кафедры в России. Для этого требовалось прежде всего сдать магистерские экзамены и защитить диссертацию в каком-нибудь русском университете. «Теперь надо думать о магистре, — пишет он брату немедленно после иенских экзаменов, — и сделать его непременно осенью в Одессе! или где-нибудь, где есть знакомые, чтобы уж не готовиться вновь». На Одессу Владимир Онуфриевич надеется потому, что там, при содействии И. И. Мечникова, недавно избран на кафедру геологии Н. А. Головкинский, который, конечно, на магистерском экзамене не будет придираться к мелочным формальностям.
Встретившись с Владимиром Онуфриевичем в Лондоне, И. М. Сеченов несколько разочаровал Ковалевского относительно того, что его примут в отечественных университетах с распростертыми объятиями. Сеченов объяснил ему, что для царского правительства лучше иметь покладистых чиновников на кафедрах, чем людей, увлекающихся политическим радикализмом, хотя бы они и являлись светилами науки. Кроме того, сами эти чиновники постараются не допустить в свою среду чужака: в русских университетах сильны кумовство и непотизм.
Ковалевский рассчитывал держать экзамен в Одессе у Н. А. Головкинского. Второго профессора геологии в Одесском университете, И. Ф. Синцова, он ни во что не ставил, так как работы последнего считал студенческими, «чисто описательными, крайне поверхностными». Отзывы эти дошли до Синцова и сильно раздражали его. Тщетно просил А. О. Ковалевский брата быть осторожнее. Владимир Онуфриевич отвечал, что он не боится свободно выражать свое мнение о работе Синцова и «ничем другим, кроме вздора, ее назвать» не может: «ни слова разумного там нет».
Конечно, Синцов не мог простить Владимиру Онуфриевичу его резких отзывов. Между тем Ковалевский приехал в Одессу в конце 1872 года, когда Головкинский был в заграничной научной командировке, приехал, не дождавшись выхода из печати своих глубоко-научных работ, и пошел на экзамен к Синцову. Последний воспользовался случаем показать факультету, что дискредитировавший его ракушечные обзоры иенский доктор сам ничего не смыслит в избранной им науке, и разными экзаменационными трюками пытался сбить Ковалевского. И хотя ухищрения Синцова были безуспешны, Хотя факультет признал ответы Владимира Онуфриевича удовлетворительными, Ковалевский напортил себе своей горячностью. Он поддался провокации Синцова, сам потребовал контрольного экзамена, и на этот раз экзаменатору удалось подвести его посредством каверзных, совершенно несущественных вопросов.
Противник В. О. Ковалевского использовал создавшуюся обстановку: Н. А. Головкинский был в отсутствии; ученый дарвинист И. И. Мечников переживал тогда тяжелую личную драму — умирала его первая жена, Людмила Васильевна; искренно преданный Владимиру Онуфриевичу физиолог И. М. Сеченов, по свойствам своего характера, не хотел верить, что Синцов способен ставить личное самолюбие выше интересов науки, а по своей щепетильности и ригоризму считал неудобным оказывать давление на главного экзаменатора; примыкавший к группе Мечникова-Сеченова, декан факультета Я. Я. Вальц уже тогда был одержим болезнью, приведшей его впоследствии в сумасшедший дом, и Синцову легко было перетянуть его на свою сторону; все остальные профессора физико-математического факультета в Одессе, по своим специальным занятиям далекие от вопросов о развитии позвоночных, были либо яростными противниками безбожной теории Дарвина, либо чужды всякой научной теории, и предоставили Синцову полную свободу действий.
Получился крупный научный скандал. Автор исследования, о котором знаменитый английский естествоиспытатель Гексли за 2–3 месяца до того сказал, что «это самая важная работа в эти 25 лет, и все будущие исследования изменятся выводами, к которым пришел Ковалевский, — был признан в Одессе недостойным скромного звания магистранта. «Так встретила, — писал в 1928 году академик-геолог А. А. Борисяк, — русская официальная наука своего представителя, имя которого уже тогда повторялось с уважением в ученых кругах за границей, а ныне составляет ее гордость».
В результате В. О. Ковалевский получил жестокий удар. Софья Васильевна была в это время настолько чужда Владимиру Онуфриевичу, что даже не знала об его тяжелых нравственных страданиях. Четыре месяца спустя после одесского провала В. О. Ковалевского, жена запрашивала его из Цюриха: «Отчего вы не пишете, кончили ли ваш магистерский экзамен или нет? Я уже начала опасаться, не провалились ли вы, и право вы, кажется, уже так о себе замечтались, что было бы вам поделом, и если бы не папа, то от дружеского сердца пожелала бы вам этого. Напишите об этом».
В. В. Жаклар (1870 г.)
И. М. Сеченов (60-е годы)
Софья Васильевна не знала, как больно должна была отозваться в сердце Владимира Онуфриевича ее шутка об экзамене. Друзья опасались за него. По случайному совпадению, М. А. Сеченова писала ему в тот самый день из Одессы: «Милый Ковалевский, наконец-то вы отозвались! А я уже начинала бояться, чтобы вы не вздумали чего-нибудь недоброго или не заболели после всех одесских досад и неприятностей». Но хотя синцовская подлость усугубила тяжелое нравственное состояние Владимира Онуфриевича, хотя он чувствовал себя скверно и мерзко до крайности и отчаянно» бранил себя, что «поехал на эту позорную историю, а не ждал, когда мог бы получить магистерство просто за «печатанные работы», он не падал духом и продолжал свои исследования.
Отношения его с женой оставались натянутыми, и только после долгой переписки ему удалось, при содействии Анны Васильевны, уговорить жену свидеться с ним в Цюрихе, при родителях, приехавших туда посмотреть на внука, новорожденного сына Жакларов. Одним из решающих мотивов согласия Софьи Васильевны на это свидание было то, что родители удивятся, узнав, что Ковалевский находится за границей и не встречается с женой. «Они это время; до такой степени милы с Анютой и со мной, что я положительно не намерена кормить их баснями», — писала Софья Васильевна мужу, а ей и без того «в разговорах с ними постоянно приходится краснеть, когда разговор коснется какой-нибудь из множества басен, которые им совсем ненужным образом наврали».,
Ради стариков Корвин-Круковских бывшим коммунарам пришлось согласиться на приобщение своего сына к официальному православию. Ковалевская пишет мужу, что «крестины произошли в глубокой тайне от французских коммунаров и. русских нигилистов». Софья Васильевна добавляет, что сестра ее после родов «здорова и даже очень похорошела, ребенок поразительно похож на отца, и Анюта так вошла во вкус, что желает маленькому Юрию еще, по крайней мере, с десяток братцев или сестриц».
Весною 1873 года в Цюрихе собралась вся семья Корвин-Круковских.
Пожив немного с родными, Ковалевские отправились бродить по Швейцарии. Отношения между супругами установились наилучшие. Владимир Онуфриевич писал брату в конце июня, что, хоть они с женой «во многом и не сходятся, но уж так привыкли друг к другу, что едва могут жить отдельно». В письме из Лозанны от 9 сентября В. О. Ковалевский кается, что они с Софьей Васильевной в Люцерне «сильно ленились: горы, озера и т. д. все это не очень способствует занятиям». Погоревав о своей лени, Ковалевские решились бежать в Лозанну, где оба усиленно занимались и строили радужные планы о совместной жизни с 1874 года в Петербурге. Для этого Владимиру Онуфриевичу нужно было сдать экзамен и защитить диссертацию, чтобы получить степень магистра и звание доцента в России, а Софье Васильевне защитить в Германии докторскую диссертацию.
