Сначала Борис учился в церковно-приходской школе, а затем в гимназии. Позднее его как сына бывшего преподавателя приняли на казенный счет в духовную семинарию.

Интерес к рисованию пробудился у мальчика очень рано. Посетив в 1887 году выставку передвижников и впервые увидев картины настоящих живописцев, он твердо решил стать художником.

Пятнадцати лет он начинает занятия у художника П.А. Власова. Его педагогическое воздействие, моральное влияние были так велики, что Кустодиев до конца жизни считал его своим первым и лучшим учителем. По совету Власова Борис оставляет семинарию. В 1896 году он едет в Петербург и поступает в Академию художеств.

Через два года исполнилось желание Кустодиева – заниматься у И.Е. Репина. В его мастерской он много пишет с натуры, стремится овладеть мастерством передачи красочного многообразия мира. «На Кустодиева, – писал Репин, – я возлагаю большие надежды. Он художник даровитый, любящий искусство, вдумчивый, серьезный; внимательно изучающий природу…»

Обратив внимание на успехи своего ученика, Репин приглашает Кустодиева участвовать в работе над большим групповым портретом-картиной «Торжественное заседание Государственного Совета». Более двух лет трудился Кустодиев под руководством Репина над созданием этого монументального полотна. Им было написано около двадцати подготовительных этюдов и правая часть самой картины.

Параллельно с этой работой Кустодиев создает портреты своих современников, духовно близких ему людей. Это портреты художника И.Я. Билибина (1901), Д.Л. Молдовцева (1901), гравера В.В. Матэ (1902).

Портрет И.Я. Билибина был отмечен золотой медалью на Международной выставке в Мюнхене. Тонкая психологическая характеристика, смелый широкий мазок, гармоничное сочетание белого и черного, острый, изящный силуэт делают это произведение одним из лучших в творчестве Кустодиева.

В 1902 году Кустодиев приступил к выполнению картины на звание художника «Базар в деревне». В этом полотне можно видеть будущего праздничного живописца, упоенного лубочной яркостью купеческого быта. Художник использует здесь свои волжские впечатления, с любовью и тщательностью выписывает детали интерьеров и одежды своих персонажей.

8 января 1903 года Кустодиев женится на Юлии Евстафьевне Прошинской, с которой познакомился осенью во время поездки в Костромскую губернию. В октябре того же года Борис получает золотую медаль, звание художника и право на пенсионерскую поездку за границу и по России сроком на один год. В декабре 1903 года молодые супруги с новорожденным сыном Кириллом отправляются в Париж, а потом в Испанию.

В Париже он пишет одну из своих самых лирических картин «Утро». Произведение привлекает внутренним теплом, атмосферой радостного материнства.

Кустодиеву интересно познакомиться с картинами лучших зарубежных художников, но он рвется на родину: он хочет творить сам. Не использовав и половины пенсионерского срока, художник возвращается и сразу едет в провинцию и там, в Костромской губернии, проводит несколько месяцев в напряженном труде. Проходит несколько лет, и появились серии картин «Ярмарки» и «Деревенские праздники» (1906–1910). Период исканий завершился. Художник нашел себя, свое место в искусстве.

«…он пишет небольшую картину "Ярмарка". И хотя фигуры в ней еще статичны, а цвет несколько условен, чистые краски розовых, голубых, кумачовых юбок и платков крестьянок, пестрые товары в ларьках создают настроение праздничности. В "Гулянье на Волге" (1909) композиция становится более сложной, цвет более декоративным. Здесь Кустодиев впервые прибегает к композиционному приему, в дальнейшем часто им употреблявшемуся: он смотрит на происходящее как бы сверху, с высокого холма. Это дает возможность показать и бульвар над Волгой, по которому степенно проходят гуляющие, и противоположный зеленый берег с белым храмом» (И. Лапина).

Кустодиев возвращается в Петербург в конце 1904 года. Он активно работает в «левом» журнале «Жупел», а после его запрещения правительством – в журнале «Адская почта». Он помещает в этих изданиях многочисленные карикатуры на царских министров и военачальников.

Революционные события 1905 года вызвали живой отклик в душе художника. В рисунке «Москва. Вступление» (1905) он в аллегорической форме рассказывает о жестоком подавлении декабрьского восстания. Сцены кровавой расправы с восставшими рабочими переданы в рисунке «Февраль. После разгона демонстрации» (1906). В том же 1906 году он делает композицию «Первомайская демонстрация у Путиловского завода» и набросок «Человек с поднятой рукой», в которых создает образы рабочих, поднявшихся на борьбу с самодержавием.

Слава художника тем временем растет. Его избирают членом и даже членом-учредителем ряда художественных группировок – «Нового общества живописцев», «Союза русских художников». А когда в 1910 году возобновляет свое существование «Мир искусства», Кустодиев становится одним из самых деятельных его членов.

К концу девятисотых годов у Кустодиевых уже двое прелестных детей. Ирина Кустодиева, дочь художника, вспоминает: «Я помню отца еще молодым, необычайно подвижным, элегантным, веселым, ласковым. Помню квартиру нашу около Калинкина моста, на Мясной улице, 19. Мы жили на третьем этаже. Высота комнат необычайная. Комнат пять, все они располагались анфиладой. Первая – гостиная с зелеными полосатыми обоями. За гостиной – мастерская в два окна, столовая, детская и спальня родителей. Параллельно комнатам огромный, широкий коридор, где мы с Кириллом носились на роликах, бегали в прятки. Иногда надевал ролики и папа: он вообще любил кататься на роликах. Дом наш всегда был полон собак и кошек. Папа внимательно следил за их "личной жизнью", любил наблюдать за ними, с удивительным мастерством имитировал их повадки. Мне кажется, что в этом он был похож на А.П. Чехова – и тот и другой "уважали" животных и изображали их в своих произведениях как равноправных "членов общества"».

В 1911 году Кустодиев впервые начал работать в театре: он создает декорации к спектаклю А.Н. Островского «Горячее сердце» для Московского театра А.Н. Незлобина. Декорации и эскизы костюмов превосходно передают хорошо знакомый художнику купеческий быт, неоднократно воспроизводимый им в картинах. В 1913 году он оформляет в МХАТе комедию М.Е. Салтыкова-Щедрина «Смерть Пазухина».

Ближе всего по духу Кустодиеву драматургия А.Н. Островского. Он исполняет декорации ко многим его пьесам: «Свои люди сочтемся», «Не было ни гроша, да вдруг алтын», «Гроза», «Волки и овцы». Большинство декораций Кустодиева при всей их театральности по исполнению – законченные станковые произведения.

В 1912 году художник пишет картину «Купчихи», начинающую галерею купеческих образов. Главная линия жанровой живописи Кустодиева этих лет связана с типами и бытом провинциального города. Особенности его таланта наиболее сильно раскрываются в трех полотнах, цель которых – создать обобщенные, собирательные образы женской красоты, какая бытовала в понимании народа: «Купчиха» (1915), «Девушка на Волге» (1915) и «Красавица» (1915).

«Кустодиевские купчихи перекликаются с героинями пьес Островского, рассказов Н.А. Лескова, ленивыми купчихами народных сказок и картинок, – считает И. Лапина. – Они олицетворяют сытую, сонную, застывшую в своей косности купеческую Россию. Художник изображает их с мягким юмором, томно и бездумно смотрящими на окружающий мир. Узкий круг их интересов определен той обстановкой, в которой они живут. Характерна в этом плане картина "Купчиха" 1915 года – собирательный образ, в котором воплощено представление художника о женской красоте. В эту картину, как и во многие подобные свои произведения, Кустодиев вводит сочно написанный натюрморт. Он помогает раскрыть содержание образа, создать среду, характеризующую его героинь. Это всевозможные решета с фруктами и овощами ("Купчиха"), булки и виноград, арбуз и синие с золотом чашки ("Купчиха за чаем"), ожерелья, кольца и шелк ("Купчиха с зеркалом")… Как драгоценные камни они переливаются яркими красками, радуя глаз своей нарядностью, пестротой и изобилием».