Один из хронистов утверждает, что Кабрал сам отказался от должности командира, К тому же король был недоволен его действиями в Каликуте, Васко да Гама решил снова выйти в океан, чтобы отомстить каликутцам за все обиды. Он пообещал Кабралу выплатить за уступку должности компенсацию в две тысячи крузаду и сказал, что Кабрал сможет поехать в Индию как-нибудь в другой раз, Гама добавил еще, что человеку, которого на море преследуют несчастья, лучше оставаться на берегу и никогда больше не подниматься на корабль.

На этом карьера Кабрала завершилась. Он провел остаток жизни в своем имении, со стороны наблюдая за тем, как другие завоевывают колонии и славу. Спустя много лет его могила была обнаружена, и по надписи на надгробной плите можно было судить, что выдающийся мореплаватель получил за свои заслуги титул «дон» и скончался в 1526 году.

После отставки Кабрала Васко да Гама стал трудиться еще энергичнее, чтобы закончить подготовку экспедиции.

За океан должны были отправиться восемьсот солдат, дворяне, друзья и родственники дона Васко.

Флот Васко да Гамы был разбит на три отряда. Самую большую эскадру – десять крупных кораблей возглавил сам адмирал. Второй эскадрой – пятью быстроходными каравеллами – командовал Висенти Судре, дядя Гамы. Эти корабли должны были крейсировать в Индийском океане и топить арабские суда. Васко да Гама откровенно готовился к морскому разбою. Далее часть вознаграждения матросам была обещана из ожидаемой добычи. Командиром третьей эскадры в пять кораблей был назначен Иштеван да Гама, племянник адмирала. Он должен был остаться в индийских водах для охраны португальских факторий.

Во время торжественного молебна в лиссабонском соборе 30 января 1502 года Гама получил из рук короля доверенности и знамя. Дон Мануэл произнес речь и восславил заслуги адмирала, а тот, в свою очередь, поклялся в вечной преданности государю.

Первые две эскадры оставили Лиссабон 10 февраля 1502 года, а Иштеван да Гама – 1 апреля.

После остановки на Канарских островах адмиральские корабли в конце февраля стали на якорь в гавани Портудал на западном побережье Африки недалеко от Зеленого мыса. Здесь португальцы пополнили запасы воды и дров.

Как раз в это время в гавань завернула одна португальская каравелла из Сан-Жоржи-да-Мины на Золотом Берегу с грузом золота – украшениями, какие обычно носили негры, и золотым песком. Эта встреча была крайне выгодной для Гамы.

На его флагманском корабле находились три важных лица – посол раджи Каннанура и два индийских вельможи из Кочина, Их привез в Португалию Кабрал, чтобы они поглядели, сколь могуча и богата эта страна. Но не дремали и агенты Венеции и Флоренции. Они, в свою очередь, постарались увидеться с посланцами Индии, чтобы представить Португалию в невыгодном свете, Васко да Гама опасался, не рассеяли ли интриги конкурентов то хорошее впечатление, какое чужеземцы должны были вынести из посещения пышных церемоний при королевском дворе и торжественных молебнов в огромных соборах, боя быков и бурлящих жизнью судоверфей.

Поэтому адмирал, не откладывая, использовал вошедший корабль с золотом, чтобы лишний раз пустить пыль в глаза знатным пассажирам. Он приказал принести и продемонстрировать индийцам драгоценные украшения и как бы между прочим упомянул, что обычно двенадцать или пятнадцать кораблей ежегодно доставляют королю Португалии тяжелые грузы золота. Индийцы при виде такого богатства весьма ему удивлялись и признались, что венецианцы изобразили им Португалию совсем в другом свете. Теперь же они видели сокровища португальцев собственными глазами и верят словам адмирала.

Спустя шесть дней эскадра Гамы оставила берега Африки и направилась на юго-запад, в сторону Земли Святого Креста, чтобы избежать полосы встречных ветров у побережья Гвинеи.

На этот раз корабли пересекали океан без особых происшествий. Один моряк, участник экспедиции, по национальности немец или фламандец, довольна подробно описал это плавание в дневнике «Калкуэн». Он упомянул летучих рыб, которые часто попадались в океане большими стаями – по семьсот, восемьсот или даже тысяче кряду; рыбы были крупные, будто сельди, и крылья у них длиной с туловище, но на хвосте нет никаких перьев. Они взлетали на три сажени над водой и каждый день по десять или двадцать выпрыгивали на палубу, спасаясь от преследовавших их крупных рыб.

На этот раз эскадра Васко да Гамы достигла бразильских берегов и шла вдоль них к югу. Порой к кораблям подплывали на долбленых челноках люди с медно-красной кожей и черными прямыми волосами и привозили подарки – незнакомые плоды и пестрых птиц. Но разговаривать о туземцами португальцы не могли, хотя перепробовали и португальский, и кастильский, итальянский, арабский, даже индийский и негритянский языки.

Он мыса Санту-Агостинью (мыс Св. Августина на 8° 21' Васко да Гама повернул через Атлантику на восток. Как пишет Томе Лопиш, писарь на одном из кораблей, уже за четыреста лиг до мыса Доброй Надежды моряки почувствовали сильный холод, который все усиливался, так, что им пришлось потеплее одеться я хорошенько пить и есть, чтобы не замерзнуть. Дни становились все короче; день в начале июня здесь длился всего восемь с половиной часов.

Затем начался жестокий западный шторм с грозой, дождем, градом и снегом, рассеявший корабли. В виду корабля, на котором плыл Лопиш, оставалась лишь каравелла «Юлия». Бурей сломало у них реи, a у «Юлии» мачту, и волны залили трюмы водой. Все жили в постоянном страхе и отчаянии, день и ночь шли при зарифленных парусах. Ужас леденил душу при виде столь разъяренного моря. Многие давали обеты и бросали жребий, кому после спасения совершить паломничество в монастыри и церкви.

Но постепенно погода улучшилась, так что можно было выставить мокрую одежду на солнце, которое, впрочем, грело весьма скупо.

При адмирале оставалось пяти кораблей, После шторма капитаны, согласно договоренности, стали собираться у мыса Коррентеж (Течений), и эскадра в полном составе продолжала путь на север. За мысом Течений адмирал с четырьмя кораблями отделился от флота, чтобы посетить Софалу, которую он пропустил во время первого плавания. Висенти Судре с остальными кораблями отправился в Мозамбик, где он должен был ожидать адмирала.

10 июня 1502 года корабли адмирала опустили якоря на рейде у порта Софала на восточном берегу Африки. Из этого порта вывозили золото, которое добывалось в глубинных районах, а также зубы носорогов, которые были белее и тверже слоновой кости.

На другое утро адмирал вместе с матросами и воинами сел в лодку и отправился на берег, но оружие приказал спрятать, чтобы жители Софалы не подумали, что португальцы готовятся напасть на них.

На берегу собралась большая толпа. Навстречу адмиралу отошла лодка с пятью или шестью маврами. Они отвезли шейху Софалы послание адмирала. Гама потребовал у мавров двух заложников, так как хотел послать к ним двух своих людей. Вскоре на корабль были доставлены подарки – смоквы, кокосовые орехи и сахарный тростник, и на борт корабля Васко да Гамы поднялись два знатных мавра. Шейх Софалы выразил радость по поводу прибытия чужеземцев.

После беседы адмирал приказал ввести корабли в гавань, но к берегу не причаливать. Он на некоторое время задержался в Софале, чтобы уточнить возможности для торговли. Выли сведения, что здесь имеются не только золото и слоновая кость, но и серебро и драгоценные камни. За несколько недель Гаме удалось наторговать довольно много золота.

Автор «Калкуэна» упоминает, что за бисер, медные кольца, зеркала и ткани удалось выменять двадцать пять тысяч метикалов золота, причем каждый метикал был тяжелее крузаду.

Португальцы получили достоверные сведения о том, что в глубине материка за портом Софала расположено огромное королевство Макаланга, или Макаранга, где живут язычники с черным цветом кожи, почти нагие. Все вещи сделаны у них из золота, золото в этой стране встречается на каждом шагу. Столица страны Зимбабве якобы лежит в двадцати четырех днях пути от побережья. Правителя этой страны называют мономотапой. Позже это название было перенесено на всю страну.