Палеографически кодекс, по единодушному мнению исследователей, датируется серединой IV в. Некоторые исследователи считают, что Ватиканский и Синайский кодексы были в числе 50 списков, которые император Константин поручил изготовить Евсевию Кесарийскому. В свою очередь, Т. Скит, сотрудник Британского музея, выдвинул предположение, что Ватиканский кодекс был «браком» среди 50 списков из-за отсутствия таблиц Евсевия и большого количества исправлений, внесенных различными писцами, и в нем нет Маккавейских книг, возможно пропущенных невнимательным переписчиком. Некоторые исследователи полагают, что рукопись была написана в Александрии.

Какое-то время кодекс находился в библиотеке в Кесарии Палестинской, а после был передан в Константинополь. В XV в. на Базельском соборе кодекс был подарен римскому папе.

Исследователи полагают, что в VI–X вв. над кодексом работало несколько корректоров и переписчиков.

Как говорит само название, рукопись хранится в Ватиканской библиотеке в Риме приблизительно с 1475 г., когда она была упомянута в первом каталоге библиотеки. В 1809 г. кодекс был перевезен Наполеоном в Париж, где пребывал до 1815 г. В это время он был исследован немецким теологом Иоганном Леонардом Гугом (1765–1846), показавшим, что действительная ценность кодекса выше, чем считали предыдущие исследователи.

По разным причинам в течение почти всего XIX в. по распоряжению руководства библиотеки ученым, желающим изучить рукопись, был закрыт доступ к ней. И лишь в 1889–1890 гг. появление полного факсимильного издания, осуществленного Джузеппе Коцца-Луци, сделало рукопись доступной для изучения. Еще одно факсимильное издание Нового Завета вышло в свет в Милане в 1904 г.

Александрийский кодекс — одна из древнейших унциальных рукописей Библии на греческом языке, датируемая V в. Наряду с другими древнейшими рукописями Александрийский кодекс используется текстологами для конструктивной или сводной критики в целях восстановления первоначального греческого текста Библии.

Первоначально кодекс содержал полный греческий текст Ветхого (Септуагинта) и Нового Заветов и Первое и Второе послания святого Климента Римского. Частично сохранившийся лист с содержанием кодекса указывает, что в него также входили апокрифические Псалмы Соломона.

В разное время был утрачен текст следующих книг: Первая книга Царств 12, 18–14, 9 (1 лист); Псалтирь 49, 19–79, 10 (9 листов); Евангелие от Матфея 1, 1–25, б (26 листов); Евангелие от Иоанна б, 50–8, 52 (2 листа); 2-е послание к коринфянам 4, 13–12, б (3 листа); также утрачены последние листы кодекса, поэтому находящееся в конце Второе послание Климента обрывается на 12, 5а.

Повреждено: Бытие 14, 14–17, 15, 1–5, 15, 16–19, 16, 6–9 (утрачена нижняя часть листа); Бытие 1, 20–25, 1, 29–2, 3; Левит 8, 6, 7, 16; Сирах 50, 21f, 51: 5; Первое послание Климента 57, 7–63.

Новозаветный текст кодекса — александрийского типа (к которому принадлежат и Синайский, и Ватиканский кодексы), за исключением текста Евангелий, по-видимому переписанного с другой рукописи и являющегося древнейшим представителем византийского типа.

Кирилл Лукарис, патриарх Александрии (Египет), был страстным собирателем книг. Когда в 1621 г. он стал патриархое в Константинополе, то взял Александрийский кодекс с собой в Турцию. В то время на Ближнем Востоке было неспокойно, рукопись могла погибнуть, если бы попала в руки к мусульманам, и Лукарис решил, что она будет в лучшей сохранности в Англии. Поэтому он преподнес ее в 1624 г. британскому послу в Турции как подарок английскому королю Якову I. Король умер до того, как ему смогли вручить рукопись. Поэтому она была вручена три года спустя его наследнику — Карлу I. Впоследствии кодекс был помещен в Британский музей, где и хранится до сих пор.

Широко почитается в мусульманском мире Коран Османа, залитый кровью третьего праведного халифа Османа ибн аль-Аффана (644–656). Мусульманские богословы называли его «обладателем двух светочей» за то, что он был женат на двух дочерях пророка — сначала на Рукайе, а после ее смерти на Умм-Кульсум. Доставшаяся ему в наследство от убитого Омара империя являлась таковой лишь номинально. Правители Сирии, Египта, Ирака, Киренаики, считавшиеся наместниками халифа, сохраняли достаточно мощную политическую и экономическую силу и были не очень склонны подчиняться главе мединско-мекканской общины, пусть даже он был зятем Пророка. Попытки навести порядок в провинциях вызвали мятеж, и Осман был убит повстанцами в 656 г. в собственном доме.

Одной из заслуг Османа перед исламом было создание унифицированного текста Корана. Собрав у учеников и сподвижников Мухаммеда тексты записей его поучений, он с помощью бывшего личного писца Мухаммеда Зейда ибн Сабита составил сводный единый текст, убрав то, что, с его точки зрения, противоречило идее единства мусульман и могло вызвать раздоры. Все прочие тексты и записи были уничтожены, а со сводного Корана было сделано, как утверждает мусульманская традиция, пять копий, которые были посланы в Мекку, Медину, Дамаск, Куфу и Басру. Подлинник Осман оставил себе. Именно его страницы оказались обагренными священной кровью халифа.

Этот экземпляр Корана исчез, но спустя некоторое время в мусульманском мире появились несколько (возможно, даже несколько десятков) списков Корана с окровавленными страницами, каждый из которых претендовал на то, чтобы считаться подлинным Кораном Османа. Возможно, что среди них действительно был подлинный экземпляр, принадлежавший третьему халифу, но доказать это, увы, невозможно.

Один из экземпляров этой реликвии судьба забросила в Самарканд, где он хранился в мечети Ходжи Ахрара, шейха суфийского ордена, жившего в XV в. На его страницах, исписанных одним из самых красивых арабских шрифтов — куфическим письмом, отчетливо проступали бурые пятна, выдаваемые хранителями за кровь Османа. Мечеть активно посещали паломники, поклонялись Корану Османа, просили у него благословения. В дни больших праздников его выносили из мечети и показывали народу.

Есть несколько версий того, как мог попасть Коран Османа в Самарканд. Их приводят в своих работах исследователи, занимавшиеся изучением книги. Версия первая: его привез из Багдада в X в. богослов Абу Бакр Каффал аш-Шаши. Версия вторая: ученик и последователь Ходжи Ахрара отправился в паломничество в Мекку, на обратном пути во время пребывания в Константинополе он излечил силой своей благодати от какой-то болезни халифа и выпросил в качестве дара за это Коран Османа. Третья версия, которую большинство исследователей считают наиболее вероятной, такова: Коран Османа был захвачен Тимуром во время его завоевательных походов где-то в Сирии или Ираке и потом хранился в библиотеке самого Тимура, откуда и попал в мечеть Ходжи Ахрара.

В 1868 г. Самарканд был занят царскими войсками и включен в состав Туркестанского генерал-губернаторства Российской империи. Начальник Зеравшанского округа генерал-майор Абрамов, узнав о существовании уникальной рукописи Корана, «принял меры», в результате которых Коран за вознаграждение в сумме 500 коканов (что равно 100 руб.) поступил в его распоряжение и был им переправлен в Ташкент генерал-губернатору Туркестана Константину Петровичу Кауфману (1818–1882). 24 октября 1869 г. тот подарил его Императорской публичной библиотеке Петербурга, за что получил звание ее почетного члена.

Кауфман полагал, что этот Коран ни для кого, кроме эмиров Бухары, интереса не представляет, что никто его не может прочесть и предметом культа он не является.

Известно, что Коран Османа был отдан не так уж «добровольно». Его прятали, пытались всеми средствами избежать выдачи его русской администрации, но не смогли это сделать.

Попав в Рукописный отдел Публичной библиотеки Санкт-Петербурга, Коран стал объектом исследования востоковедов. Первым дал его палеографическое описание, датировал и сравнил с экземплярами, хранящимися в Париже, Берлине и Мекке, арабист А. Ф. Шебунин (1867–1937). Он установил, что рукопись относится к началу VIII в., что составлена она на территории Ирака и, вероятно, сделана с того списка Корана Османа, который был отправлен в Басру после составления унифицированного текста. Что же касается пятен крови на его страницах, то они, по мнению исследователя, нанесены искусственно и довольно грубо. Во-первых, кровь расплывается симметрично на каждом из испачканных листов. Очевидно, что они складывались, когда кровь была еще свежей. Во-вторых, кровавые пятна имеются почему-то не на каждом листе, а через лист. Это заключение А. Ф. Шебунина не было ни оспорено, ни опровергнуто мусульманскими богословами, защитниками подлинности Корана Османа, они просто не упоминают об этом факте.