Игумен Филипп, которого называют «вторым основателем монастыря», управлял братией восемнадцать лет. За это время были выстроены два собора — Успенский (Успения Богоматери) и Преображения Господня, каменные кельи для братии и больница, скит, а также пристань на Заяцком острове, созданы лесные пустыни, а также монастырские подворья в Новгороде и Вологде, насыпаны сигнальные холмы вокруг залива Благополучия и отлиты три огромных колокола. При игумене Филиппе было увеличено поголовье скота на Муксалме (поодаль от монастыря — из уважения к воле св. Зосимы, не желавшего, чтобы скотина плодилась на глазах у братии…) и завезены в соловецкие леса лапландские олени, появились новые солеварни и кирпичные заводы, проложены дороги, осушены болота. Сам игумен придумал необычную гидротехническую систему — сеть каналов, соединивших более шестидесяти озер, — получив таким образом водный путь для сплава леса, энергию для мельниц и искусственное водохранилище, называемое Святым озером. Игумен Филипп ввел также ряд суровых правил (в частности, запрет на алкоголь и игру в кости в монастырских селах), отвечавших общему положению Соловецкого монастыря: «Кто не хочет трудиться, тот и не ешь».

В 1565 году Иван Грозный призвал Филиппа в Москву на престол митрополита Московского и всея Руси. Вскоре между царем и новым митрополитом возник спор об опричнине. Филипп наставлял царя, сперва втихомолку, затем во всеуслышание, публично, что правителю не пристало потворствовать страстям, ибо истинный самодержец — тот, кто сам себя умеет держать в руках, а не раб собственной похоти и совратитель подданных. Царь был вне себя от гнева и, подначиваемый опричниками, искал предлога наказать смельчака. На митрополита посыпались доносы. Интриговали против него и духовенство, и свет — архиепископ Новгородский Пимен и архиепископ Суздальский Пафнутий, царский исповедник Евстафий и князь Василий Темкин, но последней каплей стало обвинение Филиппа соловецкими монахами в колдовстве. 8 ноября 1567 года во время литургии в Успенском соборе толпа вооруженных опричников напала на митрополита и выволокла его из храма, осыпая бранью и побоями. Последовали пытки и темница, куда Филиппу подбросили отрубленную голову одного из Колычевых, затем суд и казематы Тверского монастыря, где двумя годами позже — 23 декабря 1569 года — опричник Малюта Скуратов задушил Филиппа подушкой.

В 1590 году отец Иаков, игумен Соловецкого монастыря, получил согласие царя Феодора Иоанновича на перенесение праха Филиппа на Острова. Могилу открыли; тело, не тронутое распадом, источало чудный аромат. Мощи святого торжественно перевезли на Соловки и погребли в притворе храма святых Зосимы и Савватия. Начались чудесные исцеления. На Острова потянулись калеки и больные со всего Поморья. Наконец слава соловецкого чудотворца достигла двора царя Алексея Михайловича. В 1652 году останки св. Филиппа перенесли в Москву. Инициатором и руководителем церемонии был Никон, митрополит Новгородский, некогда послушник старца Елеазара с Анзера, а вскоре после этого — патриарх. Никон привез на Соловки царское послание, в котором Алексей Михайлович просил чудотворца о прощении Ивана Грозного и о молитве за его душу. Послание было вложено в руку святого и после торжественной службы, под колокольный звон и плач братии, процессия с мощами направилась в столицу. За Заяцкими островами их застиг шторм, так что с трудом удалось добраться до устья Онеги. До Каргополя двигались по реке, затем посуху до монастыря святого Кирилла, потом по реке Шексне до села Рыбного, откуда по Волге до Ярославля и по Великому северному пути — через Переяславль, Троице-Сергиеву лавру — в Москву. Повсюду их встречали толпы народа и колокольный звон. В Москве встречать мощи вышла процессия из Успенского собора — во главе с царем в золотом кафтане и шапке, усеянной дорогими каменьями, с епископским индийским посохом из слоновой кости, следом митрополит Варлаам и духовенство, и сильные мира сего, и простой люд. Мощи святого Филиппа внесли в собор и поставили на то место, откуда начался его крестный путь. «После десятидневной молитвы и чудес положили их в серебряную раку с правой стороны против иконостаса, там по сей день лежат, почитаемые русским народом», — так заканчивается «Житие святого Филиппа».

Слово «мощи» в древнерусском языке означало кости, а «нетленные мощи» — кости, не тронутые распадом. Иногда — в некоторых почвах (например, в песке, в вечной мерзлоте Сибири, на кавказских погостах) — случается, что останки умершего не разлагаются, но подвергаются естественной мумификации, что никак не связано со святостью. Церковь в древней Руси полагала естественную мумификацию тела святого особым Божьим даром, хоть и не считала достаточным основанием для канонизации. И только позже закрепилось убеждение, будто останки святых не подвергаются распаду. Ни канонизация Св. Серафима Саровского, тело которого сгнило полностью, ни мнение Синода не смогли опровергнуть это суеверие: достаточно вспомнить шок, пережитый народом при виде разложившихся тел святых во вскрытых большевиками могилах. Да что там — сами большевики труп своего вождя бальзамировали и почитают его мощи по сей день…

Из всей богатой литературы о Филиппе Соловецком следует выделить книгу «Святой Филипп, митрополит Московский» Георгия Федотова, одного из крупнейших мыслителей российской эмиграции, которого — по словам о. Александра Меня — можно назвать «теологом культуры», потому что корни ее он искал в вере, в интуитивном восприятии Реальности. Сам Федотов так объяснял свой интерес к житиям святых: «В них мы не только чтим небесных покровителей святой и грешной Руси, в них мы ищем откровения нашего собственного духовного пути; если мы не обманываемся в убеждении, что вся культура народа, в последнем счете, определяется его религией, то в русской святости найдем ключ, объясняющий многое в явлениях и современной, секуляризированной русской культуры».

В книге о Филиппе Федотов рисует эпоху — конец удельной Руси и крах идеи православной теократии, возникновение опричнины и самодержавия, — показывая, как история проникает в жизнь святого. Филипп отходит от мира, желая укрыться, но мир не оставляет его, сперва в монастыре, вручая ему посох игумена, затем в Москве, сажая на престол митрополита. Федотов называет Филиппа «беглец», не «борец». Тем значительнее его подвиг, не столько мученичества, сколько ответственности. «Я не просил тебя о сане, — говорит Филипп Ивану Грозному, — ни ходатаев к тебе не посылал и никого не подкупал, чтобы получить его. Зачем ты сам лишил меня пустыни? Если ты дерзаешь идти против закона, твори, как хочешь, а мне непростительно ослабевать, когда приходит время подвига». А в другом месте добавляет: «Наше молчание ведет тебя ко греху и всенародной гибели». Филипп не уклонялся от бремени ответственности — чем большее бремя на него ложилось, тем отчетливее звучал его голос: «Помни, благочестивый царь, все, что соберешь на земле, на ней и останется, а на небесах ты молвишь слово о животе своем».

Спор между митрополитом и царем касался, в сущности, концепции русского государства. Филипп был поборником так называемой «симфонии», то есть совместной власти царя и Церкви, а Иван Грозный стремился к единовластию… Конфликтна Руси не новый, вспомните столкновение Василия III с митрополитом Варлаамом, закончившееся для последнего казематом Каменного монастыря. Да и позднее подобное противостояние наблюдалось не раз, не случайно Георгий Федотов обратился к житию Филиппа Соловецкого вскоре после мученической смерти патриарха Тихона, когда Сталин примерял к себе роль Ивана Грозного. Трудно поэтому согласиться с теми, кто утверждает, что русская Церковь всегда и полностью была подчинена светской власти. Это очередной стереотип.

В труде «Русский вопрос к концу XX века» Солженицын развенчивает миф о новгородской демократии XV–XVI веков, повторяя за Сергеем Платоновым, что в Новгороде Великом правила олигархия нескольких боярских родов, а далее замечает, что территорией истинных демократических свобод был русский Север, где «русский характер развивался свободно, не в сжатии московских порядков и без наклонов к разбою, заметно усвоенному казачеством южных рек».