В июле 1840 года Истомин произведен в капитан-лейтенанты и назначен командиром корвета «Андромаха».
Две кампании «Андромаха» с перерывами на ремонт и отдых экипажам крейсировала в Абхазской экспедиции у берегов Кавказа. Турецкие контрабандисты в эту пору присмирели, не решались действовать в открытую, использовали непогоду и темными ночами под берегом иногда ускользали от дозоров. Вовсе прекратили свои визиты английские лазутчики, так как Лазарев решительно пленил их суда без оглядки на Петербург. Другое дело, что на побережье горцы продолжали частыми набегами на укрепления наносить иногда значительный урон войскам. Тогда армейские начальники обращались за помощью к морякам.
В 1844 году корабли флота для усиления армии на Кавказе переправили через Керченский пролив пехот^ ную дивизию. С приходом нового командующего, наместника на Кавказе, генерала Воронцова, действия против горцев активизировались. Для налаживания более тесного взаимодействия с войсками Лазарев назначил В. Истомина своим представителем при ставке наместника:
— Поимейте в виду, Владимир Иванович, — наставлял Лазарев перед убытием Истомина, — Воронцов вояка стрелянный со времен Наполеона. Потому старайтесь лицом в грязь не ударить. Впрочем, вы дипломатии в Греции обучились.
Три с лишним года провел Истомин в ставке Воронцова. Приходилось ему не только обеспечивать взаимодействие войск на Кавказском побережье, но и сопровождать Воронцова на Каспий, где он начал операцию против Шамиля. Но связи с флотом Истомин не порывал, о чем свидетельствует его переписка с Лазаревым.
Лазарев благодарит Истомина за сведения о Каспийском театре, старается подбадривать его в борьбе с местными казнокрадами:
«Честность, самолюбие и деятельность, соединяясь вместе, расторгают всякие преграды, и никакая бестия против них не устоит».
Лазарев сообщал Истомину о всех важных событиях флотской жизни, о строительстве офицерского собрания, о восстановлении Морской библиотеки. Не забывает и о дружбе Истомина с Нахимовым. «Кагул» назначен в Абхазский отряд, и на нем пойдет ГГ.С. Нахимов. Может быть, вы там его увидите».
«Зимой 1848 года в Новороссийской бухте, во время жестокого урагана, бури, — Лазарев делился своими переживаниями за утраты, — выкинуло на берег корвет «Пилад», бриг «Паламед», пароход «Боец» и транспорт «Гостогай», а тендер «Струя» затонул на бриделе со всем экипажем, командиром и офицерами! Подобного ужасного случая никогда еще не было... Бедная «Струя»! Если бы он догадался отдать ночью свои цепи у бочки, то хоть и разбило бы его на берегу, но спаслись бы люди! Если ко всему этому, т.е. к ужасному этому урагану, прибавлю вам., что морозу тогда было -14°, то вы можете представить себе, в каком положении суда наши в Новороссийске находились и что они вытерпели! Многие из офицеров и нижних чинов остались с отмороженными членами!..»
Истомин в курсе всех событий на флоте. Получив от Лазарева известие о закладке новых кораблей, он отвечает: «Я был душевно рад прочесть, что взамен «Варшавы» заложен 120-пушечный корабль «Париж» и что он строится по плану «Двенадцати апостолов».
Распространяться об этом прекрасном корабле считаю излишним, но не могу не поздравить в.в. пр-во с тем, что постройкой этого нового корабля вся старая грейговская ветошь Черного моря окончательно вычеркнется из списков и что, следовательно, таких пятнадцать кораблей, какие теперь в Черном море находятся, не представит ни одна из морских держав».
Истомин еще не знает, что Лазарев уже прочит ему командовать «Парижем», а пока он участвует в схватках Кавказской войны...
За отличия в сражениях он удостаивается ордена Святой Анны II степени. В 1847 году проявляет отвагу при штурме укрепления Шамиля в Салтах, ему присваивают звание капитана 1-го ранга и назначают командиром 120-пушечного корабля «Париж». С первых шагов он приводит корабль в образцовое состояние, а выучку экипажа строит по образцу подготовки на «Двенадцати апостолах». Первую кампанию 1850 года «Париж» успешно крейсирует в Абхазской экспедиции у восточных берегов Черного моря. Возвратившись из плавания, зимой 1851 года, Истомин по просьбе Лазарева сопровождает его на лечение в Вену и находится с ним до последних дней. «В это время, — вспоминает племянник В. Истомина, — несмотря на жестокие мучения, изо дня в день увеличивающуюся слабость, Лазарев продолжал заниматься делами, заботился о родном флоте, делал распоряжения, подписывал бумаги. Дяде пришло в голову, в интересах семьи умиравшего, воспользоваться его доверием. Не говоря никому, дядя подготовил всеподданнейшее письмо на имя Государя, в котором Лазарев вручал свою семью его милостивой заботливости. Лазарев, лежа в постели, подписывал бумаги и заметил необычный формат одной из них. «Что это такое?» — спросил он. Дядя молчал. Лазарев взял бумагу, пробежал ее глазами и обратился с укором к дяде. «Как могли вы, Владимир Иванович, обмануть мое доверие? — сказал он. — Во всю жизнь я ни разу не просил ни о чем; не теперь изменять своим правилам». И он разорвал бумагу».
Истомину довелось сопровождать останки скончавшегося 11 апреля адмирала на пароходе «Владимир» до Севастополя и участвовать в похоронах своего наставника.
В кампанию 1852 года «Париж» показал отменную выучку при посещении флота Николаем I и его командира удостоили ордена Святого Владимира III степени.
Готовность Черноморского флота не зря интересовала императора. У него в предвкушении легкой победы созрела мысль о скором нападении на Турцию.
Кампания 1853 года началась в тревожных ожиданиях предстоящих военных действий. В июне, по распоряжению Корнилова с целью разведки, усиливается крейсирование у Босфора, берегов Кавказа и побережья Анатолии. Выставляется постоянное наблюдение на подходах к Севастополю со стороны моря. В начале августа начальник штаба флота Корнилов выходит в море с эскадрой кораблей, в составе которой и «Париж», и устраивает двусторонние боевые маневры с эскадрами контр-адмиралов Новосильско-го и Панфилова. Их цель — отражение внезапной атаки неприятеля на Севастополь. В сентябре «Париж» участвует в успешной переправе из Севастополя в Сухуми за короткий срок в полном составе 13-й дивизии с боевым снаряжением. Как заметил в то время историк А. Соколов: «Высажено всего привезенного на этом отряде 16 000 войск с двумя батареями, колесными обозами и 262 лошадьми. Освободившийся от своего груза флот немедленно возвратился в Севастополь.
Летописец всех флотов новейшего времени не представляет ни одного, столько обширного, особенно принимая в соображение большого числа лошадей, столько совершенного во всех подробностях, сопряженного с такими опасностями, так хорошо удавшегося примера высадки. Всякий, хоть сколько-нибудь знакомый с делом, поймет и оценит по достоинству этот прекрасный подвиг наших моряков, это торжество морского искусства, свидетельствующее распорядительность, подчиненность, рвение, силу и мужество — дающее верное, ручательство за будущие успехи в так называемых действительных делах, в сущности столько же действительных, как и настоящий подвиг, по совести говоря, стоящий доброй победы!»
Минула неделя, и Турция развязала войну против России, атаковав суда Дунайской флотилии. Еще не получив манифеста об объявлении войны с Турцией, Корнилов выходит в море с эскадрой для разведки и поиска неприятеля. Командир «Парижа» Истомин получает приказ Корнилова: «Если бы счастие нам благоприятствовало и мы бы встретили неприятеля, то с помощью Божиею офицеры и команда судов, со мной отплывающих, вполне воспользуется случаем увеличить наш. флот новыми кораблями...
Так как манифеста о войне нет, то судам нашим разрешено истреблять и брать одни только турецкие военные суда...