После скоропостижной смерти архиатра П.З. Кондоиди указом императрицы от 29 сентября 1760 г. Монсей был назначен лейб-медиком и пожалован чином действительного статского советника. Вместе с Монсеем лейб-медиками были назначены Иоганн Штиллинг и Карл Крузе.

Императрица Елизавета Петровна была здоровой, крепкой женщиной. Но в последние годы своего 20-летнего царствования она стала часто болеть. Как писал историк А.Т. Болотов, «Государыня с самого уже начала прусской войны сделалась как-то нездорова и подвержена была часто болезненным припадкам и столь сильным, что не один раз начинали опасаться о её жизни».

Как лейб-медик, Монсей основное внимание уделял здоровью императрицы. Однако он пользовал не только императрицу, но и наследника престола, будущего императора Петра III. Императрица Елизавета Петровна скончалась 25 декабря 1761 г. Лейб-медик Монсей постоянно находился у её постели и старался, как мог, облегчить её страдания.

Вскоре после смерти императрицы Елизаветы Петровны вступивший на престол император Пётр III назначил Монсея архиатром и директором Медицинской канцелярии. В царском указе говорилось: «Во всевысочайшем уважении искусства, прилежания и трудов, с каковыми действительный статский советник лейб-медик Яков Монсей по его знанию и искусству всеусердствуя службу оказывал блаженныя и вечной славы достойныя памяти государыне императрице, вселюбезнейшей Е.И.В. тётке Елисавете Петровне, Е.И.В. всемилостивейше пожаловали его Монсея за эту его верноусерднейшую и долговременную службу Е.И.В. архиатром, первым лейб-медикусом и главным директором над медицинскою канцеляриею и всем медицинским факультетом во всей российской империи и с жалованием по 7000 рублёв ежегодно, и притом он собственною своею персоною в единственном Е.И.В. ведении состоять и прямо от Е.И.В. повелений зависеть имеет, о чём сенат имеет ведать и куда надлежит послать указы».

В одном из своих писем Монсей писал: «…меня позвали ко двору, без всякого желания с моей стороны, и назначили первым врачом императрицы и государственным советником, что соответствует чину генерал-майора. Мне посчастливилось заручиться доверием императрицы, и проживи она дольше, я убеждён, что она осчастливила бы мою семью. Моё поведение во время её болезни, успехи в лечении и оправданность моих прогнозов увеличили мою репутацию. Так, после смерти императрицы я обнаружил, что завоевал доверие как правительства, так и публики. Нынешний император (Пётр III. — Б.Н.), который давно знал и уважал меня, после своего воцарения сделал меня тайным советником, первым врачом и архиатром. Последние два слова покажутся вам синонимами, но это не всегда так, поскольку в этой стране архиатр является главным директором Медицинской канцелярии и всего факультета и всех медицинских дел по всей империи, что вы и представить себе не можете. Первые врачи других монархов могут быть велики сами по себе. Но их величие не идёт ни в какое сравнение с моим. И, благодаря Богу, я не только уважаем и любим моим государем, но также обладаю доверием и дружбой всей нации». (Цит. по книге М.Б. Мирского «Медицина России XVI–XIX веков». М., 1996. С. 116.)

Будучи опытным военным медиком, Я.Ф. Монсей особое внимание обратил на совершенствование военно-медицинской службы, которая составляла тогда основную часть государственной медицины в России. 28 февраля 1762 г. он представил императору Петру III доклад «О приведении управления медико-хирургических и аптекарских наук, яко самонужнейшее для пользы общества дело, в лучшее состояние». Одновременно им был представлен «План о рангах принадлежащих Его Императорского Величества к медицинскому факультету чинов». Император согласился со всеми предложениями и наложил резолюцию: «Быть по сему». На основании этих, одобренных императором предложений Монсея указом Правительствующего сената почти весь «медицинский факультет» России получил более высокие чины и прибавки к жалованью.

Я.Ф. Монсей также составил «Наставление служащим в полках, во флоте и других командах лекарям, как поступать при отправлении своей должности», которое должно было заменить устаревшие медицинские разделы «Воинского устава» Петра I. В «Наставлении» особое внимание обращалось на обязательное и тщательное ведение «лазаретных книг» и «скорбных листов» (т.е. историй болезней), на необходимость повышения профессионального уровня медиков. По инициативе Монсея была учреждена должность главного полевого доктора армии.

Я.Ф. Монсей много внимания уделял и гражданскому здравоохранению: он предлагал, помимо городовых врачей, иметь ещё и губернских, и провинциальных докторов, или ланд-физиков. Это предложение также было одобрено императором, который 3 июня 1762 г. высочайше утвердил доклад архиатра. Однако через месяц и три дня, 6 июля 1762 г., в результате дворцового переворота император Пётр III был свергнут с престола и вскоре убит заговорщиками в Ропше.

Как первый лейб-медик России, Монсей неусыпно следил за здоровьем императора Петра III, давал ему советы гигиенического характера, лечил в случае возникновения какого-либо заболевания. После смерти императора Петра III от «припадка сильнейшей геморроидальной колики», как гласило официальное сообщение, доктор Монсей, знавший о действительной причине его смерти и обязавшийся «хранить глубокое молчание», 22 июля 1762 г. именным указом императрицы Екатерины II был уволен якобы «по слабости здоровья».

В 1763 г. он уехал на родину в Шотландию, где был избран почётным членом Королевского колледжа врачей в Эдинбурге. Умер Монсей 2 февраля 1773 г.

Перед отъездом он рекомендовал в русскую службу своего дальнего родственника, доктора Джона Роджерсона, который впоследствии был врачом императрицы Екатерины II, императоров Павла I и Александра I.

С его отставкой в России закончилось архиатрство, на смену Медицинской канцелярии пришла Медицинская коллегия, руководство которой было передано в руки немедиков.

Имя лейб-медика-консультанта Мандта (такое же наивысшее придворно-медицинское звание имел ещё только лейб-медик Н.Ф. Здекауэр) приобрело в отечественной истории скандальную известность в связи с упорными слухами о его причастности к якобы имевшему место отравлению императора Николая I.

Мартын Мандт родился в 1800 г. в городе Вейенбурге (Пруссия) в семье хирурга. Пойдя по стопам отца, он обучался медицине в нескольких немецких (в том числе — и Берлинском) университетах. В 1821 г. в качестве врача и зоолога Мандт принял участие в полярной экспедиции на китобойном судне в районе Гренландии и Шпицбергена. Опубликованный в 1822 г. отчёт о путешествии был зачтён ему в качестве докторской диссертации. Мандт был назначен окружным врачом в городе Кюстрине, а в 1830 г. утверждён ординарным профессором хирургии в Грейфсвальдском университете. В 1832 г. Мандт в течение полугода путешествовал по странам Европы — Англии, Франции, Италии, интересуясь главным образом учреждениями для психических больных.

Как отмечали его современники, Мандт был, несомненно, талантливым человеком, с независимым и сильным характером. К сожалению, его нравственная личность была непривлекательна. Н.И. Пирогов, познакомившийся с ним ещё до приезда в Россию и потом встречавшийся с ним в Петербурге, считал его недюжинным человеком, отмечая вместе с тем нелестные стороны его характера: тщеславие, карьеризм, несправедливую резкость в суждениях о других. К русским врачам Мандт относился пренебрежительно и надменно и своим исключительным положением при дворе воспользовался для укрепления влияния немецкой партии. Эту сторону деятельности Мандта подчёркивает немецкий «Биографический лексикон»: «Его большие таланты в соединении с предприимчивой натурой и при редко встречающейся силе воли позволили ему сделать быструю и блестящую карьеру при Российском дворе и полностью продемонстрировать всю мощь немецкой науки и немецкого характера» (Берлин — Вена, 1932. С. 53–54. — Б.Н.). Любимыми медикаментами Мандта были «nux vomica» (стрихнин) и цинковая мазь. Кровопусканий Мандт избегал, употребляя для кровоизвлечения обыкновенно одну-две пиявки.