Учебная флотилия 1-й школы подводников ( с 13.6.1940 1-й учебный дивизион подводных лодок) 1-го июля 1940 г была переименована в 21-ю учебную флотилию подводных лодок. К ней относятся следующие подлодки II серии:

2-й учебный дивизион подлодок был создан 1 ноября 1940 г. в Готенхафене. Он был придан 22-й флотилии подлодок, которая была сформирована в декабре 1940 г. К ней относятся следующие подлодки II серии:

28 января 1945 г. базы в Пиллау и Готенхафене были покинуты из-за приближения фронта. 29 подлодок с плавбазой «Weichsel» были переведены в Киль. Шесть подлодок 21-й учебной флотилии (U 120, U 121,U 141, U 148, U 151 и U 152) прибыли в верфь «Вегезакер», где уже находились подлодки 22-й флотилии. Здесь на них попытались установить шнорхели для боевых действий у восточного побережья Англии. Незадолго до конца войны подлодки (U 143, U 145, U 149 и U 150) с установленными шнорхелями были испытаны на море у Хельголанд. После возвращения они были захвачены англичанами.

24-я флотилия подводных лодок была создана для обучения командного состава и тренировочной стрельбе торпедами. В её состав входили следующие подлодки:

19-я флотилия подводных лодок была создана для обучения технического состава, списанные с боевой службы подлодки стояли у стенки причала в порту. В её состав входили следующие подлодки:

U 11 участвовала как опытная подлодка с июня 1940 г. по сентябрь 1941 г. в испытаниях по маскировке в подводном положении (опыты по анти-гидролокации). Весь её корпус был покрыт специальным маскирующим покрытием «Фафнир». Оно состояло из треугольных резиновых призм толщиной 1 см и длиной равной половине длины волны звука, чтобы поглощать его. Британский гидролокатор работал в диапазоне 8-30 килогерц, что соответствовало длине 2,5 -9 см. Расстояние между резиновыми зубцами не должно быть больше, чем длина волны пограничной частоты, это было около 5 см. Слой «Фафнира» был укреплен на корпусе лодки под пластмассовой оболочкой, прикрепленной к металлической раме. Здесь практический метод опирался на создание отражающих ячеек (подобно картонным ячейкам покрывающим стенку в студии звукозаписи). U 11 участвовала в обширных испытаниях совместно с экипажами подлодок U 95, U 96 и опытным судном «Laboe» осенью 1940 г.

Хотя были получены хорошие результаты в ходе испытаний, однако было ясно, что такая наружная непрочная оболочка поверх корпуса непригодна для боевых условий. Поэтому был создан двойной слой звукопоглощающей резины, который получил название «Альберих». Однако он на U 11 не испытывался. С октября 1941 г. по февраль 1943 г. U 11 была придана 5-й флотилии подводных лодок в Киле. Затем она была переведена в 22-ю учебную флотилию.