В 1755 году Оренбургский край с молниеносной быстротой охватило восстание башкир под руководством умного, образованного магометанина Батырши Алиева. Он разослал по всем башкирским селениям, а также по многим владениям магометанского Востока воззвания, в которых пророчил великие беды от нашествия на мусульман русского православия. Батыршу возмущало, что «неверные русские крестят мусульман в свою веру, от командиров и генералов никакой милости нет, и неизреченных тягостей терпеть больше нельзя, хуже что может ли быть, когда из настоящей веры в ложную обращают, ибо каждый человек свою веру любит. Русских, которые насильно из магометанства обращали и мечети разоряли, на весах разума справедливым золотником надобно судить так же, как и мусульман, которые бы христиан в свою веру привели и церкви разорили, ибо все мы рабы императрицы; когда же государынина милость к рабам неровна будет, то легкомысленные люди рассуждали, что впредь уже ожидать нечего: станем и мы веру их ругать и в свою обращать и имение грабить».

Батырша сетовал и на то, что башкирам «из гор и озер соль брать запретили, из городов покупать принудили. Когда некоторые старшины объявили, что из городов брать соль не желают, то командиры бранили их, по щекам били, за бороду таскали. В город ехать суда просить народ никакой уже надежды не имеет; которое дело можно было в один день кончить, месяц таскали, а которое в месяц можно было кончить, из взяток год продолжали. Некоторые злые старшины с народа взятки брали и, напившись пьяны, людей саблями рубили и много обижали, а когда на них суда просили, то не получали».

Возмущался Батырша и тем, что прежде «даром или за малые деньги можно было деготь доставать, который для выделки кож употребляли; теперь запретили употреблять деготь, велят из городов рыбий жир брать, а вместо двух рублей двадцать издерживаем».

Не все жалобы Батырши были насущны и справедливы, в чем он сам, будучи пойман, признался: «Начал я писать наставительные и разжигательные письма».

Духовные лица поддержали Батыршу, восстание грозило превратиться в крупное вооруженное выступление всего магометанского населения Поволжья, Башкирии и киргиз-кайсацких степей. Требовалось упредить, не дать иноверцам объединиться для борьбы. Неплюев приказал командирам крепостей готовиться к отражению бунтовщиков, послал донесение в Москву с просьбой прислать войско, написал калмыцкому хану прошение, предлагая немедленно двинуть тысячу всадников против киргизов, решивших присоединиться к башкирам. На подавление восстания были брошены три полка из Оренбурга, тысяча казаков из Яицкого городка, четыре полка спешили в Башкирию из Казани.

Опытный петровский дипломат Неплюев использовал в борьбе силу и хитрость. В Оренбурге жил один знаменитый магометанин. Неплюев попросил его обратиться с речью-письмом к татарам и киргизам, образумить их, отговорить от пособничества башкирам, которые ныне могут клясться в верноподданичестве на Коране, а завтра изменить своему же священному слову, а значит, и аллаху. По башкирским селениям были разосланы грамоты за подписью Неплюева, который требовал прекратить мятеж и обещал 1000 рублей за голову Батырши.

При вступлении в зону восстания армейских и казачьих полков и калмыцкой конницы башкиры со своими семьями 50-тысячным отрядом отступили за Яик, во владения Киргиз-кайсацкой орды. Неплюев послал в орду грамоту, требуя выдать или выгнать беглых башкир. При этом он, по обычаям того времени, разрешал киргизам забрать у бунтовщиков все их пожитки, жен и детей Это требование оренбургского губернатора было незамедлительно исполнено. В стане иноверцев произошла страшная резня. Силы восставших были расчленены и рассеяны. Батыршу поймали его же ближайшие соратники и в августе 1755 года под сильным караулом доставили в Оренбург. После допроса он был отправлен в Петербург и посажен в Шлиссельбургскую крепость, откуда после пятилетнего заключения пробовал бежать, зарубив топором троих стражников, но при этом и сам был убит.

Восстание, как и все прежние, было подавлено сурово, с излишней жестокостью, что вызвало недовольство центральной власти. Майора Назарова и капитана Тимашева Военная коллегия отдала под суд за чрезмерные кровопролития, допущенные при усмирении бунтовщиков.

Несмотря на то, что все восстания заканчивались кровью и казнями сотен и тысяч их участников, башкиры, как и другие подданные народы, не дали превратить себя в крепостных, сохранили вотчинное право на свои земли.

Заботясь о спокойствии на юго-восточных окраинах государства, Неплюев, желая обуздать безграничное своеволие башкир, киргизов и казахов, подчас сталкивал их друг с другом, как умело это учинил при усмирении мятежа Батырши. Сначала он дозволил киргизам напасть и разорить беглых башкир, а потом, когда мятежники вернулись в свои края и обратились к Неплюеву за разрешением отомстить киргизам, генерал-губернатор ответил: «Сие я не могу вам позволить, но если вы без спроса разобьете киргизов, то думаем, что взыску с вас не будет».

Петр Рычков и сам не предполагал, что многие его дневниковые записки, исторические экстракты, географические справки, этнографические и экономические заметки волею случая, а точнее сказать, насущной потребностью времени однажды сольются воедино и составят большое уникальное произведение. Приступая к написанию шестисотстраничной «Топографии Оренбургской», сорокалетний Рычков, конечно же, не помышлял, что сей труд принесет ему, в то время провинциальному коллежскому асессору, известность как в России, так и во всей Европе.

И хотя говорят, что счастливые случайности выпадают на долю подготовленных умов, ничего случайного не произошло: к своей книге Рычков готовился десятки лет. А началось все со скромного желания дать пояснения к географическим картам Оренбургской губернии, составленным геодезистом Иваном Красильниковым. И Кирилов, и Татищев, и Неплюев имели при себе геодезистов и картографов. При оренбургской канцелярии в 1741 году был учрежден Географический департамент, который занялся составлением генеральной ландкарты губернии.

Однако картографические работы шли очень медленно. И не только на Урале. Всюду не хватало опытных специалистов, техники. Еще в 1721 году по приглашению Петра Первого в Россию прибыл французский географ Гильон Делиль. «Россия является государством такого огромного протяжения, что, казалось бы, нет надежды на появление в ближайшем будущем точных карт столь обширного края, — писал он и тут же заявлял, что справится с неимоверно трудной задачей, если в его распоряжение передадут чертежи и карты, а также все старые, пусть даже несовершенные рукописные землеописания, потому как «лучше знать местность в общих чертах, чем не знать ее совсем».

Но Делиль вскоре умер. Его дело продолжил младший брат, академик-астроном Иосиф Делиль, по отзывам его современников, человек огромной эрудиции и такого же огромного честолюбия. Прибыв 23 февраля 1726 года в Петербург, он с помощью привезенных с собой инструментов сразу же приступил к астрономическим наблюдениям. Вскоре Делиль предложил только что созданной Петербургской Академии наук свой обширный проект географических работ в России, потребовав обеспечить ему свободное пользование всеми географическими материалами, выделить специалистов и новую астрономическую технику. Но эти его требования и просьбы зачастую не выполнялись. И хотя в 1739 году был создан Географический департамент, возглавить который поручили Делилю, составление «Атласа Российской империи» затянулось на многие годы.

Академию наук в ту пору разрывали дрязги и склоки между ее членами. По свидетельству Ломоносова, организаторами их были «всех профессоров гонитель, коварный и злохитростный приводите в несогласие и враждевание» советник академической канцелярии Шумахер и его зять «прегордый невежда, высокомысленный фарисей» Тауберт, для которых опасно было «произвождение в профессоры природных россиян»; в борьбе за власть они могли затравить, погубить всякого ученого. По мнению Ломоносова, академическая канцелярия с самого начала состояла из людей полуобразованных, которые распоряжались людьми умнейшими. Особенно позорно то, замечал он, что невежественные делопроизводители канцелярии, едва умеющие писать по-русски, дерзают притязать на право голоса в заседаниях этого учреждения… «Понимая, что в смысле ученой славы и заслуг они не могут равняться с академиками, и тем более превзойти, и являлись в то же время их начальством, они стремятся придать себе вес другим путем. Зная о возникающих среди академиков ученых спорах, которые при других условиях обычно дружески улаживаются, они из этих споров извлекают выгоду: разжигают взаимную вражду и в особенности восстанавливают младших против старших; раздувают споры и ссоры, ищут случая, чтобы распустить слухи, вредные для муз, и оговаривают чаще всего тех, кто в силу своих заслуг представляется им наиболее способным противостоять их наглости, а себя выдают за людей, безусловно необходимых для поддержания спокойствия в Академии».