Решительное значение для разрыва части киргиз с Кокандом и перехода их на сторону русских имели события 1862 г. В этом году в Ташкент прибыла с просьбой о помощи против русских киргизская депутация, в которой находился Шабдан, сын сарыбагышского манапа Джантая, впоследствии считавшегося безусловно преданным России. В Ташкенте в то время был Худояр-хан, только что (на короткое время) вновь занявший престол после убиения своего брата Малля-хана: Худояр отпустил Шабдана с благоприятным ответом. Независимо от этого, у Джантая по семейным делам произошла ссора с другим сарыбагышским родом, Темир-булат; Джантай прибыл в Верный, заявил, что его род Тынай принимает русское подданство, и просил оказать ему помощь против темирбулатцев; просьба была исполнена, и темирбулатцы вместе с тынайцами были присоединены к России. Не зная о сношениях отца с русскими, Шабдан из Ташкента прибыл в Пишпек к новому кокандскому наместнику Рахметулле (Атабек, бывший наместником в Пишпеке в 1860 г., потом находился в Ташкенте). За измену отца Шабдан в Пишпеке был посажен в тюрьму, откуда ему удалось бежать, что еще более укрепило связи Джантая с Россией.
В то же время против Рахметуллы восстали султинцы. Главным манапом их, как мы видели, считался Джангарач; когда он состарился, его значение перешло к энергичному Байтаку (или Байтыку) Конаеву; его сын находился в Пишпеке при Рахметулле и был им изнасилован: Байтак пригласил к себе Рахметуллу и вероломно убил его, после чего он отправил в Верный своего брата просить о принятии султинцев в русское подданство. Эти события были, повидимому, главной причиной похода Колпаковского, в том же году, имевшего результатом вторичное и окончательное взятие Пишпека и занятие всего Зачуйского края.
В 1863 г. были приняты меры, чтобы отделить от Коканда и присоединить к России горную местность к юго-западу от Иссык-Куля. Главным опорным пунктом кокандцев здесь было укрепление Куртка на-Нарыне; кроме того, было укрепление Джумгал на реке того же имени, притоке Нарына. Сюда был направлен "кашгарский" отряд "для рекогносцировки путей, ведущих из Заилийского края в Кашгарию. Отряд, под начальством капитана Проценко, в начале мая 1863 г. двинулся из Кастека, прошел через Буамское ущелье к Иссык-Кулю, оттуда через перевал Кызарт к Джумгалу, от Джумгала мимо озера Сон-куль к Куртке. Оба укрепления сдались без выстрела. Еще раньше, с частью сарыбагышцев (отделение Есенгул) ушел на Нарын, чтобы не подчиняться русским, Умбет-Али, сын Урмана (очевидно, в то время уже не бывшего в живых). Теперь он присоединился к отряду Проценко и впоследствии приписывал себе заслугу успеха отряда: в мае 1865 г. он писал Черняеву, что "присоединился к капитану, который носит очки, и вместе с ним покорил белому царю курганы (крепости) Джумгал и Куртку". В действительности он тайно вредил отряду: его брат разграбил около озера Сон-Куль почту, в которой было донесение Проценко о занятии Куртки. В связи с этим, вероятно, находился факт, что отряду на обратном пути пришлось сражаться с восставшими в его тылу сарыбагышцами и саякцами; при урочище Икечат были отражены киргизы и числе 3.000 человек. Отряд прошел обратно к Иссык-Кулю и оттуда на усиление кегенского отряда, действовавшего в том же году на китайской границе и имевшего несколько вооруженных столкновений с китайцами, в том числе и в киргизской земле, на Каркаре, где Радлов еще в 1862 г. посетил бугинцев. Четыре рода бугинцев в то время еще подчинялись Китаю, в том числе род Арык-тукум, имевший сношения с Россией, как мы видели, еще в 1824 г. Прочного значения действия отряда Проценко не имели; укрепление Куртка, разрушенное (как и Джумгал) русскими, было потом восстановлено кокандцами. Колпаковский еще в феврале 1865 г. писал из Верного, что кокандская крепость Куртка "имеет влияние на все киргизские роды, кочующие в верховьях Сыр-Дарьи, по Нарыну и Кочкору, возмущает их против нас и доставляет войскам Алимкула (в то время регента Кокандского ханства) большие материальные средства".
Пограничные споры с Китаем были разрешены Чугучакским договором 25-го сентября 1864 г., но и после этого спокойствие на восточной границе нарушалось вследствие мусульманского восстания против китайского господства; восстание началось в 1863 г. в Кашгарии и распространилось в 1864 г. на Кульджинский край; к восставшим несколько раз присоединялись и киргизы, в том числе и те из них, которые считались русскими подданными. В том же донесении Колпаковского от февраля 1865 г. говорится, что "бугинцы, в особенности кочующие по Текесу, выжидают только прибытия ходжей святогорцев с войском, чтобы заявить им свою преданность и готовность жертвовать имуществом". Были, однако, случаи обращения киргиз к русским с просьбой о помощи против мусульманских повстанцев. Осенью 1864 г., когда Колпаковский был на Иссык-Куле, к нему явились "двое почетных людей из дикокаменных киргиз, рода Чирик", с письмом от "старшего манапа" Турдуке. Манап жаловался на действия повстанцев, притеснявших киргиз поборами и самого Турдуке увлекших силою "под Кашгар", и просил "защитить чириковский род, принявший подданство России". Колпаковский отвечал, что в виду наступившей осени и закрытия перевалов снегами было невозможно "послать войска для защиты чириков, кочующих почти под стенами Кашгара"; поэтому он советовал им "удалиться от театра инсуррекции" на Нарын. Чирики не имели возможности тогда последовать этому совету: никаких других мер для их защиты принято быть не могло, и положение их оставалось таким же и к 1865 г.
Больше всего значения для решения судьбы киргиз имел, конечно, исход войны с Кокандом. Еще в начале 1864 г. положение было крайне неопределенным: под влиянием воззваний ташкентского наместника, с обещанием полного прощения за убиение Рахметуллы Коканду вновь подчинилась часть султинцев во главе с Джангарачем и часть сарыбагышцев, кочевавшая на Нарыне, во главе с Умбет-Али: большая часть султинцев, во главе с Байтыком, и сарыбагышцев уклонились от уплаты зякета кокандцам и продолжали сношения с начальником Алатавского округа. Джангарач умер в том же году его сын Чолнанбай также получил от ташкентского наместника ярлык на звание старшего манапа рода Султу. Но и те манапы, которые оставались подданными России, не считались надежными. Из султинцев манапы Кокум и его сын Чайбек, "родственники манапов Джангарача и Байтыка", приняли участие в нападении на подчиненных России казаков; в феврале 1864 г. в таком же нападении принимал участие брат Байтыка Сатылган; киргизы разграбили до 50 аулов. Дулатовской (казачьей) волости, "увели в плен женщин и детей и сожгли юрты". Манапы казались настолько ненадежными, что войсковой старшина Бутаков, посланный во главе двух сотен к Токмаку "под предлогом прикрытия рекогносцировки ущелий речек Большой и Малой Кебин", хитростью заманил к себе в Токмак несколько влиятельных манапов из султинцев, в том числе Байтыка, и сарыбагышцев, "под благовидным предлогом задержал и увел с собою в Верный.
Готовясь к походу на Аулие-ата (известно, что этот город был взят Черняевым 4-го июня 1864 г.), русские, однако, находили нужным привлечь киргиз на свою строну примирительными действиями. Задержанные скоро были отпущены к своим родственникам с успокоительными уверениями; некоторые из них, как Байтык, Корчу и родственник Умбет-Али Менде, или сами присоединились к русским отрядам, или присоединили к ним своих сыновей и ближайших родственников. Даже Чолнанбай, захваченный казаками (Дулатовской волости) с ярлыком ташкентского наместника, был отпущен с почетным халатом. Эти меры достигли цели: дети Джангарача и Бочкай Канаев (последнему принадлежали пашни от вершины речки Ашнары до Мерке) выразили покорность Черняеву. На верхнем Таласе и на Карабуре Черняеву, однако, пришлось иметь дело и с враждебными манапами: в числе их упоминается Сарамсак, собравший до 200 вооруженных киргиз. Поход, во всяком случае, способствовал упрочению русского господства над киргизами: уже в Пишпеке к русскому отряду явились некоторые бии, "которые никогда не являлись прежде русскому начальству". В августе 1864 г. Черняев писал, что "сообщение Аулие-Ата с Верным совершенно обеспечено", хотя между Пишпеком и Токмаком был случай гибели подпоручика Губара, беспечно заснувшего на траве и зарезанного "дикокаменными шенчи" (земледельцами), работавшими вблизи на пашне, в числе пяти человек.
