Толпы нуждающихся в молитвенной помощи осаждали отца Иоанна, так что даже от Андреевского собора до дома, находящегося буквально в нескольких шагах, ему приходилось ездить на пролетке, не говоря уже о свободном передвижении по Кронштадту. Ежедневно в Кронштадт, желая увидеть святого, приезжали тысячи людей – от крестьян до аристократов. Все они обращались к Кронштадтскому пастырю, как к последней надежде, – и по его молитвам многие получали исцеления. Вот только несколько примеров молитвенной помощи отца Иоанна.

Женщина из города Уральска сообщает: «По молитве отца Иоанна Кронштадтского, был исцелен мой сын Георгий 6 лет, который был болен брюшным тифом. Врач, при каждом посещении, спрашивал: «Жив?» и только тогда входил, но надежды на выздоровление не давал. Мы пригласили священника, он причастил больного Св. Тайн и сказал, что ребенок очень слаб, тогда я написала своей сестре в Петербург (мы жили с мужем в Уральске) и просила ее съездить в Кронштадт к отцу Иоанну, рассказать ему про болезнь моего единственного сына и отслужить молебен Спасителю. Мы с мужем не отходили от сына, т. к. он был очень слаб. Врач был внимателен к больному и добросовестно посещал его два раза в день; ничего нельзя было давать сыну: ни лекарства, ни пищи, да он и глаз не открывал около 3-х недель. Однажды он попросил пить. Я ему ответила: «Скоро придет доктор и скажет, что можно дать пить». Муж записал число, когда сын попросил пить. Ждем доктора. И вот получаем письмо от сестры, что она в такой-то день была у отца Иоанна и служили молебен и что отец Иоанн велел ей написать, что сын поправится. Молебен был того числа, когда сын попросил пить. Приходит доктор и по обыкновению спрашивает: «Жив ли?» И когда узнал, что он просил пить и увидел его, то поразился и сказал, что это чудо. Мы промолчали, что писали отцу Иоанну. И вот с того дня наш сын стал поправляться и благодаря Бога и отца Иоанна он прожил до 50 лет».

Дело было в Пажеском Корпусе в Петрограде; во время гимнастики один мальчик получил сильный удар по голове и после того опасно заболел; лечили его всякие врачи и профессора, но ему лучше не становилось и матери сказали, что ее сын безнадежен и в лучшем случае, если не умрет, то будет идиотом. Тогда мать поехала в Кронштадт, там ей удалось увидеть отца Иоанна, который с ней поехал к больному, помолился и сказал, что ее сын будет здоров. Действительно, от того дня мальчику стало лучше и вскоре он совсем поправился на удивление всех врачей.

А. И. Коптев, присяжный поверенный в Москве, заболел психическим расстройством. Доктора признали излечение более чем сомнительным. Жена больного, выслушав докторов, решила поехать в Кронштадт и обратиться за помощью к отцу Иоанну. Прибыв в Кронштадт, она отправилась к ранней обедне, которую служил батюшка. Народу в церкви было так много, что Коптева, опасаясь давки, остановилась у самых церковных дверей вместе с нищими. Когда же обедня кончилась, она хотела было уже идти узнавать, где и когда можно ей повидать отца Иоанна, как вдруг увидела его самого, идущего по направлению к ней. Народ быстро расступился, давая ему дорогу, повинуясь повелительному движению его руки. Дойдя до Коптевой, отец Иоанн остановился перед ней и глядя ей в лицо сказал: «Не грусти, не отчаивайся, Бог услышит твою молитву, поезжай себе домой с Богом». После этого он благословил ее и отпустил домой с миром. Тогда она поспешила вернуться домой, в Москву, к больному мужу. Вскоре окружающие стали замечать, что состояние здоровья Коптева значительно улучшилось, а спустя месяц он поправился настолько, что смог заниматься делами.

Очевидец исцеления бесноватого пишет: «В 1882 году в Кронштадте, когда мне было всего 10 лет, в один из воскресных дней я был на литургии в Андреевском соборе. После литургии, когда еще прихожане не успели разойтись, ввели бесноватого – здорового мужика, которого поддерживали около 10-ти таких же мужиков; они подвели его на левый клирос и держали крепко за руки. У бесноватого на лице выступил пот и около рта густая белая пена. Я подошел поближе, чтобы видеть исцеление. Вскоре из алтаря вышел отец Иоанн Кронштадтский и приказал мужикам подвести бесноватого поближе к нему; в это время я ясно услышал изо рта его какие-то звуки, похожие на пение петуха, и он сильно рванулся, чтобы вырваться от держащих его мужиков. Затем отец Иоанн, взяв епитрахиль и, держа над головой больного, стал читать молитвы. Больной упал на колени; не слышно было больше пения, стал затихать, а когда отец Иоанн перекрестил его крестом, он встал, сильно вспотев, и стал медленно уходить из церкви, а за ним пошли те мужики, которые уже не держали его. На всех окружавших это чудесное исцеление бесноватого произвело сильное впечатление, и я долго это помнил и рассказал своей матери о чудесном исцелении бесноватого».

Также каждый день отец Иоанн получал до 1000 писем и телеграмм, с просьбами помолиться об исцелении больных. С просьбами обращались не только православные, но и инославные христиане, иудеи, мусульмане и язычники. Письма с просьбами о молитве приходили не только из России, но и из других стран. Впоследствии, когда писем и телеграмм стало очень много, отцу Иоанну пришлось взять нескольких секретарей для их разбора. Из-за множества писем, отец Иоанн не всегда мог отдельно помолиться за каждого, кто обращался к нему, тогда во время совершения проскомидии он клал перед собой кипы писем и телеграмм и, вынимая из просфор частицы, громко молился: «Помяни, Господи, всех заповедавших мне молиться о них!» И, несмотря на столь необычный способ молитвы, страждущие также получали помощь по молитвам отца Иоанна.

Пианистка Евгения Сорочинская была возвращена к жизни святым Иоанном. Ее родители – врачи, работали в одном из городов Ставрополья, когда их единственной дочери исполнилось два года. Внезапно она тяжело заболела и была приговорена врачами к смерти. Видя отчаяние родителей, няня девочки посоветовала им послать телеграмму отцу Иоанну Кронштадтскому. Мать засомневалась, но по настоянию няни телеграмму в 24 часа отправили, а в 2 часа ночи пришел ответ: «Помолился. Девочка будет жива». Прожила Евгения Сорочинская до 84-х лет.

В 1889 году Николай Иванович Краснов имел в г. Туле склад московского пива. Получая пиво в бочках, он сам разливал его в бутылки. Пиво находилось на льду в погребе. Разливая пиво в летний жаркий день, Краснов простудился. Сначала он думал, что это пустяки, пройдет, но оказалось не так, у него сначала было воспаление легких, а потом перешло в скоротечную чахотку. Обращение к лучшим врачам ничего ему не дало, и Н. И. Краснов сгорал на глазах всех. Так прошло несколько месяцев. Жена не знала, что делать, почти приготовляя своего мужа к смерти. В последние дни его жизни кто-то посоветовал жене Н. И. Краснова послать письмо батюшке отцу Иоанну с искренней просьбой помолиться за болящего. В час получения отцом Иоанном письма больной начал чувствовать себя лучше и понемногу поправился так, что стал еще сильнее прежнего, благодаря милости Божией и молитвам отца Иоанна.

В г. Вознесенске, Херсонской губернии, в немецкой семье Майш, лютеранского вероисповедания, девочка 8 лет заболела дифтеритом. Положение ее было очень тяжелое. Врачи ничем не помогли. Родители были в отчаянии. Кто-то из православных посоветовал им обратиться к отцу Иоанну Кронштадтскому по телеграфу. Вечером послали телеграмму, а утром получили от отца Иоанна ответ телеграммой же, что он «все сделает, что только может». Девочка, проснувшись, говорит своим родным о том, что к ней приходил священник, которого никогда не видала, и описывает его наружность. Еще перед тем знакомые принесли им портрет отца Иоанна. Когда девочке показали этот портрет, то она воскликнула: «Вот этот же самый приходил ко мне, подошел к моей кровати и сказал: «Будешь здорова!» И девочка действительно поправилась совершенно».

В 1880-х годах была сильная холера на юге России и свирепствовала особенно в городе Новомосковске, Екатеринославской губернии. Население по телеграфу обратилось к отцу Иоанну с просьбой помолиться. Получен был ответ: «Молюсь за вас». И с того дня холера прекратилась.