Служение святого отца Иоанна не ограничивалось только богослужением и благотворительностью, долгие годы он преподавал сначала в Реальном Училище, а затем в Кроншадтской классической гимназии. К своей педагогической работе отец Иоанн относился с тем же усердием, что и к церковному служению и благотворительности. Много лет спустя, один из учеников его вспоминал: «Ясно и с сердечной убедительностью говорил он о важности для нас, детей, уроков Закона Божия, для сохранения веры, чистоты сердца и влечения к молитве. С первого же дня отец Иоанн внушил всем нам серьезное отношение к Закону Божию, и дома я всегда приготовление уроков начинал с его предмета. И это осталось навсегда». При таком подходе к предмету не то что неудовлетворительная оценка, но и пять с минусом была для учеников, дороживших любовью наставника, настоящей детской трагедией.

Одновременно сам отец Иоанн старался не применять к ученикам особых строгостей. В тех случаях, когда они или не понимали ту или иную тему, или же не могли выучить урок из-за большого задания по другим предметам, он еще раз объяснял пройденный материал, дабы ученики могли понять и запомнить его. От внимания отца Иоанна не ускользали и личные трудности учеников – он всегда старался помочь. Случалось, что отец Иоанн вносил плату за неимущих учеников, заступался за провинившихся, брал на поруки подлежавших исключению. И чувствуя искреннюю любовь наставника, дети платили ему тем же.

Но иногда отец Иоанн мог быть и резким. Известен случай, когда один из старших учеников вслух усомнился в Божестве Святого Духа. Этот случай вспоминал впоследствии одноклассник юного вольнодумца: «В пятом классе у нас был некто М., юноша лет 16, крайне ленивый и испорченный. Мы учили катехизис: определение Бога как Духа. На одном из уроков М. вдруг встает со своего места и резко заявляет Батюшке, что он отказывается признать это определение. В классе воцарилась гробовая тишина.

– Безбожник! Изувер! – воскликнул отец Иоанн, пронизывая М. резким и упорным взглядом: – А ты не боишься, что Господь лишит тебя языка за твое юродство? Кто произвел тебя на свет?

– Отец с матерью, – отвечал глухим голосом М. – А кто произвел самый свет? Кто создал все видимое и невидимое?

М. молчал. – Молитесь, дети, – обратился тогда Батюшка ко всему классу, – молитесь со всем усердием и верою!

По окончании урока М. был позван к Батюшке в учительскую. О чем говорил он с М. с глазу на глаз, мы не знаем, но М. вышел взволнованным и навсегда новым».

Из этого примера видно, что в педагогической деятельности для святого отца Иоанна были важны не только конкретные знания, но и осмысленное понимание предмета – христианское мировоззрение учащихся. Сам он, обращаясь к коллегам-преподавателям, неоднократно напоминал им: «Нам нужно образовать не только ученых людей и полезных членов общества, но и – что важнее и нужнее – добрых богобоязненных христиан. Дай Бог, чтобы из всех знаний образовалось в душах детей то стройное согласие, та твердая христианская система познаний, правил и навыков, которая составляет истинное христианское образование».

Около двух десятилетий святой отец Иоанн Кронштадтский смиренно совершал повседневное приходское служение и законоучительство. Постепенно сослужители и прихожане привыкли к его сугубой молитвенности, напряженному переживанию Литургии, усердному проповедничеству и неуемной благотворительности.

Рубежом, отделившим служение приходского священника Андреевского собора в Кронштадте от служения Всероссийского пастыря, стал один случай. Святой праведный Иоанн рассказывал об этом вопрошавшим его священникам: «У вас, братие, мои сослужители, несомненно является вопрос в душе, как я имею дерзновение так ездить по всей России, молиться за столь многих, кто просит моей молитвы. Быть может, кто-нибудь назовет это дерзостью. Но я не решился бы на такое великое дело, если бы не был зван к нему свыше. Дело было так. Кто-то в Кронштадте заболел. Просили моей молитвенной помощи. У меня и тогда была такая привычка: никому в просьбе не отказывать. Я стал молиться, предавая болящего в руки Божии, прося у Господа исполнения над болящим Его святой воли. Но неожиданно приходит ко мне одна старушка (родом костромичка), которую я давно знал. Она была богобоязненная глубоко верующая женщина, проведшая свою жизнь по-христиански и в страхе Божием кончившая свое земное странствование. Приходит она ко мне и настойчиво требует от меня, чтобы я молился о болящем не иначе как о его выздоровлении. Помню, тогда я почти испугался: «Как я могу, – думал я, – иметь такое дерзновение?» Однако эта старушка твердо верила в силу моей молитвы и стояла на своем. Тогда я исповедал пред Господом свое ничтожество и свою греховность, увидел волю Божию во всем этом деле и стал просить для болящего исцеления. И Господь послал ему милость Свою – он выздоровел. Я же благодарил Господа за эту милость.

В другой раз по моей молитве исцеление повторилось. Я тогда в этих двух случаях прямо усмотрел волю Божию, новое себе послушание от Бога – молиться за всех, кто будет этого просить. И теперь и я сам знаю, и другие передают, что исцеления по моей молитве совершаются».

Старушка-костромичка, о которой рассказывал отец Иоанн, была Параскева Ковригина – духовное чадо одного из учеников преподобного Серафима Саровского. Этот старец, иеромонах Иларион, и благословил Параскеву идти в Кронштадт и послужить отцу Иоанну, когда тот был еще безвестным приходским священником. Благочестивая старушка не сразу выполнила благословение, данное ей духовником – несколько лет по семейным обстоятельствам она лишь наездами могла бывать в Кронштадте.

Наконец, в конце 1872 г. она окончательно перебирается в Кронштадт и начинает духовное общение с отцом Иоанном. Поначалу их собеседования о духовной жизни, как и всякая иная деятельность отца Иоанна, вызывали нарекания окружающих – в этот раз его стали обвинять в сектантстве. Тем паче, что к их духовным беседам стали присоединяться и другие жаждущие духовной жизни. Лишь со временем ревностная церковная жизнь и пламенные молитвы отца Иоанна и иже с ним пробили лед недоверия сослуживцев и прихожан.

Но гораздо более убедительным свидетельством правильной духовной жизни отца Иоанна стали чудеса по его молитвам. Вскоре после первых чудотворений и прихожане Андреевского собора, и другие кронштадтские обыватели воочию убедились в силе молитв отца Иоанна.

Слава о чудесах по молитвам отца Иоанна вскоре перешагнула границы Кронштадта и достигла столицы – Санкт-Петербурга. К. П. Победоносцев – обер-прокурор Синода – высшего церковного органа того времени – вызвал к себе отца Иоанна и поинтересовался его деятельностью: «Про вас говорят, что вы молебны служите, чудеса творите, смотрите, как бы вы плохо не кончили». Но отец Иоанн дерзновенно ответил: «Не извольте беспокоиться, подождите и увидите, каков будет конец».

Действительно из столицы слава Кронштадтского пастыря разнеслась по всей России, как последнее предупреждение перед революцией, уничтожившей привычный быт и уклад Российской империи. Тогдашняя Россия – внешне имеющая вид православного благочестия, но давно отвергшаяся его силы. И народ, и интеллигенция, и высшее общество смотрели на веру, как на некую формальную повинность перед государством. Лишь немногие видели цель своей жизни в обращении ко Христу и соединении с Ним. Многие люди изредка – не чаще раза в год – приступали к исповеди и причастию – единственно по требованию существовавшего тогда закона.

Появление перед такой почти равнодушной толпой пророка и чудотворца, звавшего всех к Чаше Христовой, многим открыло глаза на действенность православной веры. Но для большинства, к сожалению, отец Иоанн остался неким чудаком и фанатиком. Вся его деятельность представлялась многим результатом неразумной экзальтации. Соприкосновение с праведником, свидетельствовавшем о истине, никак не изменило жизни тогдашнего общества – призыв к покаянию не был услышан.