За четырехлетний период Хуарес построил в родном штате около 300 начальных школ и 8 учительских колледжей, всемерно способствуя распространению образования среди детей индейцев. В одном из своих выступлений Хуарес говорил: «Дети не ходят в школу из-за ужасающей нищеты, в которой живут их родители и с которой можно бороться, только развивая экономику страны. Стремление к знанию и просвещению присуще людям. Освободите их от ярма нищеты и деспотизма, и они сами себя просветят, даже без посторонней помощи… Воспитать женщину соответственно требованиям ее высокой и полезной миссии — значит взрастить плодотворное семя, способствующее возрождению и социальному прогрессу. Поэтому никогда не следует пренебрегать просвещением женщин».

Хуарес строго следил за тем, чтобы торговцы, домовладельцы, помещики платили положенные им налоги, что позволило ему не только исправно выплачивать жалованье чиновникам и располагать средствами на школьное и дорожное строительство, но и почти выплатить долг штата, который в 1847 году составлял 124500 песо, а четыре года спустя снизился до 8710 песо. Хуарес не только расплачивался с долгами штата, но и отчислял положенную часть доходов Оахаки в национальную казну, что до него да и долго после него по доброй воле делали считанные губернаторы.

Оздоровление финансов штата Оахака, осуществленное Хуаресом, казалось в тогдашних условиях Мексики настоящим чудом. Ведь национальный долг страны продолжал расти как на дрожжах. Бюджет национального правительства всецело зависел от местных ростовщиков и иностранных займов.

Эти успехи были достигнуты Хуаресом, несмотря на постигшее в 1850 году Оахаку бедствие — эпидемию холеры, в результате которой погибло 10698 жителей из 525-тысячного населения штата. Жертвы эпидемии были бы значительно большими, если бы Хуарес не мобилизовал все местные ресурсы для оказания медицинской помощи населению, для чего следовало преодолеть бытовавшие среди жителей под влиянием церкви предрассудки против прививок. Немало способствовал распространению эпидемии обычай захоронения умерших в церквах и прицерковных участках. Еще в 1829 году после очередной эпидемии холеры в Оахаке было открыто гражданское кладбище, но оно продолжало пустовать, хотя закон запрещал хоронить в церквах. Духовенство цепко держалось за столь доходную статью, как предоставление права захоронения на «освященной» земле церковных участков. Когда его собственная дочь Гуадалупе умерла от холеры, Хуарес демонстративно захоронил ее на гражданском кладбище. «Я лично, — пишет он в своих воспоминаниях, — свез тело моей дочери на кладбище Сан-Мигель, расположенное за городской чертой, с тем чтобы подать пример подчинения закону, который был аннулирован предрассудками, что приносило большой вред здоровью населения. С того времени и благодаря этому примеру, а также настойчивости, с которой я препятствовал захоронению в церквах, укоренилась практика захоронения умерших за городской чертой Оахаки».

Охраняя национальные интересы Мексики, Хуарес, будучи губернатором, самым решительным образом воспротивился передаче Соединенным Штатам права на строительство железной дороги через перешеек Теуантепек, западная часть которого проходит по территории штата Оахака. Мексиканское правительство уже было согласилось не только предоставить такое право США, но и разрешить им послать свои войска для охраны строительства, однако твердая позиция Хуареса, угрожавшего оказать вооруженное сопротивление ненавистным янки, и протесты других патриотов заставили правительство аннулировать ранее достигнутое с Вашингтоном соглашение по этому вопросу.

Патриотическая деятельность Хуареса на посту губернатора Оахаки вызвала недовольство местных реакционеров, которые неоднократно пытались его свергнуть, устраивая с этой целью мятежи в разных местах штата. Реакционеры не сдавались. Они рвались к власти и не только в Оахаке, но и в Мехико, надеясь вновь посадить в президентское кресло своего кумира предателя Санта-Анну.

Хуаресу удалось при поддержке населения усмирить мятежников в своем родном штате и сохранить губернаторский пост в течение всего положенного законом четырехлетнего периода. В 1852 году новым губернатором Оахаки был избран единомышленник Хуареса — Игнасио Мехия, который назначил своего предшественника директором Института наук и искусств. В этой же своей излюбленной альма матер он преподавал гражданское право и ему было присвоено звание профессора. Судя по всему, Хуарес намеревался в ближайшие годы всецело посвятить себя преподавательской деятельности. Однако развитие политических событий в стране внесло существенные изменения в мирные планы бывшего губернатора Оахаки.

В 1851 году президентом Мексики стал уже известный генерал Ариста, как и Санта-Анна игравший в период войны на руку американским интервентам. Правительство Аристы, опиравшееся на умеренных либералов, дискредитировало себя пресмыкательством перед Соединенными Штатами, финансовыми аферами, коррупцией. В начале 1853 года Ариста без особого труда был свергнут, и его место занял Санта-Анна, который провозгласил себя покровителем церкви и защитником помещичьей собственности. Старый авантюрист, выдавая себя за патриота, пообещал модернизировать армию, обучить ее современному искусству ведения войны, пригласив с этой целью офицеров-инструкторов из Испании и Пруссии. В действительности же Санта-Анна стремился превратить армию в свою преторианскую гвардию.

Захват власти предателем Санта-Анной вызвал в ряде районов Мексики восстания и активное партизанское движение, справиться с которым диктатору было не под силу. Преследование партизан стоило денег, между тем казна Санта-Анны была пуста. Церковники хотя и восхваляли диктатора, но проявляли характерную для них скупость в отношении предоставления ему денежных средств. От банкротства его спасли Соединенные Штаты, отхватив от Мексики за свою «щедрость» новый кусок территории.

Ссылаясь на одну из статей договора Гуадалупе-Идальго, предоставлявшую им право переходить границу в целях преследования воинствующих индейских племен, американские войска вторглись в пределы Мексики и заняли обширную долину Ла-Месилья, размером в 140 тысяч квадратных километров. Американцы через своего посла Гадсдена предложили Санта-Анне уступить им захваченную область за «щедрое вознаграждение». Вот как сам Санта-Анна описывает в своих воспоминаниях последовавший за этим предложением торг:

«Я, сделав вид, будто бы ничего не слышал, сказал послу:

— Мистер Гадсден, я слышу, вы говорите: «щедрое вознаграждение» и, любопытства ради, хотел бы знать, сколько же это составит. Думаю, что это больше той ничтожной суммы, которую мы получили за половину мексиканской территории.

Посол с повеселевшим лицом спросил:

— А во сколько правительство оценивает участок Ла-Месилья?

— Я оцениваю его в пятьдесят миллионов песо наличными.

Мистер Гадсден подпрыгнул в кресле и с удивлением воскликнул:

— О! Пятьдесят миллионов песо — это большая сумма!

— Дорогой сеньор, когда богач хочет что-то приобрести, он хорошо платит.

— Завтра я дам ответ, — сказал он и вышел».

На следующий день Гадсден предложил уплатить диктатору 20 миллионов песо, на что тот немедленно согласился. Санта-Анна не возражал даже, когда американский сенат снизил эту сумму наполовину. «Мое правительство, — писал не без удовлетворения этот предатель, — обсуждая решение сената снизить цену, пришло к выводу, что, хотя и не следовало оправдывать такой поступок, нельзя было не считать удачным, что за участок необработанной земли получено почти столько же, сколько и за половину территории страны».

Но американцы не только заполучили долину Ла-Meсилья за столь ничтожную сумму, они по «грязной сделке Гадсдена», как стали именовать мексиканцы договор, заключенный Санта-Анной с этим дипломатом, добились права свободного передвижения по перешейку Теуантепек, перевода через него войск, товаров и пассажиров, то есть того, против чего столь решительно возражал два года назад Хуарес и другие патриоты.