В донесении от 25 сентября уточнялось, что с “Паллады” на “Баян” ставят шесть орудий, но работы ведутся только ночью. С 26 сентября по 18 октября “Баян” принимал участие в тралении внешнего рейда. 30 сентября и 17 октября сделал 17 и 10 выстрелов по японским позициям. Судьба продолжала оберегать корабль от значительных повреждений, словно подталкивая его к еще возможному прорыву в море.
Японцы же, установив 11-дм осадные мортиры за Сахарной головой занимались неторопливой их установкой, и обстрел кораблей вели пока из 120-мм и 6-дм орудий. “Баяну” в названный период досталось 10 таких снарядов из 26 попаданий в корабли эскадры и 6 из 41 попадания 11-дм бомбами.
27 сентября, пристрелявшись к постоянной стоянке “Баяна” в Восточном бассейне под Золотой горой, японцы добились четырех попаданий из 11-дм мортир. Один их снаряд причинил кораблю до 50 разного рода повреждений в машинном отделении, где, в частности, оказалась помята колонна золотниковой коробки цилиндра среднего давления и разбита сама коробка, перебиты кронштейны тяг приводов управления, и до половины — машинный фундамент.
Подозревая, что “Баян” более других кораблей в Порт-Артуре способен на прорыв (он один обладал 21-уз скоростью), японцы неотступно преследовали его огнем 11-дм мортир. Попытки искать спасение на внешнем рейде, куда корабль перешел утром 3 октября, оказались безуспешными, японские агенты очень скоро, как это было и с попытками менять стоянки других кораблей, сообщали о вставшем на бочке под Золотой горой “Баяне”, и в продолжение пяти часов дневного времени в корабль попало семь из выпущенных по нему 46 11-дм снарядов. Но эти повреждения все еще не затронули жизненные части крейсера, и командир считал, что они еще не вывели его из строя. На случай прорыва японцы выдвинули к Порт-Артуру крейсера “Асама” и “Ивате”, а броненосцы бы попытались перехватить корабль у о. Кэп. В уже замиравшем тралении рейда участвовал и катер “Баяна”. 5 и 11 ноября “Баян” выпустил по японским позициям 6 и 4 8-дм снаряда.
Отдавая все больше людей на оборону крепости и защиту последнего, критического для флота рубежа на горе Высокой (ее оставили 22 ноября), “Баян”, насколько это удавалось, продолжал по ночам ставить пушки со всем уже, видимо, списанной “Паллады”, этой, по выражению В.И. Семенова, незадачливой “богини отечественного производства”, продолжал заниматься тралением и даже успел 17 ноября сделать из 8-дм пушки (или пушек) четыре мортирных выстрела (чтобы накрыть японцев в ложбине) с полузарядами от орудия в 35 калибров.
За это время японцы успели планомерным последовательным расстрелом, начав его 22 ноября, покончить к 24 ноября с четырьмя броненосцами и крейсером “Паллада”. Леденящая кровь картина этого неслыханно дешево обошедшегося японцам истребления русского флота (В “Ретвизан” попало 22 11-дм бомбы, в “Полтаву” 1 11-дм, в “Пересвет” 25 11-дм, в “Победу” 28 11-дм, в “Палладу” 4 11-дм) остается и сегодня неподдающейся пониманию.
Освободив свои орудия “убийства” флота в Западном бассейне, японцы с утра 25 ноября принялись за продолжавший смиренно, как жертвенная овечка на привязи, стоять на швартовых “Баян”. Как говорилось в труде МГШ (с. 254), согласно решению совещания адмиралов от 7 ноября, корабль “все время поддерживался в готовности для выхода в море”. В ночь на 23 ноября на левом борту установили полученные с “Паллады” два 6-дм орудия. Два других недостающих 6-дм орудия (по правому борту) поставить помешала усиливавшаяся бомбардировка.
В этот день, как признавала официальная история, выйти в море еще были способны “Пересвет” и “Победа”. Была возможность использовать последний шанс — сформировать из них вместе с “Баяном” ударный отряд прорыва. Пополнить людей можно было с “Севастополя”, еще способного прикрыть этот прорыв, и с уже погибших “Ретвизана” и “Полтавы”. Но и сегодня отсутствие прямых свидетельств о событиях тех двух дней заставляет лишь теряться в догадках о действиях и намерениях командиров и офицеров этих кораблей. Неизвестно, какие и каким составом офицеров были приняты решения о выгрузке с корабля ночами с 23 на 24 и с 24 на 25 ноября боеприпасов и провизии. На берег перевели и почти весь экипаж, оставив лишь специально отобранные аварийные команды.
Но не веря, что его окончательно предали и в море выводить не собираются, корабль сопротивлялся с удивительной стойкостью и героизмом. 25 ноября с 9 ч утра до 17 ч японцы выпустили по крейсеру до 320 11-дм и 6-дм снарядов. По крайней мере, четыре из 10 попавших снарядов были 11-дм калибра. Не имея подводных пробоин (выручал устроенный на борту бон), корабль, однако, все более садился из-за приема воды в последовательно затапливавшиеся (из-за пожаров) отсеки. В борьбе за живучесть корабля были ранены подшкипер Красильников и трюмный механик Кошелев, но о восстановлении корабля уже не могло быть и речи.
Уже до полудня 26 ноября все было кончено. Весь заполнившись водой, с 15° на левый борт. “Баян” уже всем своим корпусом лег на грунт.
В этот день только “Баян” и “Севастополь” из крупных кораблей оставались еще под андреевскими флагами — все остальные по приказу Р.Н. Вирена от 25 ноября, официально уже будучи затопленными в гавани, окончили кампанию.
Команда “Баяна” частью образовала одну из рот последнего десанта флота с мичманом Ю.Л. Лонтковичем и инженер-механиком Е.П. Кошелевым. Комендоры, минеры и машинисты продолжали работы в Минном городке и в порту по изготовлению снарядов и гранат. Командир Ф. Иванов был назначен в помощь Э.Н. Шексновичу при заведовании флотскими командами, размещенными на дачных местах в оборудованных ими фанзах. И матросы, и офицеры в большинстве продолжали переводиться на пополнение убыли в десантных ротах и на батареях.
В приказе от 26 ноября 1904 г. Р.Н. Вирен в обращении к “дорогим товарищам по отряду” оповещал их о постигшем всех “большом горе и несчастье” — потоплении почти всех судов японскими 11-дм снарядами. Своей вины в этом он, понятно, никакой ие видел и нимало о ней не упоминал. Адмирал не постеснялся своим, как он высокопарно выразился, “дорогим товарищам по отряду” внушить подленькую мыслишку о том, что вся цель их патриотического долга перед отечеством состояла именно в этих перечислявшихся в приказе, погрузо-разгрузочных и окопных (сугубо мускульных — без проблеска интеллекта), словно речь шла о каменном веке, подвигах.
Впрочем, совсем другую правду Р.Н. Вирен припас для начальника укрепленного района генерал-адъютанта A.M. Стесселя. Письмом от 25 ноября адмиралу напоминалось о настояниях генералов о непременном, несмотря ни на что, прорыве флота во Владивосток и о неизбежной его гибели, если он свяжет свою судьбу с обороной Порт-Артура. Сухопутные генералы оказались мудрее, чем блистательный недавний командир “Баяна”.
В ответ Р.Н. Вирен, словно готовя оправдательную речь на грядущем, но, увы, не состоявшемся судебном процессе, обстоятельно повторял все свои не раз уже сообщавшиеся еще Е.И. Алексееву доводы и о полной безнадежности попыток такого прорыва и, наоборот, о крайней полезности реализации всех ресурсов флота и его людей для обороны крепости. ”Всякий флот строится, чтобы сражаться с неприятельским флотом, но чтобы он мог это исполнить, ему необходимы порта-убежища, без которых ни один флот существовать и оперировать не может.
”Суда — не киты, — писал адмирал генералу, — Роль такой базы Порт-Артур выполнить не мог. Это убежище оказалось такой ловушкой для флота, какую мы могли бы пожелать только самому злейшему врагу”. Так яростно (подобное же искусство изворотливости спустя год проявил перед следственной комиссией и З.П. Рожественский) отрекаясь даже от собственной, шесть лет как обживавшейся русскими порт-артурской базы, пытался Р.Н. Вирен отмыться от неотвратимо ложившейся на него каиновой печати. Замечательно, что эти нежданно явившиеся смелые признания о негодности базы (неудобства ее еще в 1898 г. отмечал Ф.В. Дубасов) никак не приводили адмирала к напрашивавшемуся выводу о том, чтобы ради спасения флота от грозящей гибели в осажденной базе и во имя победы в войне на море надо было во что бы то ни стало уходить из Порт-Артура, а не цепляться за его окопы и адмиральские дачи.