Однако и после окончания войны на территории Украины не было спокойствия. Здесь основные сельские районы, особенно глубинка, зачастую контролировались повстанцами-«оуновцами» (организация украинских националистов). Многие местные жители их поддерживали, предоставляя повстанцам, которых насчитывалось до 20 тысяч человек, еду и жилье. Являясь поборниками независимости Украины, повстанцы-бандеровцы громили органы советской власти, убивали активистов. Ситуация была настолько сложной, что, не надеясь на собственные силы, Хрущев направил в декабре 1945 года докладную, в которой сообщал об активизации украинских националистов в Западной Украине в связи с приближением выборов в Верховный Совет СССР и просил помочь войсками Прикарпатского и Львовского военных округов.
В это время Хрущев много внимания уделяет восстановлению промышленного потенциала Украины. В угольной промышленности был взят курс на создание мелких шахт, где разрабатывались верхние пласты. Все это позволяло при незначительных затратах добывать необходимое количество угля. Проводилась большая работа по восстановлению металлургии, машиностроения, легкой промышленности.
В девятом томе «Истории Украинской ССР (1945 — начало 60-х годов), изданном в Киеве в 1985 году, деятельность Никиты Сергеевича Хрущева по-прежнему замалчивается, его имя отсутствует в именном указателе, а на страницах тома можно лишь встретить упоминание, что Хрущев являлся первым секретарем ЦК КП(б)У и Председателем Совнаркома (с марта 1946-го года — Совета Министров) УССР. Между тем, Хрущев после окончания войны с головой уходит в решение сложнейших проблем восстановления народного хозяйства республики. На Украине было сожжено или разрушено 714 городов и поселков городского типа и более 28 тысяч деревень, более 16 тысяч предприятий. Прямой ущерб составлял (по ценам до 1961 года) 285 млрд. рублей.
В августе 1946 года на восьмой сессии Верховного Совета УССР принимается. «Закон о пятилетием плане восстановления и развития народного, хозяйства Украинской ССР на 1946–1950 гг.». Была намечена широкая программа восстановления экономики Украины. Хрущев, верный себе, в это время особенно часто посещал фабрики и заводы, многие из которых вновь строились чуть ли не с «нуля», встречался с людьми, обсуждая с ними самые насущные вопросы жизни.
Послевоенное общество во многом еще продолжало жить по законам военного времени, но в массовом сознании все более явно формировался новый образ жизни, в основе которого — надежда и вера. Надежда на лучшую жизнь подпитывала массовый энтузиазм послевоенного восстановления. Хрущев ощущал это достаточно отчетливо. В 1946 году после встречи с ним писатель Александр Фадеев записал в дневнике: «Его обаяние в цельности народного характера. Ум его тоже народный — широкий и практический И полный юмора. Все это необыкновенно гармонирует с его внешним обликом. И хотя он русский, трудно было найти другого такого руководителя для Украины». Однако над Хрущевым уже сгущались тучи.
Летом 1946 года Украину поразила тяжелая засуха, затронувшая также Молдавию и Поволжье. В городах населению хлеб выдавали по карточкам, а в селе начался голод. Государству надо было сдать 400 млн пудов зерна, однако Украина собрала в 1946 году лишь 200 млн пудов. Хрущев обратился к Сталину с просьбой о помощи. Такая помощь была оказана, что несколько сгладило остроту продовольственного кризиса на Украине. Однако сам Хрущев оказался в опале. Сталин высказал свое неудовольствие тем, что украинское руководство оказалось не на высоте.
В феврале 1947 года ЦК ВКП(б) принимает постановление «Об укреплении партийной и советской работы на Украине». В республику для усиления был направлен Каганович, который 3 марта на пленуме ЦК КП(б) Украины избирается первым секретарем; Хрущев остался на посту Председателя Совета Министров УССР. Конечно, для него это была серьезная пощечина, однако никакого неудовольствия Хрущев не выказывал, прекрасно понимая, что все зависит от Сталина. Впрочем, уже в декабре 1947 года Каганович возвращается в Москву, и Хрущев вновь становится «главным коммунистом» в республике. А пост Председателя Совета Министров занимает Д. Коротченко.
1947 год выдался урожайным. План хлебозаготовок Украина выполнила досрочно. Однако коллективизация на территории Западной Украины сталкивалась с большими трудностями. Здесь преобладали индивидуальные крестьянские хозяйства, а сами селяне отрицательно относились к колхозам. По данным на 1 января 1948 года, в западных областях Украины было коллективизировано чуть больше 10 % хозяйств. Немало проблем было и на территории левобережной Украины.
Считая, что в колхозах необходимо прежде всего укрепить дисциплину, 10 февраля 1948 года Хрущев направляет Сталину и Берии докладную записку (копию). Несмотря на то, что «подавляющее большинство колхозников принимают активное участие в борьбе за быстрый подъем колхозов», говорит Хрущев, «во многих колхозах имеются еще отдельные лица, не желающие приобщаться к общественно-полезному труду. Многие из них разложились, стали на порочный путь еще во время немецкой оккупации и не хотят возвращаться к честному труду. Колхозники резко отрицательно настроены против таких людей, но многие боятся открыто выступать с их разоблачениями, опасаясь мести с их стороны. Был ряд случаев, когда преступные элементы убивали активистов или сжигали их дома и имущество в отместку за разоблачения. Привлечение к ответственности за уклонение от работы (6 месяцев принудительного труда) не помогает. Поэтому следует принять закон, который предоставлял бы общим собраниям колхозников право выносить приговоры о выселении наиболее злостных и неисправимых преступников и паразитических элементов. Предлагаемыми мерами нужно будет пользоваться только в тех селах и колхозах, где действительно есть необходимость обезопасить общество от преступных элементов».
Ответом на это предложение Хрущева стал указ Президиума Верховного Совета СССР от 2 июня 1948 года «О выселении в отдаленные районы лиц, злостно уклоняющихся от трудовой деятельности и ведущих антиобщественный, паразитический образ жизни» под грифом «Не подлежит опубликованию». В этом указе идея Хрущева была законодательно закреплена. Общим собраниям колхозников и общим собраниям крестьян сел и деревень, за исключением западных областей Украины и Белоруссии, было предоставлено такое право.
Незадолго до отзыва Хрущева с Украины во Львове был прямо в своей квартире в ноябре 1949 года зарублен топором известный писатель Ярослав Галан, выступавший против униатской церкви. Узнав об этом, Сталин заявил, что органы безопасности плохо борются с бандитизмом в Западной Украине. Туда была направлена группа сотрудников МГБ из Москвы во главе с генералом П. Судоплатовым. Над Хрущевым нависла угроза очередной опалы, а ведь лишь недавно Сталин вернул его на пост «вождя» Украины. Он прибыл во Львов и взял под личный контроль розыск убийц Галана.
Судоплатов свидетельствует, что Хрущев выдвинул идею ввести для жителей Западной Украины специальные паспорта, а молодежь мобилизовать на работу в шахтах Донбасса и учебу в фабрично-заводских училищах восточной Украины. Он считал, что это лишит пополнений формирования бандеровцев. Судоплатов на это возразил, что подобные шаги лишь вызовут ожесточение местного населения, а молодежь уйдет в леса и вольется в ряды мятежных отрядов «оуновцев». Эти слова Судоплатова вызвали раздражение у Хрущева. Однако в конечном итоге идеи Хрущева были похоронены. Более удачным оказался шаг, предпринятый в конце 1949 года: всем, кто добровольно сдаст оружие, объявлялась амнистия. Уже в первую неделю 1950 года оружие сдали 8 тысяч человек. Тогда же выяснилось, что более половины из них составляли молодые люди от пятнадцати до двадцати лет, которые бежали в лес, прослышав о том, что их будут в принудительном порядке отправлять на донбасские шахты.
И все же в непростых условиях послевоенного времени Хрущев сумел немало сделать для восстановления народного хозяйства, налаживания нормальной жизни населения. Он часто встречался и беседовал с людьми, старался ответить на волнующие их вопросы. Немало приходилось ему заниматься проблемами молодежи. Тогда секретарем ЦК ЛКСМ Украины был В. Семичастный. Позднее он вспоминал, как однажды пришел к Хрущеву с докладной запиской. Тот стал ее читать и пункт за пунктом вычеркивал. Потом посмотрел на Семичастного и говорит:
