С.Палій підтримував стосунки не лише з королем, а й з іншими представниками панівних кіл Речі Посполитої. З 1693 p. у Вільні, при дворі литовського воєводи Казимира Сапєги, був "акцентований" представник фастівського полковника. Тісними були контакти козацького керівника із мінським воєводою К.Завішею. Коли той у лютому 1695 р. прибув до Фастова, то "був прийнятий і трактований мило". Особливі відносини склалися в Палія з коронним підстолієм Ю.Любомирським, адже військові підрозділи підстолія досить часто брали участь у спільних козацько-польських операціях проти татар. Український полковник переписувався з белзьким воєводою А.Синявським, овруцьким старостою Ф.Потоцьким та магнатом Ф.Замойським. "Проста мова козацька не має бути доводом проти осіб гідних", - так говорили польські урядовці, які не підтримували зв'язків своїх колег із С.Палієм. Листуючись з окремими представниками урядових кіл Речі Посполитої, полковник Палій мав змогу аналізувати внутрішньополітичну ситуацію, яка складалася в Польсько-Литовській державі, прогнозувати розвиток подій, що могли вплинути на ставлення панівних кіл Польщі до козацького устрою Правобережної України.

Смерть Яна ІІІ Собеського і період безкоролів'я розділили політичну еліту Речі Посполитої на два табори, які підтримували різних кандидатів на вакантний престол. У цей час прихильники саксонського курфюрста Августа звинувачували Палія в тому, що він підтримує французького принца Конті, який також претендував на польський трон. Однак після елекційних урочистостей Августа II український полковник визнає його владу (спочатку його стосунки з новим королем були досить напруженими). У січні 1698 р. польський монарх звертався до Палія: "...Ти наче вдаєш, що нас не розумієш... мусиш виконувати обов'язки і права публічні". Полковник, зважаючи на невдоволення короля його неувагою до найвищої влади Польщі, в травні того ж року вислав до Варшави татарських полонених, а в листопаді - "відібраний цікавий документ" про плани кримського хана. Саме тому Август II Сильний невдовзі надіслав до Фастова свою корогву з королівським гербом. Не забуває правобережний полковник і про налагодження взаємин із великим коронним гетьманом, який після сеймових постанов 1697 р. активізував діяльність своїх військ на Київщині.

Медаль польського короля Августа II. 1699 p.

Прислухавшись до вимог козацького посольства, яке перебувало у Варшаві наприкінці літа 1698 р., Август II повідомляв С.Палію: "... консистенція, що належить для твоїх молодців буде надана". Але вже у наступному році ситуація в польсько-українських відносинах докорінно змінюється. Вальний сейм 1699 p. ухвалює постанову про заборону утримання "козацької міліції" - саме так українські козацькі полки трактувалися польськими політиками. Хоча невеликі регіменти правобережних полків запрошувалися для проведення окремих воєнних операцій польської армії й після сеймового рішення. Влітку 1700 p. невеликий загін української кінноти брав участь в облозі коронними військами Риги. І знову, як і в попередні роки, козаки скаржилися на те, що від Августа II "плати зовсім немає".

Розв'язання "турецької проблеми" та рішення пацифікаційного сейму змінюють політику правобережного козацтва щодо урядових кіл Польщі. Отримавши звістку про сеймову ухвалу, старшина збирає раду у Фастові, після якої до Варшави відправляється лист за підписом "Семена Палія полковника Війська В.К.М. Запорозького, сотників, отаманів і черні". У посланні до короля Августа II Сильного від 15 серпня 1699 р. козацтво скаржилося на те, що його витісняють за допомогою військової сили з повторно колонізованих земель. Для контролю за виконанням цих вимог до королівської резиденції вирушило посольство на чолі з полковником З.Іскрою. Рішення польської ради сенату про наділення "демобілізованого" козацтва визначеними коронним урядом вільними землями задовольнило тільки певну частину правобережців. С.Палій у листі до короля від 22 серпня 1700 р. рішуче не погодився з такими постановами польської верховної влади. Перед тим він уклав тимчасове перемир'я з регіментарем Б.Вільгою, який розпочав виконувати сеймову конституцію про знищення українського козацтва на Правобережжі.

Звернення правобережної старшини до московського царя і лівобережного гетьмана про політичну та військову допомогу не мали успіху, тож восени 1700 р. С.Палій домовляється з коронним гетьманом С.Яблоновським про припинення обопільних воєнних дій. Але невдовзі дипломатичні заходи Палія та інших полковників правобережного Війська Запорозького щодо примирення з урядовими колами Польщі перестають діяти. Настійливі прохання правобережної старшини до гетьмана Мазепи про приєднання їхніх полків до Лівобережної Гетьманщини, зважаючи на міжнародну ситуацію, закінчуються безрезультатно. У 1701 р. польська коронна армія розпочала широкий наступ на козацьку державність Правобережної України, а С.Палій припиняє будь-які політичні відносини з королем та його підопічним, оголосивши свої володіння "вільною козацькою областю". На землях Київщини, у східних районах Поділля та Волині влітку 1702 р. разпочалося всенародне повстання проти влади Речі Посполитої, яке сучасники порівнювали з революційними подіями середини XVII ст. й називали "другою Хмельниччиною". С.Палій та інші правобережні полковники відмовилися від протекції польського монарха й заявили про присягу "найпотужнішому Пану Царю Московському і Вельможному Й.М. Пану Гетьманові Мазепі".

Повстання в Правобережній Україні швидко охопило не тільки Київщину, а й східні частини Поділля і Волині. З вересня 1702 р. козаки під керівництвом С.Палія облягали головну польську фортецю Правобережжя - Білу Церкву. Тільки 10 листопада місто вдалося відбити у польської залоги, і полковник Палій переніс сюди свою резиденцію з Фастова. Інші козацькі полки під командуванням Самуся та А.Аба-зина оволоділи Немировом, Бердичевом, Баром, Бушею, Рашковом, Старокостянтиновом та іншими містами. Весною 1704 р. влада козацької старшини поширилася майже на все Правобережжя.

Однак цей виступ був жорстоко придушений спільними польсько-російськими зусиллями, а Палія, який не припиняв воєнних дій проти Польщі, було заарештовано лівобережним гетьманом І.Мазепою, який мав виконувати угоду, укладену між російським царем та польським королем. Цей вчинок гетьмана був продиктований також імовірністю зайняття Правобережної України військом Лівобережної Гетьманщини і об'єднання їх в єдину Гетьманську Україну.

Майже рік перебував славетний козацький полковник у батуринській в'язниці. У 1705 р. за наказом Петра І його було відправлено на заслання до сибірського містечка Тобольськ. Але коли І. Мазепа у 1708 р. виступив проти Москви, то Палія, знову ж таки за особистим наказом царя, повернули з далекого Сибіру. Він ще бере участь на боці російських військ у сумнозвісній Полтавській битві 1709 р., однак підірване в засланні здоров'я дається взнаки. Тим не менше, повернувшись до Фастова, де мешкала його друга дружина Феодосія, він знову займає уряд полковника і продовжує боротьбу з польською шляхтою за право володіти Правобережною Україною. Лише смерть перервала багаторічні намагання Семена Палія звільнити правобережних українців від польської влади та об'єднати Україну. У січні 1710 р. його з почестями поховали на території старовинного Межигірського монастиря під Києвом.

Головною історичною заслугою Семена Палія є відродження в останніх десятиліттях XVII - на початку XVIII ст. Правобережної Гетьманщини, де козацька старшина під його вмілим керівництвом відновлювала і зміцнювала традиційні форми місцевої української адміністрації періоду Визвольної війни.