Однак у битві на р.Прут біля с.Тобак (30 грудня 1683 - 4 січня 1684 pp.) підрозділи С.Куницького зазнали поразки. Невдоволені діями гетьмана, які призвели до загибелі значної кількості людей, козаки на раді під Могилевом (початок березня 1684 р.) переобрали свого керівника й поставили на гетьманство полковника А.Могилу, а самого Куницького вбили, коли він, перевдягнувшись у чернечий одяг, намагався втікти з місця проведення ради. Попри такий трагічний кінець, роки гетьманування С.Куницького характеризувалися поступовим відродженням козацького устрою Правобережної України, що знову ставав головним чинником суспільно-політичних рухів у регіоні.
Наприкінці квітня 1684 р. новообраний гетьман Могила вирушив на допомогу молдавському господарю Ш.Петричейку, але під м.Студениця (Поділля) його полки були вщент розбиті. І.Самойлович на основі донесень, які надходили до нього від правобережної агентури, так описував події під Студеницею: "... їх (полки Могили - авт.) усіх з містечка в поле турки кам'янецькі з татарами і черемисами виманили і до кілька тисяч витяли; тільки Могиленко з 30 чи більше людьми... прийшов живо до Немирова". Свідчення лівобережного гетьмана слід вважати дещо перебільшеними, адже незабаром із правого берега Дніпра до Самойловича перейшло ще 4 тис. козаків.
Улітку 1684 р. Ян III Собеський намагався остаточно перекрити шляхи постачання турками Кам'янецької фортеці. На військовій нараді було вирішено переправитися через Дністер і відвоювати "ключ Поділля" - м.Язловець. Гетьман Могила попрямував до південно-східних рубежів України. Керувати в Немирові він залишив димерського полковника Мирона. Підрозділи Могили з'єдналися з королівськими військами наприкінці серпня й стали табором біля с.Малинів неподалік від Жванця. Згодом козацькі полки вміло обороняли переправу через Дністер. Загальні підсумки кампанії, однак, були невтішними. Після того, як вода знесла невдало побудований поляками міст, козаки повернулися до Немирова. В подальшому козацьке військо Могили неодноразово брало участь у боях з турками на Поділлі. Гетьман регулярно висилає королеві полонених, у грудні його козаки відзначаються в битві з "ворогом християнства" під Цецорою. "По градах біля Кам'янця, турків вигнавши, своїми військами козацькими гради обложив", - так оцінював даний період діяльності правобережного гетьмана козацький літописець Г.Грабянка.
Ян ІІІ Собеський не полишав своїх планів завоювання Молдавії. Восени 1685 р. відбувся воєнний похід на чолі з коронним гетьманом С.Яблоновським, що мав на меті підкорення дунайського князівства. Активну участь у ньому взяли підрозділи українського козацтва, які, за свідченнями багатьох джерел, відзначились у битвах під Боянами, Городенками, Гулівцями, Зіньковом, Ляхівцями, Полонним, Троянами та Язловцем.
У квітні-травні 1686 р. в Правобережній Україні зі спеціальною місією перебував папський нунцій Ф.Бонесана. Запевнивши українців у підтримці (як моральній, так і матеріальній) з боку Інокентія XI, нунцій отримав лист-відповідь від гетьмана А.Могили, старшини і "всього Війська Запорозького" до папи. У ньому, зокрема, говорилося: "Підемо на ворогів хреста святого радісно.., щоб могли бачити у стін християнських всіх володарів та своїх власних ворогів упокорених". Зрозуміло, що під "ворогами" тут розумілися насамперед турки і татари.
Маємо відомості, що наприкінці літа 1686 р. полки Могили взяли участь у бойових операціях польської армії, спрямованих на оволодіння Кам'янецькою фортецею. Після десятиденного артилерійського обстрілу турецьких позицій польсько-українським силам довелося відступити. За наказом королевича Якуба гетьман А.Могила разом із полком С.Палія залишився на Поділлі воювати з окремими турецько-татарськими загонами. Тут вони розбили загін Батир-Аги і 10 полонених відіслали в подарунок королю.
Взимку 1688 р. А.Могила запрошує до своєї резиденції полковника Палія. Разом вони готували спільну операцію по захопленню колишнього "турецького" гетьмана Я.Драгинича, який "промишляв" біля південних кордонів Правобережної України.
Серпнем того ж року датується один цікавий документ - лист московського царя Петра І до польського короля "про заборону польському підданому Андрію Могилі ('Мигулі} писатися запорозьким гетьманом". Могила привертає до себе увагу московської влади, а також лівобережного гетьмана І.Мазепи тим, що пише листи на Запорозьку Січ до кошового отамана Г.Сагайдачного, в яких запрошує запорожців до себе на службу. Один із таких листів був перехоплений і потрапив до Мазепи. Останній відразу переправив його до Москви, чим викликав небачений гнів запорозького товариства. Наслідок був протилежний бажанням царя й лівобережного гетьмана, і, незважаючи на великі заслони, що були виставлені І.Мазепою по Дніпру, багато запорожців перейшло на службу до А.Могили, який і надалі йменувався "гетьманом Війська Й.К.М. Запорозького".
Щодо дати смерті А.Могили, то її не вдалося встановити. Б.Крупницький, керуючись кореспонденціями німецьких "летючих листків", стверджує, що гетьман помер наприкінці грудня 1688 p. Інші автори говорять про січень-лютий 1689 p.
Після смерті Могили правобережна старшина не змогла скликати загальну козацьку раду. Нез'ясованою залишається позиція в цьому питанні фастівського полковника С.Палія, котрий був "неофіційним" лідером козаків і міг претендувати на роль вибраного чи призначеного гетьмана. Відомо, що Палій був рішуче настроєний проти кандидатури на гетьманство полковника Гришка, яка, одначе, задовольняла польського короля. У квітні 1689 р. Ян III Собеський виступив на варшавському сеймі з пропозицією "... що з козаками робити, і якщо їм дати гетьмана". Королівським універсалом від 4 травня наказним гетьманом над правобережним козацтвом був проголошений полковник Гришко (інколи він підписувався як Гришко Іванович). Король також запевнив Гришка, що коронний гетьман С.Яблоновський незабаром видасть йому козацькі клейноди.
Гришко, керуючи правобережними полками, продовжував політику свого попередника. У липні 1689 р. він разом із комісаром С.Дружкевичем був на "виправі" проти турків під Сороками. Про успішні дії козаків Гришка проти турецько-татарської загрози неодноразово повідомляли італійські "летючі листки".
Водночас нової сили набуває конфлікт між гетьманською владою та С.Палієм, який розпочався ще за часів А.Могили. У період гетьманування Гришка він дістав нового забарвлення у зв'язку із зростаючим військовим та політичним потенціалом Палія. Однією з причин перебування фастівського полковника в польській в'язниці (жовтень 1689-квітень 1690 pp.) стало самовільне розташування ним своїх козаків "там, де мали стояти Гришковї".
За гетьманування Гришка триває "споконвічний" козацько-шляхетський конфлікт, який був відлунням українсько-польського протистояння в попередні роки. 29 листопада 1689 о. Ян III видав універсал "до наказного гетьмана, старшини всієї черні Війська Запорозького", щоб вони не "свавільничали" на землях Хмельницького старости Потоцького. Неодноразово звертався до Гришка й гетьман С.Яблоновський з вимогою не "чіпати добр панів Єльців". У свою чергу, правобережні козаки скаржилися королю на немирівського коменданта, "що втручається у їхні справи". Наприкінці року Гришко на чолі посольства разом із делегатами від Запорожжя вирушив до королівської резиденції. Старшина вимагала надати їм додаткову територію для розташування своїх полків на лівому березі Бугу. Сам король схилявся до позитивного розв'язання козацьких проблем. Була скликана комісія, на якій представники польської шляхти, враховуючи власні інтереси, запропонували українцям лише невеличку територію поблизу Ягорлика. Українське посольство не погодилося на цю пропозицію. На наступних засіданнях комісії якогось компромісного рішення вироблено не було. У жовтні 1690 р. підрозділи Гришка прислали королеві "язика татарського під Очаковим взятого". Сеймові рахунки коронного скарбу свідчили про те, що протягом осені-зими Гришко ще кілька разів присилав "язиків" до Варшави, а також особисто приїжджав до короля в справі функціонування козацької організації Правобережної України. Ян ІІІ неодноразово відзначав його вміле керівництво: "... відвагу рицарську в землі Білогородській показали, даємо добро на подальші акції".
