В эти критические дни Герасимов продемонстрировал более широкое понимание своей роли в государственной системе власти, нежели исполнение полицейско-шпионских функций. Он провел совещание руководства столицы с командующими войсками и таким образом предохранил Санкт-Петербург от рабочего восстания, которое вспыхнуло в декабре 1905 года в Москве и было жестоко подавлено. Шеф Охраны проявил дальновидность и даже мужество и настоял на разгоне Совета рабочих Депутатов и задержании его членов, включая Троцкого, хотя Дурново и другие высшие должностные лица выступали против этого. Но предпринятые меры коснулись только столицы, которая и избежала потрясений в последний месяц революции 1905 года. А практически по всей России прошли восстания. За Москвой последовали волнения в Харькове, Донбассе, Прибалтике, на Кавказе и в Сибири. Все они были безжалостно подавлены.
Между тем манифест царя породил своего рода кризис в среде эсеров. В своем большинстве центральный комитет считал, что манифест делает терроризм ненужным и следует легализовать партию и принять участие в выборах в Думу. Но Савинков возражал против отказа от терроризма и видел в нем единственный путь для свержения автократии. Азеф остался в стороне от этого спора — возможно, уже почувствовал себя неуютно в своей двурушнической роли (он недавно подвергся нападению со стороны горилл Рачковского из его департамента полиции, нападение было скорее преднамеренным, чем случайным); В результате «боевую организацию» на некоторое время фактически распустили. Но жестокие репрессии после восстаний 1905 года заставили эсеров и других революционеров опять уйти в подполье. И центральный комитет социалистов-революционеров был вынужден стряхнуть с терроризма нафталин и на заседании в Финляндии в январе 1906 года принял решение восстановить «боевую организацию».
Вскоре после этого снова продолжилось активное Сотрудничество Герасимова с Азефом. Последний, со своей стороны, с удовольствием возобновил работу с офицером безопасности такого высокого калибра. В соответствии с вновь сформулированной политикой Охраны Азеф «официально» выдавал полиции разного рода подпольные объекты — фабрики взрывчатых веществ, типографские станки, а также мелкотравчатых террористов. Но о работе Центрального Комитета партии эсеров и его «боевой организации» Азеф докладывал лично Герасимову. Такой расклад устраивал и агента, и контролера.
С мая 1906 года возник еще один перерыв в деятельности «боевой организации» — Центральный Комитет партии эсеров по случаю начала работы Думы счел необходимым Отказаться от широкомасштабного террора. Тогда Азеф предложил Савинкову отправиться в Севастополь, дабы этот знаменитый террорист не растерял свою профессиональную квалификацию и ликвидировал одного адмирала, который жестоко подавил мятеж моряков в 1905 году: На самом деле цель Азефа заключалась в том, чтобы заслать Савинкова подальше от столицы и выдать его Охране. Но получилось так, что адмирала убили местные экстремисты еще до прибытия Савинкова. Тем не менее его арестовали и определили в городскую тюрьму. Дело кончилось тем, что члены «боевой организации», совершив диверсионно-десантную операцию, освободили Савинкова и тот бежал в Румынию.
Азефу, однако, удалось реабилитироваться перед Герасимовым другими достижениями. Он сумел предотвратить несколько террористических вылазок эсеров, не слишком охотно выполняющих предписание своего Центрального Комитета о прекращении огня. Так, был расстроен заговор с целью убийства Дурново, пресечено несколько попыток ликвидации московского генерал-губернатора и других высокопоставленных представителей власти.
В июле 1906 года на авансцену политической жизни России выходит Столыпин, новый премьер-министр. Этот сильный государственный деятель сразу привлек к себе внимание «боевой организации», и она наметила его в качестве жертвы, но премьер пережил эту организацию на несколько лет в немалой степени благодаря успешному сотрудничеству Герасимова и Азефа. Тем не менее в 1905–1907 годах от рук террористов погибли сотни чиновников режима более низкого ранга. В ответ в 1906–1907 годах военно-полевые суды обрекли на смертную казнь, по крайней мере, тысячу экстремистов, большинство из которых были расстреляны или повешены в течение двадцати четырех часов после приговора. А за период 1907–1909 годов военные трибуналы продолжили борьбу с террористами; не менее пяти тысяч из них было осуждено на смерть еще больше отправлено в тюрьмы и ссылку.
Одну из наиболее трудных проблем как для Герасимова, так и для Азефа создавало появление все новых и новых скопищ неопытных, но крайне фанатичных эсеров, которые с презрением отвергали осторожную тактику полупрофессиональной «боевой организации» и совершали террористические акты, ни с кем не считаясь. Ярким примером тому служат так называемые максималисты, небольшая самостоятельно действующая группа, которая в августе 1906 года разнесла в пух и прах загородную виллу Столыпина, перебила друг друга, искалечила на всю жизнь двоих детей премьера, но не смогла даже ранить его самого. Азефа сильно раздосадовало это непродуманное покушение не только по причине возможного отрицательного влияния этой акции на его сотрудничество с Герасимовым. Была задета его честь как шефа «боевой организации». И он пошел на непривычный шаг — предложил Центральному Комитету партии эсеров осудить покушение максималистов. Как ни странно, комитет согласился на это.
К осени 1906 года в результате деятельности военно-полевых судов, сотрудничества Герасимова с Азефом и использования Охраной «задир» значительно снизилась террористическая активность и очень сильно упала мораль «боевой организации» и даже некоторых фанатически настроенных экстремистских групп. Эта проблема стала основной. темой обсуждения на заседании центрального комитета партии эсеров, которое проходило в Финляндии в октябре 1906 года. Азеф и Савинков говорили о том, что Охрана усовершенствовала превентивную деятельность и теперь «боевая организация» нуждается в новой тактике, новых методах и средствах, — предлагалось, в частности, использовать мины, которые успешно применялись в террористической деятельности в Западной Европе. Заседание прошло в острой полемике, и достичь согласия не удалось. Преследуя каждый собственные цели, Азеф и Савинков вышли из «боевой организации», террористическими актами стали заниматься три отколовшиеся группы.
Эти группы экстремистов нанесли удар в январе 1907 года. В качестве главной жертвы они избрали коменданта Санкт-Петербурга Владимира фон дер Лayница, который, будучи генерал-губернатором Тамбова, в 1905 году жестоко подавил восстание крестьян. В том же месяце погибли три других офицера высокого ранга, но Столыпин — главная мишень для террористов-эсеров — остался цел и невредим. Заслуга в этом принадлежит Герасимову. Тайный агент полиции — не Азеф — уведомил его о плане убить фон дер Лауница и Столыпина во время правительственной церемонии. Герасимов посоветовал обоим деятелям воздержаться от участия в ней. Этим советом воспользовался один Столыпин. Фон дер Лауниц, недолюбливавший Герасимова, не принял во внимание рекомендации Охраны. Террористы, совершившие это убийство, были схвачены почти немедленно. Их выдал теперь уже Азеф. Чтобы не раскрыть его, экстремистов казнили под взятыми ими псевдонимами.
После этого Азеф решил передохнуть от чересчур нервной работы и отправился в Европу. В Германии он встретился с человеком, который разрабатывал конструкцию летательного аппарата. У террориста тут же родилась мысль использовать аэроплан при покушении на царя. Но идея не была воплощена в жизнь, хотя она, вероятно, всерьез занимала Азефа, поскольку среди бумаг, оставшихся после его смерти, оказались копии чертежей летательного аппарата.
Он возвратился в Россию как раз вовремя, чтобы принять участие в очередном заседании Центрального Комитета партии эсеров, проходившем в феврале 1907 года. На этой сессии чествовали Гершуни, который только что закончил свою одиссею, совершив побег из Сибири через Японию и Соединенные Штаты. Находясь в Америке, он собрал массу пожертвований для революционной борьбы. На заседании состоялось также обсуждение планов «боевой организации» по убийству царя, Столыпина и великого князя Николая, именно в такой очередности. Поскольку террористическая деятельность постоянно дробилась из-за фанатичной нетерпимости горячих голов, а также по причине недовольства отдельных членов «боевой организации» ее недостаточной — благодаря Азефу — активностью, появилось несколько планов устранения императора. Но, поскольку Азеф представлял собой последнюю контролирующую инстанцию, ни один из этих планов нельзя было осуществить без его одобрения.
