Двадцати девяти лет от роду он стал командиром только что выстроенного тогда (в 1832 году) фрегата «Паллада», а в 1836 году командиром «Силистрии» и, спустя несколько месяцев, произведен в капитаны 1-го ранга. «Силистрия» плавала в Черном море, и корабль выполнил за девять лет своего плавания под флагом Нахимова ряд трудных и ответственных поручений.

Лазарев безгранично доверял своему ученику. В 1845 году Нахимов был произведен в контр-адмиралы, и Лазарев сделал его командиром 1-й бригады 4-й флотской дивизии. Его моральное влияние на весь Черноморский флот было в эти годы так огромно, что могло сравниться с влиянием самого Лазарева. Дни и ночи он отдавал службе: то выходил в море, то стоял на Графской пристани в Севастополе, зорко осматривая все входящие в гавань и выходящие из гавани суда. По единодушным записям очевидцев и современников, от него решительно ничто не ускользало, и его замечаний и выговоров страшились все, начиная с матросов и кончая седыми адмиралами, которым Нахимов вовсе не имел ни малейшего права делать замечания по той простой причине, что они были чином выше его. Но Нахимов этим обстоятельством решительно никогда не затруднялся. На пристани, на море была его служба, там же были и все его удовольствия. Денег у него водилось всегда очень мало, потому что каждый лишний рубль он отдавал матросам и их семьям, а лишними рублями у него назывались те, которые оставались после оплаты квартиры в Севастополе и расходов на стол, тоже не очень отличавшийся от боцманского.

На службу в мирное время он смотрел только как на подготовку к войне, к бою, к тому моменту, когда человек должен полностью проявить все свои моральные силы. Еще во время кругосветного плавания лейтенант Нахимов однажды чуть не погиб, спасая упавшего в море матроса; в 1842 году командир «Силистрии» Нахимов бросился без всякой нужды в самое опасное место, когда на «Силистрию» наскочил корабль «Адрианополь». А когда офицеры недоумевали, зачем он так дразнит судьбу, Нахимов отвечал: «В мирное время такие случаи редки, и командир должен ими воспользоваться. Команда должна видеть присутствие духа в своем командире: ведь, может быть, мне придется идти с ней в сражение».

Ведя себя так и высказывая такие мысли, Нахимов шел по стопам своего учителя и начальника Михаила Петровича Лазарева, главного командира Черноморского флота.

М. П. Лазарев создал в морском ведомстве того времени свою особую школу, свою традицию, свое направление, ровно ничего общего не имевшие с господствовавшим в остальном флоте, и его ученики — Корнилов, Нахимов, Истомин — продолжили и упрочили эту традицию. Лазарев требовал от своих офицеров моральной высоты, о которой николаевский командный состав в своей массе никогда и не помышлял. Он требовал такого обращения с матросами, которое готовило бы из них дееспособных воинов, а не игрушечных солдатиков для забавы «высочайших» лиц на смотрах и парадах: телесное наказание, царившее тогда во всех флотах (и додержавшееся в английском флоте до мировой войны), не было отменено и лазаревской школой, но оно стало на черноморских судах редкостью. Внешнее чинопочитание было на судах, управляемых лазаревскими учениками, сведено к минимуму; и сухопутные офицеры в Севастополе жаловались, что адмирал Нахимов разрушает дисциплину. Лазарев, Нахимов, Корнилов воспитывали в матросах сознательную любовь к России и успели воспитать желание и умение бороться за нее, защищать ее.

Но и в этой лазаревской школе моряков Нахимов занял особое место. Был он необыкновенный добряк по натуре — это во-первых; а во-вторых, как уже сказано, он был в полном смысле слова фанатиком морской службы: он не имел ни в молодости, ни в зрелом возрасте семьи, не имел «сухопутных» друзей, не имел никаких привязанностей, кроме как на кораблях и около кораблей, потому что для него Севастополь, Петербург, Лондон, Архангельск, Рио-де-Жанейро, Сан-Франциско, Сухум-Кале были не города, а лишь якорные стоянки. Все эти его свойства сделали то, что на матросов он стал смотреть как на свою единственную, правда большую, семью.

Когда он, начальник порта, адмирал, командир больших эскадр, выходил на Графскую пристань в Севастополе, там происходили любопытные сцены, одну из которых со слов очевидца, князя Путятина, передает лейтенант П. П. Белавенец. Утром Нахимов приходит на пристань. Там, сняв шапки, уже ожидают адмирала старики, отставные матросы, женщины и дети — все обитатели Южной бухты из севастопольской матросской слободки. Увидев своего любимца, эта ватага мигом, безбоязненно, но с глубочайшим почтением окружает его, и, перебивая друг друга, все разом обращаются к нему с просьбами… «Постойте, постойте-с, — говорит адмирал, — всем разом можно только “ура” кричать, а не просьбы высказывать. Я ничего не пойму-с. Старик, надень шапку и говори, что тебе надо».

Старый матрос, на деревянной ноге и с костылями в руке, привел с собой двух маленьких девочек, своих внучек, и прошамкал, что он с малютками одинок, хата его продырявилась, а починить некому. Нахимов обращается к адъютанту: «…Прислать к Позднякову двух плотников, пусть они ему помогают». Старик, которого Нахимов вдруг назвал по фамилии, спрашивает: «А вы, наш милостивец, разве меня помните?» — «Как не помнить лучшего маляра и плясуна на корабле “Три святителя”…» «А тебе что надо?» — обращается Нахимов к старухе. Оказывается, она, вдова мастера из рабочего экипажа, голодает. «Дать ей пять рублей!» — «Денег нет, Павел Степанович!» — отвечает адъютант, заведовавший деньгами, бельем и всем хозяйством Нахимова. «Как денег нет? Отчего нет-с?» — «Да все уже прожиты и розданы!» — «Ну, дайте пока из своих». Но у адъютанта тоже нет таких денег. Пять рублей, да еще в провинции, были тогда очень крупной суммой. Тогда Нахимов обращается к мичманам и офицерам, подошедшим к окружающей его толпе: «Господа, дайте мне кто-нибудь взаймы пять рублей!» И старуха получает ассигнованную ей сумму. Нахимов брал в долг в счет своего жалованья за будущий месяц и раздавал направо и налево. Этой его манерой иногда и злоупотребляли. Но, по воззрениям Нахимова, всякий матрос уже в силу своего звания имел право на его кошелек.

Нахимов настойчиво старался внушить подчиненным ему офицерам те идеи, которыми сам он был одушевлен и которые не походили на общепринятые тогда в этой среде воззрения. «Мало того что служба представится нам в другом виде, — говорил Нахимов, — да сами-то мы совсем другое значение получим на службе, когда будем знать, как на кого нужно действовать. Нельзя принять поголовно одинаковую манеру со всеми. Подобное однообразие в действиях начальника показывает, что нет у него ничего общего со своими подчиненными и что он совершенно не понимает своих соотечественников. А это очень важно. Офицеры, глубоко презирающие сближение со своими соотечественниками — простолюдинами, не найдут должного тона. А вы думаете, что матрос не заметит этого? Заметит лучше, чем наш брат! Мы говорить умеем лучше, чем замечать, а последнее уже их дело. А каково пойдет служба, когда все подчиненные будут наверно знать, что начальники их не любят и презирают их? Вот настоящая причина, что на многих судах ничего не выходит и что некоторые молодые начальники одним только страхом хотят действовать. Страх подчас хорошее дело, да согласитесь, что не натуральная вещь — несколько лет работать напропалую ради страха. Необходимо поощрение сочувствием; нужна любовь к своему делу-с, тогда с нашим лихим народом можно такие дела делать, что просто чудо. Удивляют меня многие молодые офицеры: от русских отстали, к французам не пристали, на англичан также не похожи; своих презирают, чужому завидуют, своих выгод совершенно не понимают. Это никуда не годится!»

Для Нахимова не подлежало сомнению, что классовое чванство офицеров — гибельное дело для службы, и он это открыто высказывал: «Пора нам перестать считать себя помещиками, а матросов крепостными людьми!» И снова и снова он повторяет свою излюбленную мысль: