Ее постоянные советники — император и король Испании Карл, основная опора Марии во времена гонений, и его посол Ренар уговаривали королеву быть более гибкой и не торопиться с преобразованиями. Ведь Англия была протестантской уже в течение двух десятилетий, и выросло целое поколение, воспитанное в реформированной вере. При восшествии Марии на престол легитимизм англичан возобладал над их религиозным пылом, они признали королевой ту, которая имела законные права на корону. Но будет ли так всегда? Особенно опасными казались Карлу планы кузины вернуть церкви земли, конфискованные при ее отце и переданные новым владельцам. Это затронуло бы интересы тысяч дворян, аристократов, богатых горожан и могло вызвать взрыв. Мария, однако, была глуха к доводам рассудка. Неуступчивая, несгибаемая, фанатичная, она не была создана политиком.

С первых дней правления королева повела с Карлом переговоры о своем браке, ибо не мыслила династического союза ни с одной страной, кроме Испании, и избрала себе в супруги Филиппа, сына короля Карла, — ревностного католика, снискавшего себе впоследствии славу самой одиозной и мрачной фигуры в европейской истории этого времени, маниакально-одержимого гонителя протестантов. В отличие от королевы ее совет вовсе не был так уверен в целесообразности англо-испанского союза, опасаясь, что Англия превратится в придаток огромной империи Габсбургов и будет вовлечена в разорительную войну с Францией. Еще меньше его поддерживали подданные, ожидавшие от этого брака нашествия кичливых испанцев, которые станут распоряжаться в их стране. В результате всплеска национально-патриотических чувств, помноженных на опасения протестантов, в январе 1554 года дворянин из Кента Томас Уайатт поднял восстание под антииспанскими лозунгами. Его быстро подавили, но в ходе следствия выяснилось, что мятежники имели сношения с послом Франции и, возможно, с принцессой Елизаветой, которую прочили на престол в случае победы (в сумке гонца, посланного Уайаттом, нашли копию ее письма к де Ноалю). Расследование еще не закончилось, а канцлер королевства епископ Винчестерский Гардинер и испанский посол в один голос потребовали от Марии казнить Елизавету, ибо «эта протестантка опасна и исполнена духа неповиновения» и всегда будет знаменем всех мятежных антикатолических сил.

22 февраля Елизавету привезли в Лондон. На следующий день, в Вербное воскресенье, когда верующие праздновали вступление Христа в Иерусалим, она проделала скорбный путь в Тауэр. Ее отвезли туда по реке, опасаясь, что в Лондоне возбужденная видом принцессы толпа может прийти ей на помощь, и высадили у ворот, которые позднее стали называть «Ворота изменников». Многие входили через них в крепость, чтобы уже никогда не вернуться. Когда-то эти ворота захлопнулись и за ее матерью. Двадцатилетняя принцесса была абсолютно уверена, что видит солнце в последний раз.

Впрочем, солнца не было, день был пасмурным. Выйдя из лодки, Елизавета в изнеможении присела на осклизлый камень у ворот, оттягивая момент, когда они закроются за ней. Комендант Тауэра заботливо предупредил ее, что нехорошо сидеть на холодном мокром камне, и она с печальной улыбкой заметила, что это лучше, чем сидеть в каменном мешке. Никогда она не рассчитывала вступить в Тауэр — древнюю цитадель английских королей — столь бесславно.

Елизавета была не единственной узницей крепости в это время. В одной из башен находились в заключении братья Дадли — сыновья Нортумберленда, среди которых был и друг ее детства Роберт. Принцесса провела три долгих месяца в башне с колокольней, прогуливаясь изредка во внутреннем дворике. Она безуспешно умоляла о встрече с королевой, ее «доброй сестрой», желая доказать свою невиновность, но получала неизменный отказ. Ей не давали ни чернил, ни бумаги, чтобы написать разъяренной сестре. Елизавета предалась мрачному отчаянию. Позднее она признавалась, что не сомневалась в скорой смерти и лишь хотела просить Марию, чтобы в виде особой милости ее, как и ее мать, обезглавили не грубой секирой, а мечом, на французский манер.

Но даже в Тауэре она встречала знаки искренней симпатии. Говорили, что йомены-стражники преклоняли перед ней колени и шептали: «Господь спаси вашу милость», а маленький мальчик, сын одного из стражей Тауэра, носил молодой узнице цветы. В самом Лондоне сочувствие к обреченной принцессе росло день ото дня, ее считали невинной мученицей за протестантскую веру.

Летом 1554 года в Англию должен был прибыть Филипп — будущий супруг Марии. Готовясь к венчанию, королева пребывала в радостно-возбужденном состоянии. 19 мая Елизавету выпустили из Тауэра, очевидно, чтобы разрядить обстановку и избежать нового всплеска антииспанских настроений. Не последнюю роль сыграли и предсмертные слова Томаса Уайатта, поклявшегося перед казнью, что «миледи Елизавета никогда не знала ни о заговоре, ни о моем восстании».

Когда королевская баржа с Елизаветой отошла от Тауэра и повезла ее вниз по реке по направлению к королевскому дворцу в Ричмонде, прослышавшие об этом лондонцы шумно возрадовались, а из Стил-Ярда — торговой резиденции ганзейских купцов, которые были протестантами, раздался салют в ее честь. По всему ее пути на берега реки высыпали люди, чтобы посмотреть на принцессу Елизавету и поздравить ее с чудесным избавлением. Сердобольные хозяйки приносили цветы и провизию в таких количествах, что вскоре баржа стала напоминать плавучий склад. Однако радость была преждевременной. Елизавету всего лишь отправили в Вудсток (графство Оксфордшир) под наздор некоего сэра Генри Бедингфилда. Сей педантичный страж скрупулезно выполнял инструкции, предписывавшие пресекать все ее попытки связаться с внешним миром. Ей по-прежнему не давали ни бумаги, ни чернил, а если она просила привезти книгу, будь то Библия или Цицерон, тюремщик запрашивал Лондон, и проходили недели, прежде чем она получала желанный том. Елизавета часто жаловалась на нездоровье, приступы мигрени, слабость, но когда Мария, не доверявшая сестре, присылала к ней собственных врачей, та предусмотрительно отказывалась от их услуг, опасаясь яда. Друзья и верные слуги не покинули ее, превратив расположенный неподалеку постоялый двор «Бык» в свой штаб. Туда часто наведывались преданные Елизавете дворяне, передавая последние новости через прислугу, выходившую за ворота ее оксфордширской тюрьмы.

В июле в Англию прибыл принц Филипп и обвенчался с королевой Марией на полпути к Лондону, в Винчестере. В его лице Елизавета неожиданно обрела адвоката: ее вернули ко двору и поселили во дворце Хэмптон-Корт рядом с покоями кардинала Реджинальда Пола, папского легата, очевидно, для острастки. Филипп справедливо полагал, что лучше не делать из Елизаветы религиозную мученицу, а склонить ее к принятию католической веры и выиграть очко в политической борьбе с протестантами.

У его невестки не было особого выбора: Мария перешла к жестоким репрессиям против тех, кто оставался верен реформированной религии. Повсюду горели костры, на которых, корчась в огне и задыхаясь от дыма, отдавали души Богу упорствующие в протестантской вере ученые-теологи, священники и простолюдины, женщины и старики. В Оксфорде одного за другим сожгли трех епископов — сподвижников Генриха VIII в деле Реформации: Ридли, Латимера и Кранмера, бывшего архиепископа Кентерберийского, который некогда защищал принцессу Марию от гнева ее отца. Королева Мария была не против сохранить старику жизнь при условии, что он вернется в лоно истинной католической церкви. Однако, даже став свидетелем страшных мук Ридли и Латимера, он не покорился и предпочел последовать за ними.

В разгар гонений протестантский священник и поэт Томас Брайс написал удивительный по силе стихотворный мартиролог, перечислив в нем имена протестантских мучеников и то, каким казням они подвергались. И каждая строфа его поэмы, полная гнева, исступленной веры и надежды на избавление, заканчивалась рефреном «Мы ждали нашу Елизавету»: «Когда достойнейший Уоттс кричал, охваченный пламенем, / Когда Симпсон, Хоукс и Джон Ардайт вкусили гнева тирана, / Когда предавали смерти Чемберлена, / Мы ждали нашу Елизавету».