Вся артилерія Мазепи (більше 70 гармат), його прапори, відзнаки, й усі дорогоцінності опинилися в руках Меншикова. Закінчуючи розповідь про страшний кривавий розгул терору Меншикова, що тривав два дні — 13 і 14 листопада 1708 року, про безглузде й жорстоке спалення і зруйнування Батурина, про вирізаних дітей і людей похилого віку, про знищення козацької залоги (понад 15 тисяч чоловік), автор «Історії русів» зазначав, що царські солдати руйнували навіть церкви, хоча були одновірцями з українцями. «Усе місто і всі громадські його будівлі, себто церкви і урядові будинки з їхніми архівами, арсенали і магазини із запасами з усіх кінців запалено і обернено на згарище. Тіла побитих християн та немовлят кинуто на вулицях і поза містом… Меншиков, поспішаючи з відступом і бувши чужий людяності, полишив їх на поталу птицям небесним і звірам земним, а сам, обтяжений незліченними коштовностями і скарбами міськими й національними і забравши з арсеналу 70 гармат, одійшов від міста і, переходячи околиці міські, палив і руйнував усе, що траплялося йому на дорозі, обертаючи селища народні на пустелю. Така сама доля спіткала більшу частину Малоросії. Загони війська царського, роз'їжджаючи по ній, палили й грабували геть усі оселі без винятку, за правом війни, майже нечуваним. Малоросія довго ще курила після полум'я, що її пожирало».
Страшні репресії викликали жах в Україні. Люди залишали міста й села, утікаючи в степи. З острахом і огидою приглядалася Європа до бузувірської різні, вчиненої Петром І в Україні. Український історик Ілько Борщак, який протягом десятиліть працював у французьких архівах і бібліотеках, розшукав багато цінних невідомих документів і матеріалів з історії України, особливо Мазепинської доби, в книжці «Іван Мазепа. Життя і пориви великого гетьмана» наводить промовисті назви статей із французьких газет і часописів, що вийшли в 1708 р.: «Страшна різня», «Руїна України», «Жінки і діти на вістрях табель», «Всі мешканці Батурина, без огляду на вік і стать, вирізані, як наказують нелюдські звичаї московитів», «Ціла Україна купається у крові. Меншиков уживає московського варварства».
Наказавши негайно вибрати нового гетьмана, цар прагнув принизити авторитет Мазепи в очах шведів. У Глухів, де розмістилася головна квартира царських військ, 17 листопада з'їхалося всього чотири полковники з козаками, а також духовенство — високі ієрархи. Вибори відбувалися під прицілом царських рушниць. Та все ж іще стало в козацької старшини духу, перше, ніж приступити до вибору, просити царя підтвердити всі давні права і вольності українського народу. І цар клявся, що всі права й свободи збереже. Гетьманом «вибрали» за волею царя стародубського полковника Івана Скоропадського, знесиленого старця. Кандидатура молодого й талановитого ніжинського полковника Полуботка, щирого патріота, якого пропонували старшини, була відхилена царем, бо, як сказав Петро І, «з Полуботка може вийти другий Мазепа».
Скоропадський був давнім приятелем Мазепи, який його запрошував приєднатися до союзу зі шведами. Але Скоропадський, маючи в безпосередньому сусідстві царські війська, на це не наважився. Проте, шануючи Мазепу, він спочатку ухилявся від виборів, але тиск на нього був таким, що вимушений був погодитися. Текст присяги Скоропадського на вірність царю мав принизливе зобов'язання, згідно з яким гетьман «не буде мати ніякого зв'язку з Мазепою і буде повідомляти царя про всі хвилювання народу і його симпатії до Мазепи».
Після процедури виборів на ринковому майдані влаштували за наказом царя і в його присутності видовисько з театральним ефектом — символічне покарання — страту Мазепи, яку Петро І назвав «сошедшие Мазепы в ад». Збудували риштування, встановили на ньому шибеницю й принесли туди опудало, зроблене й одягнуте під Мазепу. Меншиков і Головкін увійшли сходами на шибеницю, роздерли диплом, за яким Мазепа був колись нагороджений найвищим орденом Росії — святого Андрія Первозванного. Писар зачитав злісну пародію смертного присуду. Опудало повісили на шибеницю, а потім кат тягав його серед пилу вулицями міста, топчучи ногами.
Петру здалося й цього замало. Він відновив середньовічний московський обряд, тоді на Україні невідомий, — анафему. 23 липня у глухівській Святотроїцькій церкві в присутності царя і його царедворців і генералів, козацької старшини, яка залишилася під московською владою, проводилося несамовите богослужіння. Священики й ченці, яких зібрали з усіх кінців, були вдягнені в сумні однострої чорного кольору, тримали в руках довгі, як козацькі шаблі, свічки з воску, зафарбовані сажею.
Співаючи псалми, вони оточили опудало, а потім, обертаючи на нього свої чорні свічі, стали волати разом із дяками й паламарями: «Да будет Мазепа проклят». Потім архієрей вдарив опудало палицею в груди і крикнув: «На зрадника і відступника Івана Мазепу анафема». Опудало з криками поволокли з церкви, а за ним ішли священнослужителі, співаючи: «Днесь Иуда оставляет учителя и приемлет диавола». Цар видав спеціальне доручення, щоб того самого дня таку ж відправу влаштували в Москві в Успенському соборі в присутності царевича Олексія і всього двору.
Було щось сатанинське в цьому наказі Петра І: проклинати Мазепу в церквах, збудованих на його кошти. Анафему Мазепі проголошував українець, видатний вчений, вчитель Пилипа Орлика, автор панегірика на честь Мазепи, царський митрополит Стефан Яворський. Частина здеморалізованого українського духовенства, що відійшла від традицій незалежної автокефальної національної церкви, вірно служила цареві. З того часу понад два століття щорічно в церквах усієї Російської імперії проклинали Мазепу й проголошували йому анафему.
Анафема була знята через 210 років як неправомірна антицерковна акція. Цар Петро як мирська, світська людина не мав права наказувати і влаштовувати таке дійство в церкві. Прерогатива цього могла належати тільки Собору або Синоду. До того ж не було соборної постанови православної церкви. Вселенська церква визнала оголошення такої анафеми як підкорення православною церквою закону Божого законам сатрапа. У 1918 р. анафема щодо Мазепи була знята, але не російською православною церквою, а Українською автокефальною в Києво-Софійському соборі.
Цар бажав перетягнути на свій бік козацьку старшину. Всі маєтки Мазепи й «мазепинців» він проголосив конфіскованими й пообіцяв роздати їх старшинам, які доведуть свою вірність царю. Та козацька старшина, котра прибула за першим наказом до Глухова на вибори нового гетьмана, щедрою рукою була обдарована грамотами на маєтності. З конфіскованих маєтностей цар подарував великі земельні латифундії своїм генералам і міністрам: Меншикову, Головкіну, Долгорукову, Шафірову, Шереметєву та іншим.
Нагороджено й тих, хто зробив на когось донос, звинувачуючи, що той є явним чи таємним прихильником Мазепи. Антипатріотичні елементи українського суспільства намагалися використати момент, аби збагатитися, зробити кар'єру таким неправедним, чорним шляхом. Це дуже поглибило деморалізацію суспільства; Водночас розшукували багатства Мазепи, які він закопав у різних місцях. Із цього скарбу Голіцин одержав 25 тис. крб. — «за працю при облозі Батурина», Меншиков — 6 тис.
Цар усіляко намагався залякати український народ, нещадним терором знищити у нього всякий дух опозиції. На прибічників Мазепи, тих, кого підозрювали у зв'язках з ним, на старшин, які не прибули на вибори нового гетьмана, посипалися страшні репресії. Людей розшукували по домівках, а потім зводили до містечка Лебедина, біля Охтирки, куди були перенесена головна царська квартира з Глухова. Там їм завдавали таких варварських мук і страждань, які могла вигадати тільки садистична уява Петра, котрий сам давав точні інструкції.
Система жахливих тортур, від яких люди божеволіли, мала поетапний характер: батіг, розпечене залізо, колесування, четвертування, вбивання на палю, здирання шкіри живцем. Коли нещасні не витримували і зізнавалися в неіснуючих гріхах, наставала найлегша в цьому пеклі кара — шибениця або сокира в руках ката. 900 осіб упали жертвами, не витримавши до кінця нелюдських тортур. У Лебедині з'явилося тоді велике кладовище, яке в народі називали «гетьманським цвинтарем».
