На козацькій раді разом з обранням Івана Мазепи відбулася процедура прийняття «статей», тобто договору між Україною й царем, як це робилося завжди при затвердженні нового гетьмана. Представником царя цього разу був князь Василь Голіцин.
Хоч і декларувалися в першій статті «права та вольності» козацькі («щоб український народ мав усі права і свободи, про які договорено ще за Богдана Хмельницького»), однак фактично від них нічого не залишалось Цар затверджував за старшиною маєтності, які й так були в її руках. Також тільки на папері залишалася згода царя на прохання старшини про те, щоб в українські міста не посилалися воєводи, щоб вони не втручалися в суди, не чинили шкоди, кривд і насильства над людьми України.
Насправді царський уряд, який уже в 1654 р. намагався встановити військовий контроль над внутрішнім життям України, прагнув забезпечити це введенням в українські міста воєвод із військовими залогами. Інститут воєвод був найважливішим механізмом для поступової окупації України, обернення її на провінцію Московської держави. Воєводи будували фортеці, утворюючи своєрідні військові бази, тримали в своїх руках головні комунікації, намагалися контролювати всі сфери українського життя, привласнювали податки, безчинствували, грабували населення, стали справжньою бідою для України.
Решта Коломацьких статей (всього їх було 22) та царських резолюцій на них законодавче затверджували усякі заборони, котрі обмежували й навіть де в чому ліквідували самостійну економічну, соціальну та зовнішню політику України. Заборонялося вести торгівлю з Кримом: «остерегать того накрепко, чтоб из малоросійских городов в Крым с торгами и со живностью не ездили и лошадей в Крым не продавали». Також заборонялось українським купцям «под жестоким наказаньем» торгувати в Московській державі.
У фінансових справах теж накидалася царська воля. В Україні не хотіли брати гроші — «чехи», — що робилися в Севську для виплати царським гарнізонам, але не мали золотого забезпечення. Стаття 19 вимагала приймати «чехи», а тих, хто не захоче приймати, смертю карати.
Абсолютно заборонялися міжнародні відносини України. Листи й документи від сусідніх держав наказувалося не розпечатуючи посилати в Москву. У 19-ій статті повелівалося «народ Малороссийский всякими меры и способы с Великороссийским соединять и неразорванное и крепкое согласие приводить». Для досягнення цієї мети рекомендувалося дбати, щоб більше було змішаних україно-російських шлюбів.
Зазначена стаття закінчувалася формулою, яка вже без усяких застережень визначала Україну частиною Московської держави. «Никто б голосов таких не испущая, что Малороссійский край — Гетманського Регименту, а отзывались бы везде единогласно — их Царского Пресветлого Величества самодержавной державы».
Новий гетьман і старшина підписали оці ганебні Коломацькі статті, що не були навіть тінню «статей Богдана Хмельницького» і за якими влада гетьмана фактично зводилася до поліцейських функцій — стежити й сприяти виконанню численних царських заборон.
Проте Мазепа, підписуючи «Статті», думав не про їх ретельне виконання. Вони для нього слугували лише сходинкою до найвищої влади в Україні. Коли припустити, що ідея об'єднаної, сильної, самостійної України визрівала й розвивалася у Мазепи поступово, то з упевненістю можна сказати про його утвердження саме тоді в думці про необхідність виведення України з «руїни», політичного безладдя, стану громадянської війни. Таке можна було здійснити тільки за існування в Україні твердої гетьманської влади, рейтинг котрої впав на той час до найнижчої позначки.
Українськими гетьманами маніпулювали сусідні володарі — Польщі, Туреччини, Кримського ханства, московські царі. Змова старшин могла досить легко повалити гетьмана, а царська влада заслати його без суду та слідства до Сибіру. Царський уряд, як уже зазначалося, був заінтересований в тому, щоб Україна перебувала в стані невпинного політичного безладдя. Тому Іван Мазепа, взявши булаву, заходився передусім піднімати престиж і значення звання українського гетьмана, наповнювати його реальною владою. За дводесятирічне гетьманування він досяг такої могутньої влади, яку до нього мав, мабуть, тільки Богдан Хмельницький. Мазепа став непохитним володарем України.
Гетьман зумів згуртувати навколо себе старшину, зокрема й опозиційну — найбільш для нього небезпечну, виявляючи при цьому дипломатичну гнучкість і застосовуючи, як вважають дослідники, неабияку хитрість, не зовсім праведні засоби. Старшинам гетьман дарував землі, маєтності з кріпаками й залежними селянами, віддавав їм усякі почесті й нагороди, водночас таємно підтримуючи в Москві підозрілість до них. Коли ж царський уряд робив спроби вдатися до насильницьких дій проти цих старшин, Мазепа їх боронив, за що одержував їхню вдячність, відданість і безмежну довіру. Українську старшинську аристократію він формував як найпершу опору своєї гетьманської влади.
Розкішна гетьманська резиденція — Батурин — з розробленим точним церемоніалом і особистою гвардією мало чим поступалася дворам європейських володарів. У Батурині з королівською пишнотою приймали посланців різних країн. Величавий замок у Батурині, де відбувалися ці високі приймання, звів його хазяїн гетьман Іван Мазепа. Взагалі, буйний розквіт української архітектури в цей період нерозривно пов'язаний з його ім'ям. На кожний рік гетьманування Мазепи припадає одна споруда. За 1690–1706 роки він поставив чотири нові церкви, розбудував п'ять храмів княжої доби, закінчив будову трьох церков, розпочату його попередниками. Дбав і про фортифікаційні укріплення на кордонах України.
Своїм опікуванням письменства, науки, мистецтва й церкви, будівництвом і реставрацією храмів, дорогоцінними дарами гетьман зажив великої слави. В панегіриках, віршах, драмах оспівували «найбільшого українського лицаря», що прагнув вивести Україну в європейський світ. Його блискучі гостинні бенкети відвідували генеральні старшини, полковники, дипломати, книгодрукарі, поети.
Гетьман Іван Мазепа опікувався не тільки культурою, а й розвитком економіки, промислами, мануфактурним виробництвом. Під проводом його уряду старшина й козаки розвивали промисловість України. Тільки в Стародубському полку в часи Мазепи існувало дванадцять буд для випалювання поташу, а на Чернігівщині одинадцять гут виробляли скло, діяло дванадцять паперових фабрик. По всій Гетьманщині поширилося керамічне виробництво, а ткацтво набуло характеру організованого фабричного виробництва полотна, сукна, шовку, козацьких пасів, плахт, килимів. Водяні млини, що були джерелом дешевої енергії, обслуговували паперні, гути, валюші-ступи для биття сукна, керамічні майстерні, лісопильні заводи.
Зміцнюючи гетьманську владу, добиваючися стабілізації українського політичного й економічного життя, дбаючи про розвиток культури рідного краю, Іван Мазепа в абсолютній таємниці виношував свою ідею незалежної, самостійної України, прикриваючись при цьому незаперечною лояльністю щодо царського уряду. Змушений виконувати веління царя, спрямовані на поширення колоніального гніту в Україні, він вірно служив Москві. Це викликало негативне ставлення до гетьмана серед селянства, козацтва та міщанства. Його вважали прислужником Москви.
А головне, що у нового гетьмана склалися напружені стосунки із Запорозькою Січчю, яка й після створення Української Гетьманської держави зберігала в її межах автономію, підлягала безпосередньо царському уряду. При цьому вона залишалася частиною України, носієм української державності. Зі своєю політичною автономією, самобутнім республіканським ладом, демократичними порядками — частим проведенням рад, на яких вирішувалися найголовніші козацькі справи, вибірністю старшини, місцевим самоврядуванням, своїм судом — Запорозька Січ була історичною антитезою московському самодержавству, абсолютній монархії.
Запорожжя залишалось осередком національного й соціального протесту, привабливим місцем волі. Сам факт його існування підривав підвалини феодально-кріпосницького господарства. Дедалі частіші втечі на Січ не тільки українських, а й російських селян позбавляли поміщицькі маєтки робочих рук.
