Найближчим порадником Дорошенка був православний митрополит Йосип Нелюбович-Тукальський, супротивник польського та московського втручання в українські церковні справи, автор талановитих, пристрасних проповідей, послань, цікавого листування. Йосип Тукальський після трирічного Марієнбурзького ув'язнення поляками зумів визволитися й утекти на Україну. Посвячений і визнаний Константинопольським патріархом, Тукальський улаштував свою митрополичу резиденцію в Чигирині. Його приїзд сюди був великою моральною підтримкою для Дорошенка, котрому митрополит став вірним другом. Як казали сучасники, «духом Йосипа Тукальського і гетьман живе, і вся Україна».
Велику симпатію Дорошенко викликав у козаків тим, що прислухався до голосу народу. Жодної справи він не вирішував, не з'ясувавши попередньо народної думки, яку намагався якось підготувати, навіть сформувати певним чином. Дорошенко дуже часто скликав ради: і старшинські, й загальні — Генеральні, прагнучи надати їм статусу державного органу. Під час голосування ради він виходив, щоб своєю присутністю не впливати на її рішення. Видатний історик України Дмитро Дорошенко, який працював після 1917 р. за кордоном, автор великої дослідницької праці про Петра Дорошенка, писав: «З усіх українських гетьманів XVII століття Дорошенко був, коли можна так висловитись, найбільш конституційним гетьманом».
В Андрусові обидві сторони — польська та російська — домовилися спільними зусиллями «приборкати» українських козаків. Однак до реалізації Андрусівської угоди про польсько-московське обопільне «приборкання козаків» і «заспокоєння України» було дуже й дуже далеко.
Андрусівська змова двох держав за рахунок України, поділ її території викликали бурхливе обурення й протест усього українського народу — й на правому, й на лівому березі Дніпра. Повстання очолили Петро Дорошенко та Іван Сірко. Незважаючи на фатальний кінець цього повстання, воно відіграло свою роль. Москва не досягла тоді своєї мети — інкорпорувати Україну, остаточно скасувати Українську державу. Урізана, переслідувана, обкраєна, втрачаючи поступово державні права та функції, Українська держава проіснувала після Андрусова ще майже століття.
На початку 1668 р. на Лівобережжі відбулися події, які сприяли оволодінню Дорошенком цією частиною України. Гетьман Брюховецький вирішив приєднатися до антимосковського руху, котрий поширювався по всій Україні. Таким чином він бажав запобігти можливого вибуху народного гніву проти нього самого. Водночас він плекав честолюбну надію стати володарем усієї України. Зневажений усім українським народом, він не відчував історичних реалій. Вирішивши вирватися з-під опіки Москви, він скликав раду, де заявив, що Москва хоче віддати Польщі й Лівобережну Україну, отже слід вигнати царських воєвод і перейти під протекцію турецького султана.
Рада підтримала його й направила посольство до Стамбула з пропозицією підданства — васальної залежності. Водночас Брюховецький виговорював собі «княжий престол у Києві». Крім того, до хана був посланий гонець просити допомогти в боротьбі проти Москви. Сім тисяч ординців прибули до Брюховецького. З ними та з козаками він пішов визволяти прикордонне місто Котельву, яке обложило московське військо під проводом боярина Ромодановського, що вступило в Україну для придушення антимосковського повстання. Брюховецький розіслав універсали, якими закликав виганяти з України царських урядників і військових; воєводам писав, щоб вони добровільно пішли з України. Царські залоги, злякавшися, втікали. Воєводи утрималися тільки в Києві та Чернігові.
На початку літа на Лівобережжі з'явився Дорошенко. Населення радісно вітало його. Це був час найбільшої популярності правобережного гетьмана. Брюховецький сподівався, що Дорошенко йде йому на допомогу. Однак той прислав до нього своїх людей з вимогою, щоб Брюховецький зрікся гетьманства й віддав клейноди. Дорошенко обіцяв йому Гадяч у «доживотне володіння». Ніби громом був приголомшений Брюховецький. Маючи намір боротися, він заарештував дорошенкових посланців. Однак коли Дорошенко підійшов із військами до міста Опошні, татари покинули Брюховецького, козаки, які були при ньому, кинулися грабувати обоз, а потім і вбили лівобережного гетьмана. Дорошенко наказав відвезти його тіло до Гадяча й поховати в церкві, яку збудував Брюховецький. Потім Дорошенко вирушив проти Ромодановського, але той не наважився вступити в бій і ретирувався на московську територію.
8 червня 1668 р. Дорошенко був проголошений гетьманом обох боків Дніпра. Це був його найвищий тріумф. Нарешті об'єднувалися розірвані частини України й вона знов була цілісною. Однак переможна ситуація виявилась нетривкою. З усіх боків насідали вороги.
Саме в цей час до Дорошенка прийшла несподівана для нього звістка про наступ поляків на Правобережжя, хоча гетьман дипломатичне постійно підтримував приязне листування з Яном Собеським. Дорошенкові довелося спішно покидати Лівобережну Україну і переходити на Правобережжя, щоб організувати відсіч польському наступові. Щоправда, один із сучасників пояснював цей раптовий демарш тим, що гетьман отримав звістку з дому, із Чигирина, про зраду дружини. Козацький літописець Самовидець писав, що вона «через пліт скочила з молодшим».
Та як би там не було, хоч би які причини спонукали Дорошенка на відхід із Лівобережжя, після цього він його втратив назавжди. Залишений ним наказним гетьманом чернігівський полковник Демко Многогрішний прийняв підданство Москви. В Глухові в середині березня 1669 р. його обрали справжнім гетьманом Лівобережної України. Водночас були прийняті так звані «глухівські статті».
Марними були зусилля нового гетьмана, старшини та чернігівського архієпископа Лазаря Барановича добитися від царського уряду звільнення Гетьманщини від воєводського урядування. Щоправда, Москва, відчуваючи, що її влада на Україні захиталася, все ж таки пішла на деякі поступки. Згідно з глухівськими статтями значно зменшувалася кількість воєвод. Вони залишалися тільки в Києві, Чернігові, Ніжині, Острі та Переяславі. Їхні функції обмежувалися командуванням гарнізонами. Внесено було також важливу статтю про обов'язкову участь українських делегатів у дипломатичних справах Москви.
Так знову розпалася козацька Україна. Проте Лубенський, Гадяцький, Прилуцький полки вперто стояли за Дорошенка аж до весни 1670 р. Переяславський полк так само був із ним, але потім полковник Дмитрашка Райча (виходець із Молдавії) пристав зі своїм полком до Многогрішного.
Дорошенко нібито зігнорував вибори лівобережного гетьмана й продовжував підтримувати зносини з Многогрішним, на які далеко не схвально дивилася Москва. Дорошенко прагнув будь-що зберегти цілісність України й свою владу. Він писав і розсилав універсали, переконував українців припинити всілякі чвари й одностайно рятувати Вітчизну від загибелі. Згодом захиталася влада Дорошенка й на Правобережжі. Цього разу удару йому завдали запорожці. На Запорозькій Січі висунули нового претендента на гетьманство — молодого писаря Петра Суховія.
23-літній Суховій, виходець із Правобережжя, за характеристикою Самійла Величка, «значний козак, був також сильний ділом, управний у світових речах і достатньо знав козако-руське письмо». Спочатку він домагався, щоб його визнали лівобережним гетьманом замість Брюховецького. Коли це не вийшло, Суховій, «прагнучи довести до пожаданого кінця це нерозумне і шкідливе для душі хотіння свого владолюбства», задумав із допомогою запорожців відняти гетьманство у Дорошенка.
Суховій переманив союзників Дорошенка — кримських татар. Обуренню правобережного гетьмана не було меж. Він загрожував татарським послам, що так, як колись його дід, гетьман Михайло Дорошенко, переверне увесь Крим «догори ногами». Ця міжусобна боротьба, в яку був утягнутий Дорошенко, тривала більше року, забираючи в нього енергію, час, увагу, сили, які слід було б приділити захисту Вітчизни від ворогів — Москви та Польщі.
Через чверть століття Іван Мазепа в одному зі своїх універсалів 28 липня 1692 р., відомому нам із подачі Самійла Величка, так оцінював наслідки безпринципної боротьби Суховія за владу. «Суховій, котрий двічі виправляв у міста на людську шкоду потужні орди, чого досяг? Тільки завів колотнечу поміж народом, а в людських набутках страту, а для себе лишив вічну ганьбу».
