10 жовтня 1665 р. на свято Покрови до Чигирина з'їхалися правобережні полковники й тимчасово обрали гетьманом Петра Дорошенка. Остаточне затвердження відбулося на загальній раді на початку січня 1666 р. в Чигирині на свято Водохрещення. Описуючи цю раду, Самійло Величко повідомляє, що полковниками, старшиною та представниками від козацтва «виборнішим товариством» було «без довгих роздумів одностайно проголошено і затверджено його ж, Дорошенка, гетьманом. Йому відразу вручено військові клейноди, а вірність та щирість закріплено взаємною присягою: гетьман — військові, а військо — гетьманові». Й далі козацький літописець робить дуже важливе зауваження: «Того, при якому монархові будуть лишатися — чи російському, чи польському, — не визначали».
А через два місяці 22 лютого 1666 р. правобережне козацтво, що зібралося в Лисянці на раду, ухвалило запропоновану гетьманом програму: «вигнати всіх ляхів із Правобережжя до Польщі, вступити в союз із кримським ханом і весною йти на лівий берег Дніпра, щоб з'єднати його з Правобережною Україною під однією булавою».
Програма Дорошенка, яку увінчувала ідея створення Української держави, грунтувалася на концепції з'єднання всіх українських земель, «цілісності Отчизни». Як кордони української території вона визначала Перемишль, Ярослав, Віслу та Німан — на Заході, Севськ і Путивль — на Сході. У таких межах була колись «держава або князівство Руське» й такі кордони мала дістати козацька держава. Щоправда, у своїй діяльності Дорошенко намагався спочатку здобути для Української держави давні кордони — по річку Случ. Але в подальшому мав надію поширити свою владу також і на західні землі, «як далеко сягає мова руського народу». Саме така позиція була сформульована ним на переговорах із Туреччиною. Відновлену самостійну Українську державу Дорошенко прагнув поставити в нейтральне й незалежне становище між Московією, Польщею й Туреччиною. Літописець Самійло Величко називав Петра Дорошенка «нейтралістом».
Програма Дорошенка була просякнута його переконанням про єдність і згоду українського народу: «Хоч Божою волею український народ обох сторін Дніпра роздвоєний і видаємося собі ворогами, одначе ніхто чужий не є нам такий прихильний, як ми самі собі є приятелями». Тому він закликав, «щоб в одній раді, а не у розбитті Україна перебувала».
Однак у перші місяці свого гетьманування Дорошенкові доводилося визнавати зверхність Польщі, оскільки в Чигирині, Корсуні, Білій Церкві та деяких інших містах ще стояли польські залоги, а також визнавати й протекторат хана, який виступав союзником нового гетьмана, підтримав його обрання. Ханські орди брали участь у військових операціях Дорошенка. Козацького війська тоді налічувалось усього тисяча чоловік. Новому гетьману треба було утвердити свою владу, тим більше, що з'явився претендент на гетьманство — вже згадуваний Василь Дрозденко, який став брацлавським полковником і, між іншим, дотримувався промосковської орієнтації.
Похід на Брацлав був першою військовою акцією новообраного гетьмана. Кілька тижнів тримав Дорошенко в облозі Брацлав, поки місто, нарешті, капітулювало. Дрозденко був узятий у полон і розстріляний.
Швидко зростало число прихильників нового гетьмана. Під Брацлавом військо Дорошенка нараховувало 20 тисяч козаків. Вже тоді він приступив до реформи і реорганізації війська, яке є однією з найважливіших ознак державності, створив постійне наймане військо — так званих сердюків або серденят. Те, що його попередниками, починаючи з Богдана Хмельницького, запроваджувалося як окремі тимчасові заходи, Дорошенко зробив постійною структурою. Сердюцькі полки стали основою збройних сил. Вони комплектувалися з місцевих людей — «охотників», та чужоземців — молдаван, сербів тощо. Це була піхота (до 20 тисяч чоловік), керована досвідченими старшинами, а також чужоземними офіцерами, які перейшли з польської служби.
Сердюцькі полки виявляли велику хоробрість, зберігали вірність гетьманові, не залежали від різних політичних хитань і настроїв. В умовах руїни це набуло особливого значення. Дорошенко досяг незалежності від козацької старшини, козацьких полковників із їхніми полками, що неодноразово піддавалися різним впливам, мали різні чужоземні орієнтації. Незважаючи на розруху, майже постійний воєнний стан, він намагався щось робити й для державного будівництва, дбав про фінанси, необхідні для утримання найманого війська, провів на кордоні нову митну лінію, готувався бити власну монету, провадив планову колонізацію спустошених околиць Правобережжя, а на степовому порубіжжі утворив новий Торговицький полк.
До звільнення Правобережжя від польських військ Дорошенко приступив у жовтні 1666 р., використавши внутрішню міжусобицю в Польщі — бунт Любомирського проти короля. Зі своїми військами гетьман провів ряд боїв проти польських залог, які ще залишалися у правобережних містах, і витіснив їх. У цей час до нього надійшла допомога — 30-тисячна татарська орда. Польський уряд, ліквідувавши бунт Любомирського, в грудні 1666 р. послав на Правобережну Україну шеститисячне коронне військо під проводом Себастьана Маховського.
Цей польський полковник, відомий надзвичайною жорстокістю й брутальністю (без суду та слідства розстріляв колишнього гетьмана України, польського сенатора й воєводу Івана Виговського), зажив, крім усього, ще й сумної слави регіментаря, який «не здобув жодної перемоги». Самійло Величко записав у своєму літопису: «Король Ян-Казимир виправив коронні війська зі значним рейментарем Маховським на Україну, дозволивши їм плюндрувати Україну вогнем і мечем і отак прихилити її до корони Польської». Поляки, вступивши на Поділля, зруйнували містечко Івангород, яке не підкорилося їм. 19 грудня між Браїловим і Брацлавом війська Дорошенка наздогнали польське військо й розгромили його, Маховський потрапив у полон і був відвезений до Криму. Таким чином Правобережжя звільнилося від Польщі. Його територія була повністю очищена від ворожих окупаційних військ.
На порядку денному постала проблема звільнення Лівобережної України від чужоземного панування Москви та влади її полигача Брюховецького. Проти нього наростало загальне обурення. Серед народу викликало велике невдоволення прибуття (на пропозицію лівобережного гетьмана) царських воєвод, які залогами стали по містах, а з ними — перепищиків, які переписали лівобережне населення, зареєстрували його достатки й стали збирати податки на цаші грішми, хлібом, медом і всякими продуктами з українських селян і міщан. Ненавиділа Брюховецького й старшина, з якою він поводився зверхньо й підступно. Тих, хто з ним не погоджувався, він заарештовував і віправляв до Москви, а звідти бідолаг засилали до Сибіру. Брюховецький сварився навіть із воєводами, зокрема київським — Шереметьєвим. Отже, вибух загального гніву міг змести лівобережного гетьмана.
Дорошенко ще в останні місяці 1665 р. робив спроби закріпитися на Лівобережжі. У відсутність Брюховецького, котрий у той час був у Москві, правобережний гетьман посилав на лівий берег Дніпра козацькі загони, поширював там свої універсали, в яких закликав лівобережне населення визнати його владу і скинути Брюховецького для об'єднання розділених частин України. З початку 1667 р. Дорошенко планував виступити з усім своїм військом на Лівобережжя. Але в січні 1667 р. Москва завдала Україні страшного й підступного удару, який визначив особливий характер подальшого розвитку подій. Наслідки цього удару український народ відчував не одне століття.
13 січня 1667 р. у селі Андрусові поблизу Смоленська було укладено перемир'я між Росією та Польщею на 13 років. За цим перемир'ям Лівобережжя України залишалося за Росією, а Правобережжя знову переходило під владу Польщі, окрім Києва, який залишався за Московською державою тільки на два роки. Запорозька Січ повинна була перебувати під владою обох держав. Отже, за змовою двох воюючих країн відбувся поділ України, тобто офіційний, юридичне оформлений міжнародним трактатом поділ української території на три частини.
Андрусівська угода мала катастрофічні наслідки для України. Ця угода перекреслювала українсько-російський договір 1654 р., найважливішою й першорядною умовою якого був захист українського народу від ворогів, а також зобов'язання Москви ніколи не віддавати Україну польському королю. Тому передання половини України Польщі, проти панування якої в кількавіковій боротьбі український народ пролив багато крові, було справжнім злочином, підступною, чорною зрадою Москви.
