Прибыв к мальтийским берегам, генерал Бонапарт сразу потребовал от властей острова сдачи крепости Лa-Валетты. Главной причиной для захвата он назвал то, что Мальта отдалась под покровительство российского императора Павла – врага Франции, и это якобы «оскорбляло римско-католическую религию и клир».

Великий магистр ордена, португалец Гомпеш, настроенный проавстрийски, оказавшись в затруднительном положении, созвал совет. В его распоряжении находилось всего лишь 332 способных драться рыцаря, 3600 человек в гавани и 13 тысяч добровольцев. Этого было, конечно же, слишком мало для того, чтобы противостоять 38-тысячной Восточной армии Наполеона. Присутствовавшие на совете высказали разные точки зрения. Одни считали, что надо объявить тревогу и, поскольку у них есть неплохой арсенал и запас продовольствия на три года, упорно сопротивляться. Другие напоминали магистру, что их орден призван вести войну с турками, а не с христианами, и предлагали сдаться Наполеону. Этой точки зрения придерживался и командор, овернец Буаредон де Рансюэ, который прямо заявил, что не поднимет оружие против родной Франции. Но его вместе с другими французскими рыцарями арестовали и отправили в тюрьму. А те, кто решил сопротивляться захватчикам, взялись за оружие и распределились по островам, батареям и башням.

Тем временем Бонапарт потребовал пропустить корабли в порт и снабдить их пресной водой. Получив отказ, он высадился с отрядом в три тысячи человек между городом Ла-Валеттой и бухтой Святого Павла. Утром 11 июня 1798 года начался штурм городской крепости. Ее защитники поначалу упорно отстреливались и даже сделали отчаянную вылазку. Но большая часть рыцарей все же не захотела сражаться с французским войском. Поскольку силы противников были неравными, мальтийцы вынуждены были пойти на переговоры. Вот что пишет об этом автор книги «Тайны египетской экспедиции Наполеона» А. Ю. Иванов: «Ранним утром следующего дня представители великого магистра явились на борт «Ориона» с полномочиями, необходимыми для заключения соглашения о капитуляции. Во главе их был командор Буаредон де Рансюэ, освобожденный из тюрьмы (после чего, по словам Наполеона, народ носил его на руках, как триумфатора)».

После сдачи на милость победителю над Ла-Валеттой взвился французский флаг и остров был объявлен владением Французской Республики. Бонапарт подытожил это событие громкой фразой: «Я смел взять, и я взял». Он тут же упразднил Мальтийский орден, выслал с острова его членов и изъял принадлежавшие ему сокровища. По словам А. Иванова, «Бонапарт поступил с островом так, как он позднее будет обходиться со многими державами, городами и островами». За считаные дни он ввел на Мальте гражданский кодекс, отменил рабство, освободил всех турецких невольников, ликвидировал все феодальные права и привилегии, сформировал муниципалитеты, назначил судей, учредил начальные и средние школы. Не забыл генерал и о защите острова: комендантом его он назначает генерала Вобуа, в подчинение которому дается французский гарнизон из четырех тысяч солдат. В свободное от решения административных проблем время члены экспедиции наслаждались дарами Мальты. Сам Бонапарт гулял в «прекрасно содержанных и украшенных великолепными апельсиновыми деревьями» садах великого магистра ордена, с удовольствием лакомясь их фруктами. Ровно через неделю, 16 июня, он снял флотилию с якоря и отправился к берегам Египта.

Между тем узнавший о захвате французами Мальты адмирал Нельсон немедленно бросился за ними в погоню. Но, как это ни парадоксально, именно эта поспешность и быстроходность британских кораблей помешали ему потопить флотилию Бонапарта еще на подходе к Египту. Вот как пишет об этом А. Манфред: «Адмирал так кипел желанием настигнуть и разгромить противника, что его эскадра, подняв паруса, промчалась по морю с такой быстротой, что опередила французов; ночью английские корабли пронеслись мимо медленно плывшей французской флотилии, проходившей севернее Крита. Эскадра Нельсона примчалась в Александрию, но там ни о Бонапарте, ни о французах вообще никто ничего не слыхал. Английский адмирал решил, что французский флот направился к Александретту или Константинополю, и устремился туда». Эта цепь случайностей и ошибок спасла тогда наполеоновскую экспедицию, но британский флот мог вернуться в любое мгновение. И понимая это, Наполеон был уверен, что ему надо поспешить с захватом Александрии.

К знаменитому городу, основанному Александром Великим, французская флотилия из 293 кораблей и судов приблизилась вечером 30 июня. И хотя Брюэйс предлагал подождать до утра, Наполеон отдал приказ высаживаться немедленно. Свое решение он мотивировал так: «Адмирал, нам нельзя терять времени. Фортуна дает мне только три дня; если я ими не воспользуюсь, то мы погибнем».

Хотя при отсутствии противодействия со стороны египтян высадка была чисто технической операцией, проходила она нелегко и долго: лодки переворачивались, 20 человек утонуло, часть лошадей пришлось сбрасывать в море, а потом тащить их до земли за лодками. Только к восьми часам утра высадка была закончена и подразделения пехоты оказались в небольшом рыбачьем поселке Марабу, в нескольких километрах от Александрии. Сам Наполеон вступил на землю фараонов в час ночи 2 июля. Утром, рассмотрев город в подзорную трубу, он не стал дожидаться артиллерии и кавалерии, а построил пехотинцев в колонны и без единой пушки сразу бросил их на штурм города.

К вечеру 2 июля после нескольких часов перестрелки и дерзких атак, проведенных под руководством генералов Мену, Клебера и Бона, Александрия была взята. Во время ее штурма погибли 15 человек и 60 были ранены, в том числе и генералы Мену и Клебер.

О дальнейших шагах Наполеона можно узнать из рассказов очевидцев, в частности Бертье: «Как только Бонапарт сделался владетелем Александрии, так приказал транспортные суда ввести в порт города и приступить к выгрузке лошадей, амуниции и других предметов, на них находящихся». Затем последовала «продолжительная и трудная выгрузка с военных судов артиллерии», поскольку те не могли войти в порт и остановились на расстоянии от него.

Несмотря на сопротивление, оказанное французским войскам, город разграблен не был. Бонапарт, вообще считавший, что «грабеж обогащает немногих, бесчестит всех, уничтожает ресурсы и делает нашими врагами тех, чье благорасположение нам нужно», тем более не мог допустить осквернения любимого детища Александра Великого. У него были большие виды на этот город, который, по его мнению, при правильном управлении может достичь блестящего расцвета, что оставит далеко позади такие крупнейшие центры, как Париж, Лондон, Рим и Константинополь.

Во время пребывания в Александрии Наполеон занимался решением административных проблем и созданием системы управления. Обо всем этом А. Ю. Иванов пишет следующее: «Он быстро договорился с местными арабскими племенами. Их вожди подписали договор, по которому обязались держать открытой дорогу из Александрии в Даманхур для армии и отдельных лиц, представить в 48 часов 300 лошадей по цене в 240 ливров за животное и 500 дромадеров (одногорбых арабских верблюдов) по цене в 120 ливров, сдать в наем тысячу быстроходных верблюдов с погонщиками и вернуть взятых в плен французов. Бонапарт разделил с вождями трапезу и выдал задаток. Он провел в Александрии почти неделю и поручил шейхам и именитым гражданам “управление и суд”».

Захватив Александрию, Наполеон вторгся во владения египетских мамелюков (мамлюков) и решительно потревожил периферию Оттоманской империи, каковою в то время являлся Египет. Но если турецкий султан отнесся к его экспедиции терпимо, то мамелюки, характеризовавшиеся современниками как люди «жадные, безбожные и мятежные», отдавать свою власть пришельцам не желали. Они и Порте подчинялись лишь формально. Мамелюки (что в буквальном переводе означало «невольники») поначалу были воинами-рабами, из которых в XIII веке состояла гвардия египетского султана. В 1250 году они свергли династию Айюбидов и основали свою – династию мамелюкских султанов, которая правила Египтом до завоевания его турками. Но, даже признав верховенство Турции и платя дань Константинополю, эта военно-феодальная аристократия сохранила фактическое господство в Египте. Ко времени египетской экспедиции Наполеона страной правили два соправителя – Мурад-бей и Ибрагим-бей, с которыми французскому генералу еще предстояло встретиться.