Волей-неволей пришлось соглашаться на брак Жанны с Антуаном Бурбоном. Он был представителем младшей ветви королевского дома Франции. Род Бурбонов брал свое начало от Робера де Клермона, шестого сына Людовика Святого. На протяжении трех столетий, отделявших его от своего родоначальника, этот род ничем особенно не блистал, при этом неизменно сохраняя верность королю. Старшая ветвь Бурбонов трагически пресеклась в лице печально знаменитого коннетабля Бурбона, которого Франциск I, несколько вольно истолковав традиционное феодальное право, обвинил в измене и лишил владений, должностей и титулов. Младшая ветвь, Вандомы, сохранила свои владения. Она была тогда представлена тремя братьями — старшим Антуаном, избранником Жанны д’Альбре, и двумя младшими — принцем Конде, родоначальником славной фамилии, и лицом духовного звания, будущим кардиналом Бурбоном, которому позднее, в 1589 году, суждено было стать претендентом на престол — эфемерным королем Карлом X.

Антуан Бурбон был на десять лет старше Жанны, но она с первого взгляда влюбилась в этого элегантного кавалера. Правда, сам Антуан, принц без земли и денег (его основные владения тогда были разорены войной или оккупированы испанцами — еще продолжалось затяжное противоборство Франции с Габсбургами, вошедшее в историю под названием Итальянских войн), прежде чем согласиться на брак, счел нужным удостовериться при помощи врачей, что его суженая после брачной комедии с герцогом Клевским сохранила свою невинность. Наконец, все препятствия были устранены, вольное или невольное согласие сторон получено, и 20 октября 1548 года в Мулене отпраздновали, хотя и довольно скромно, свадьбу Жанны д’Альбре и Антуана Бурбона.

Реакция мадридского двора на это событие последовала незамедлительно. Испанцы на свой лад поздравили новобрачных, решив, что, поскольку Жанна вышла замуж за французского принца, часть Наваррского королевства, расположенная к югу от Пиренеев, никогда не будет принадлежать ей. Карл V созвал в Памплоне ассамблею представителей сословий Наварры, пожаловавших его сыну Филиппу титул короля Наваррского, что было закреплено проведением надлежащего обряда коронации.

Вопреки ожиданиям многих первые годы супружества Жанны д’Альбре и Антуана Бурбона оказались на редкость счастливыми. Жанна по-настоящему влюбилась в Антуана, и он на первых порах отвечал ей взаимностью. Наутро после их свадьбы король Генрих II с обычной при французском дворе фривольностью заметил: «Никогда не видел более счастливой новобрачной, чем эта. Она все время смеется. Думаю, она испытала не слишком сильную боль». В облике и поведении Жанны тогда еще ничего не было от той суровой и непреклонной гугенотки, какой она со временем станет.

После свадьбы новобрачные отправились навестить мать Антуана Франсуазу д’Алансон, доживавшую свои дни в замке Вандом. Она не сочла нужным появиться в Мулене, хотя и была заблаговременно уведомлена о предстоящей свадьбе. Странности поведения старой дамы хотя и не омрачили ее свидания с сыном и невесткой («Не поверю, что вы женаты, пока не увижу вас в одной постели», — вместо приветствия заявила она), однако сделали недолгим их совместное пребывание. Вскоре молодые уже были при французском дворе в Сен-Жермен-ан-Лэ, чтобы присутствовать на свадьбе отвергнутого Жанной претендента на ее руку — герцога Франсуа Гиза, вступавшего в брак с внучкой короля Людовика XII, Анной д’Эсте. Для него это был весьма завидный брачный союз, и устроенные по этому случаю свадебные торжества своей пышностью резко контрастировали со скромным бракосочетанием в Мулене. Звезда Гизов восходила, тогда как семейство д’Альбре явно не было в фаворе у Генриха II. В начале 1549 года Жанна и Антуан вместе с Маргаритой Наваррской прибыли в Беарн.

Для них начался период долгих расставаний и бесконечных переездов, что в те времена было общей участью представителей высшей знати. На севере Франции возобновились военные действия, и Антуан отправился в Пикардию, губернатором которой являлся, чтобы командовать войсками. Совместное проживание супругов стало весьма затруднительным, поскольку Генрих II косо смотрел на то, чтобы его племянница разъезжала по военным лагерям и гарнизонам. Однако любовный пыл новобрачных помогал им находить выход из положения. Жанна следила за новостями о ходе кампании, и как только представлялся удобный момент, она стремительно приближалась к театру военных действий, чтобы быть готовой тайком ответить на зов своего супруга. Так были зачаты их первые дети. 21 сентября 1551 года в замке Куси, на севере родовых владений Бурбон-Вандомов Жанна родила своего первенца. В честь деда Генриха д’Альбре его нарекли Генрихом с титулом герцога де Бомон. Незадолго перед тем королева Франции Екатерина Медичи произвела на свет своего третьего сына, будущего короля Генриха III.

Маргарита Ангулемская, королева Наварры, не дожила до появления внуков. Она скончалась 21 декабря 1549 года в замке Одо в одиночестве, вдали от дочери, которая не проводит в последний путь и своего отца, и супруга, да и сама скончается в разлуке с сыном и дочерью, среди чужих людей. Ненамного пережила Маргариту и мать Антуана Франсуаза д’Алансон, завершившая земной путь в замке Вандом, тоже вдали от родных. В ожидании приезда сына ее тело несколько месяцев не предавали земле, пока Антуан, охваченный суеверным страхом (как полагали, непогребенный покойник служил причиной несчастий), но так и не собравшийся отдать последние почести матери, не распорядился похоронить ее.

В 1552 году Антуан участвовал в славном походе, обеспечившем Франции обладание важной крепостью Мец, после чего возвратился в Артуа, где его ждала Жанна. В том же году, в декабре, он отличился при взятии у имперцев крепости Эден, о чем незамедлительно сообщил в письме Жанне, находившейся в городе Ла-Флеш, в замке, недавно отстроенном ее свекровью. Супруга незамедлительно выехала навстречу ему в сопровождении небольшой свиты, и в середине марта 1553 года состоялась их встреча в Аббевиле, в особняке д’Альи, который любезно предоставила им Мария д’Альбре, графиня де Ретель. Там, как говорят, был зачат будущий король Генрих IV. По крайней мере, сам он так считал: в 1594 году он заявил мэру Аббевиля, что его зачали в этом городе. Правда, и город Ла-Флеш претендует на то, что именно ему была оказана столь высокая честь, однако без достаточных оснований: он лишь принимал у себя спустя несколько недель уже беременную Жанну.

В конце весны она известила отца о предстоящих очередных родах. Генрих д’Альбре, мечтавший о сыне-наследнике (сын был, да во младенчестве умер), никогда не испытывал нежных чувств к дочери, платившей ему той же монетой. Но теперь как будто что-то изменилось. Черствое сердце старика смягчилось, и он пригласил дочь в свою резиденцию Мон-де-Марсан, дабы там, в непосредственной близости от него, рожать. Жанна была не против. С некоторых пор она стала опасаться, как бы отец не умалил ее наследственные права. Поговаривали даже, что после кончины супруги Маргариты он намеревался снова вступить в брак, в котором могли появиться претенденты на наследство. И это помимо его «дам», которых он мог излишне щедро одарить в своем завещании. Жанна рассчитывала на то, что, родив отцу в его имении внука, она сможет расположить его к себе. Однако Антуан решительно воспротивился этому. Продолжавшиеся военные действия не позволили бы ему отлучиться на достаточно продолжительный срок, чтобы присутствовать при родах жены в Мон-де-Марсане, отстоявшем от линии фронта на слишком большом расстоянии. Вместо этого он предложил Жанне как место для родов Ла-Флеш или Вандом. Вполне вероятно, что при этом у него был тайный умысел: он хотел, чтобы ребенок появился на свет во владениях Бурбонов, а не Альбре. В порядке компенсации тестю он попросил, чтобы Жанна пригласила его в Вандом, где бы он мог с приятностью проводить время на любимой им соколиной охоте.

Но тут произошло событие, не только заставившее Антуана переменить свое решение, но и круто изменившее судьбу еще не родившегося младенца. 20 августа 1553 года при весьма необычных обстоятельствах скончался первенец Антуана и Жанны Генрих, герцог де Бомон. В свое время они, вечно проводившие свою жизнь в разъездах, передали его на попечение Эме де Лафайет де Силлери, бывшей компаньонке Маргариты Наваррской, которая вывела ее в своем «Гептамероне» под именем Лонгарины. Жанна, проводившая в ее компании печальные годы в Плесси-ле-Тур, тоже питала к ней самые добрые чувства. Однако эта старая дама имела одну причуду: она так маниакально боялась холода, что даже в летнюю жару куталась сама и велела слишком плотно пеленать ребенка. При этом двери и окна комнат всегда были наглухо закрыты, так что внутрь не проникало ни малейшее дуновение свежего ветра. В свое оправдание она говорила, что лучше потеть, чем дрожать от холода. Лично ей это, возможно, и помогало выжить, однако маленький герцог де Бомон задохнулся в своих пеленках.