Эти события почти не находили отклика в Беарне, где хватало собственных забот. По возвращении из Парижа Жанна д’Альбре обнаружила, что в ее владениях зреет недовольство. Одни возмущались тем, что в отсутствие королевы Наваррской Монлюк настойчиво пытался провести контрреформацию, тогда как другие, напротив, роптали из-за чрезмерно строгих реформационных мер, принимавшихся назначенными Жанной и действовавшими по ее распоряжению исполнителями. Еще в июле 1566 года ею были подписаны ордонансы, запрещавшие чрезмерно (как полагала она, не привыкшая шутить, когда дело касалось религиозной морали) жизнерадостным подданным богохульствовать, пьянствовать, путаться с девицами легкого поведения и даже исполнять народные танцы вокруг майского дерева в общественных местах. Строго-настрого запрещались попрошайничество и продажа игральных карт. Церковные бенефиции перешли в распоряжение протестантов или использовались для оказания помощи неимущим. В нарушение Амбуазского эдикта, вменявшего в обязанность терпимо относиться к обеим религиям, был взят курс на полное искоренение католицизма в Беарне, однако поскольку приверженцы кальвинизма составляли меньшинство его населения (главным образом это была буржуазия, весьма малочисленная в этом сельском краю), этому ожесточенно противились народные массы, подстрекаемые католическим духовенством, лишившимся своих приходов и прочих благ.

Так возник заговор, инспирированный испанскими агентами и поддержанный частью местного дворянства. Жанна д’Альбре была уверена, что к этому приложила свою руку и Екатерина Медичи. Целью заговорщиков являлся захват королевы с ее детьми и изгнание протестантских проповедников. Жанна узнала об этом, когда направлялась на лечение термальными водами. Будучи противницей кровопролития, она сумела на этот раз расстроить планы заговорщиков, не прибегая к насилию, однако вскоре ей довелось столкнуться с мощной оппозицией со стороны депутатов сословного собрания Беарна. В Наварре, даже в ее французской части, традиционно было сильно испанское влияние, поэтому и там поднялось мятежное дворянство. Жанна попыталась усмирить смутьянов, послав против них вооруженный отряд, который, однако, не только не сумел исполнить ее приказ, но и лишился своего предводителя, попавшего в плен к мятежникам.

И тогда она послала в бой своего сына. Это была первая военная кампания юного Генриха Наваррского, которому тогда исполнилось всего 14 лет. В феврале 1568 года он выступил в поход, имея при себе помощником месье де Грамона, гугенота с весьма неопределенными убеждениями. Глава одного из самых знатных семейств Нижней Наварры, Грамон являлся наследственным мэром Байонны и в качестве генерального наместника управлял Беарном во время отсутствия королевы. Теперь генеральным наместником Наварры и Беарна был ее сын Генрих. В своем распоряжении он имел сравнительно немногочисленный отряд из беарнских дворян и справился с заданием без особого труда, поскольку мятежники рассеялись, не вступая в бой. Ему будто бы удалось уговорить их, прежде чем пришлось пустить в ход пушки: нескольким захваченным в плен бунтовщикам было поручено убедить своих сотоварищей сложить оружие, и победа, одержанная принцем Наваррским, оказалась полной. Возвратившись в По, он собрал народ и велел генеральному прокурору Беарна произнести на местном диалекте речь, в которой утверждалось, что ни принц, ни его мать не имеют намерения посягать на права, обычаи и свободы своих подданных, а главное — на их традиционные верования. Это было всё, чего добивались беарнцы, ответившие возгласами одобрения на обращение «своего Генриха», которого многие еще помнили босоногим мальчишкой.

Мир в Лонжюмо, подтверждавший все данные гугенотам уступки, вопреки надеждам Екатерины Медичи не успокоил мятежный дух ее подданных, но лишь на время оттянул очередную вспышку насилия. Впрочем, она и сама понимала это, не питая ни малейших иллюзий. Многим казалось удивительным, что она не держала (или по крайней мере не выражала) обиды на Жанну д’Альбре, которая вероломно покинула ее и проводила у себя в Наварре политику, шедшую вразрез с принятыми во Французском королевстве постановлениями. Снисходительность Екатерины (она даже давала понять Жанне д’Альбре, что та могла бы играть роль арбитра для обеих враждующих группировок) истолковывали по-разному, в том числе и приписывая ее слабости королевы-матери, что было совершенно ошибочно: не идя на прямой разрыв с наваррской гугеноткой, она действовала против Испании, всегда готовой приголубить обиженных владетелей Наварры и Беарна. Кроме того, она играла на чувстве династической верности Жанны, но еще больше была заинтересована в принце Наваррском, сожалея о том, что потеряла столь ценного заложника. О пророчестве Нострадамуса она не вспоминала, по крайней мере до поры до времени. В 1568 году ее посланник Ла Мотт-Фенелон настойчиво уговаривал Жанну вернуться вместе с детьми ко французскому двору. Кажущееся потепление в отношениях между королевами Генрих Наваррский использовал для того, чтобы потребовать для себя полного права на исполнение должности губернатора Гиени и, соответственно, отстранения от дел навязанного ему в годы малолетства заместителя в лице ненавистного Монлюка. Однако Жанна д’Альбре не желала ничем поступаться, и Екатерина Медичи сменила тактику.

В том же 1568 году, всего лишь несколько месяцев спустя после мира в Лонжюмо, разразилась третья Религиозная война. Католики, вдохновившись жесткими мерами, принятыми герцогом Альбой в Нидерландах, решили не таить более своей нетерпимости в отношении гугенотов и перейти в открытое наступление против них. Екатерину Медичи при этом не пришлось долго уговаривать. Возможно, ей вспомнилось, что советовал Альба во время их встречи в Байонне: надо обезглавить гугенотскую оппозицию. Конде и Колиньи сочли за благо укрыться в лесах Центрального массива, однако шпионы Екатерины и там не спускали с них глаз. Королевские отряды под командованием Гаспара Таванна получили приказ задержать обоих предводителей протестантов, однако случайно перехваченная записка содержала плохие для них новости: 23 августа 1568 года адмирал Колиньи, Конде с беременной женой и семьи находившихся в их окружении гугенотов под защитой нескольких сот солдат двинулись в направлении Ла-Рошели, главного оплота французского кальвинизма. Беглецам удалось переправиться через Луару, и 19 сентября они достигли своей цели, причем по пути их отряд существенно пополнился сторонниками. Принимались необходимые меры, чтобы выдержать долгую осаду в Ла-Рошели. Город, защищенный с суши крепостными стенами и открытый со стороны океана для судов, спешивших ему на помощь из Англии, на много десятилетий превратился в автономную державу, вдохновляемую женевским вероучением и не подчиненную центральной королевской власти.

Развернувшиеся события самым непосредственным образом затронули юного Генриха Наваррского: Екатерина Медичи распорядилась включить его вместе с Жанной д’Альбре в список тех, кого предполагалось арестовать. Верхом вероломства было то, что с этой целью она направила в По Жана де Лoса, того самого католического наставника юного Генриха, которого Антуан Бурбон в свое время назначил вместо Ла Гошри. Ему было поручено интернировать королеву Наваррскую и любым способом (уговоры, обещания, хитрость и даже прямое насилие) доставить Генриха ко двору. Однако де Лос из-за прохватившего его поноса задержался с выполнением полученного задания, и Жанна с сыном воспользовались этой задержкой: покинув По, они направились в Нерак, куда и прибыли 29 августа 1568 года. Туда же стекались и стихийно формировавшиеся для их защиты вооруженные отряды гугенотов. В Нераке Жанна узнала, что Конде и Колиньи отправились в Ла-Рошель, и она приняла важное решение, значение которого выходило за рамки чисто конфессионального вопроса, — присоединиться к Конде и Колиньи, что означало мятеж против короны и участие в гражданской войне.

Ввязавшись в вооруженный конфликт, королева Наваррская встала во главе французской Реформации, дабы защищать протестантизм, а вместе с тем и права принцев крови, прежде всего — своего сына. Главными противниками были объявлены окружавшие королеву-мать чужеземцы — лотарингцы Гизы и итальянцы. Религиозная война приобретала, таким образом, патриотический оттенок. Из королевских эдиктов, направленных на умиротворение страны, признававших определенные права как за католиками, так и протестантами, делался вывод о праве принцев решать, какого вероисповедания будут придерживаться их подданные, по примеру Священной Римской империи германской нации, в которой уже более десяти лет действовал принцип «Cujus regio, ejus religio» — «Чья страна, того и вера».