В январе 1237 года Фридрих сместил герцога Фридриха Воинственного, сделал Вену имперским городом и поставил герцогства Австрию и Штирию «под защиту империи». Эти большие территории без сомнения должны были присоединиться к личному имуществу Штауфенов. Однако герцог Фридрих не дал побить себя окончательно, как это вскоре выяснилось.

В феврале в Вене начался последний придворный совет Фридриха II на немецкой земле. Многочисленные германские князья избрали девятилетнего Конрада своим королем и будущим императором, не требуя за это каких-либо привилегий. Коронации Фридрих не допустил, помня о свое горьком опыте с Генрихом (VII). В Германии мог править только его представитель. В качестве регента был назначен архиепископ Майнцский, которого в 1242 году сменил ландграф Генрих Распе Тюрингский.

Из выборного декрета можно увидеть, насколько сильно Штауфены ощущали себя римскими императорами, а своих князей – римским сенатом, который тогда и поныне выбирался кайзером. Германия же была лишь далекой страной Germania (не только потому, что обозначалась этим латинским словом), которая должна была поставлять цезарю войска. Именно в этой манере император переехал весной 1237 года в Шпейер, где на Троицу прочие германские князья должны были подтвердить выбор Конрада. Лето он провел в Германии, чтобы с помощью мощного вооружения подготовить решающий удар против Ломбардской Лиги. В августе у реки Лех собралось новое войско, с которым Фридрих II в последний раз перешел через Альпы на юг, где навсегда остался вдали от немецких крестьян и городов.

В исторических трудах нашего времени написано, что междуцарствие началось в 1256 году со смертью германского короля Вильгельма Голландского и закончилось в 1273 году выборами короля Рудольфа Габсбурга. По ранее очень известной балладе Фридриха Шиллера это время сегодня иногда называют «ужасным временем без императора». Но на римско-германский императорский трон Рудольф возведен никогда не был. Противоречие? Только видимое. В латинском «канцелярском языке» средневековья слово «regnum» означало правление как короля, так и императора, даже если последнее значение с 12 века принял на себя термин «imperatura». Со времен короля Конрада III (1138-52) выборы короля без папского благословения обозначались словом «imperatura» (восприятие всех императорских прав и обязанностей в области правления германского короля). Такие «избранные» короли были и во времена междуцарствия, но эти иноземцы, являвшиеся подставными лицами постепенно ставших «курфюрстами» имперских князей, были не в состоянии плодотворно нести бремя королевской власти в Германии, поэтому отсутствие настоящей центральной власти народ ощущал как междуцарствие.

В предисловии было замечено, что значению императора Фридриха II для немецкой истории должно быть уделено особое внимание. В соответствии с этим борьбу последнего великого Штауфена против папства нужно рассматривать «со стороны Германии» – именно там вскоре после триумфа Фридриха началось «ужасное время без императора». Далекий император – таким, собственно, Фридрих II всегда был для страны (или лучше будет сказать стран?) между Одером, Эйдером, Рейном и Дравой. После 1239 и сразу после 1245 года, когда он во второй раз был отлучен от церкви и в конце концов даже торжественно низложен на церковном соборе, княжеская папская партия смогла обжаловать даже этот нелицеприятный статус. Для многих жителей рейнских епископств и позднее Тюрингии, где регент-предатель Генрих Распе в 1246 году объявил себя германским королем, начался период «междуцарствия» с ужасами крестьянской войны и бесчисленными междоусобицами 40-х годов. В августе 1237 года император повел свои войска через перевал Бреннер, возбуждая ревностное любопытство народа и уважение всех имперских князей. Он шел, чтобы наконец поставить на колени ломбардских смутьянов. Никто еще не знал тогда, что вместе с этой кампанией вступила в свою завершающую фазу последняя из всех «имперских войн» старого времени, нашедшая поддержку всех князей. Так же мало думали в Германии о том, чтобы расстаться с императором навсегда. Была ли судьба Генриха (VII) была постоянным напоминанием отцу о том, что необходимо лучше защищать последнего законного наследника трона, Конрада, от интриг непостоянных князей, чем в свое время оберегал первенца, раздираемого между желаниями и возможностями?

Уже через несколько недель после начала похода казалось, что мечта Фридриха об окончательной победе своего мирового господства удивительно быстро становиться реальностью. Мог ли этот талантливый государственник не вернуться домой, а начать модернизацию своего отсталого северного феодального государства по сицилийскому образцу? При таком раскладе существующее соотношение власти во всяком случае можно было бы рассмотреть подробнее. В конце концов император сам помешал своему возвращению.

После небольших военных успехов в окрестностях Мантуи, сдавшейся без боя, Фридрих повернул на север, против более важной для него Брескии. Там под прикрытием городских стен стояло десятитысячное войско Ломбардской Лиги, поэтому атака двух- или пятитысячной армии императора вряд ли бы увенчалась успехом. В этом неблагоприятном положении помог один рафинированный маневр. Сначала Фридрих отманил ломбардцев (по большей части миланских рыцарей и пехоту) прочь от Брескии, притворяясь, будто бы он хочет отправиться в Кремону на зимние квартиры. Недоверчивые горожане следовали за ним сперва на безопасном расстоянии, но когда подразделения дружественных итальянских городов покинули императорское войско в южном направлении, миланцы поверили, что могут на несколько месяцев снова вернуться к обычной жизни. Ничего не подозревая, они переправились через одну из охраняемых рек и встали лагерем у Кортенуова (на юго- восток от Бергамо). Там 27 ноября 1237 года на них напала гвардия Фридриха – немецкие рыцари и сарацинские лучники. Те, кто сначала мог спрятался под стенами города и попытаться бежать ночью, на рассвете были настигнуты рыцарями Фридриха. Тысячи людей лишились жизни, более 1000 рыцарей и 3000 пехоты попали в плен, среди них предводитель войска Ломбардской Лиги, Пьетро Тьеполо, подеста (бургомистр) Милана, сын дожа Венеции.

Битвой при Кортенуова, одним из самых крупномасштабных сражений Средневековья, ломбардская война, казалась, закончилась. Многие города Лиги присягнули на верность победителю. «Наследный враг» Гогенштауфенов, Милан, на первых мирных переговорах объявил себя готовым признать императорского чиновника в качестве верховного судьи города и предоставить заложников порукой своему благопристойному поведению в будущем.

Без сомнения, в дальнейших переговорах Фридрих II мог бы достигнуть и большего. Его дедушка, Фридрих Барбаросса, при заключении компромиссного мира в Констанце в 1183 году удовлетворился формальным назначением избранных городских советов – при дальнейшем сохранении городских свобод. Он сделал это, чтобы окончить истощающую силы войну и обратиться к достижению других целей. Мысль о бесчисленных унижениях его болезненной императорской гордости своевольными городами побудила внука забыть все заветы политического разума. Как античный полководец, «непобедимый Цезарь», он праздновал в Кремоне свою победу, въезжая триумфатором в город. На спине слона возвышался столб, к которому был привязан предводитель миланцев в окружении поверженных ломбардских знамен. Множество пленных, а также неисчислимые трофеи были также выставлены на показ. Следуя античной традиции, Фридрих отослал знамена в Рим, где они заняли почетное место в Капитолии, как зримый символ настоящего могущества римского императора, а также в качестве зловещего предзнаменования для Папы. В этом ключе Фридрих вел переговоры с Миланом. Город должен был сдаться на милость победителя. Порой Фридрих II охотно демонстрировал свою щедрость перед просящими, однако вместе с тем случалось и так, что он действовал с чудовищной жестокостью, и теперь не было никакого сомнения – им овладела жажда мести. Имея это в виду, миланцы в конце концов заявили Фридриху, что предпочитают умереть с мечами в руках, чем от голода, огня или под топором палача, после чего прервали переговоры. Был упущен единственный шанс посредством всеобщего мира лишить Ватикан его важнейших союзников.