Уже 12 октября 1946 года министр госбезопасности Виктор Абакумов направил в ЦК записку. "О националистических проявлениях некоторых работников ЕАК". Подобная акция не могла быть предпринята без предварительной санкции Сталина. Начались аресты евреев, от которых выбивали показания об антисоветской и националистической деятельности ЕАК. В конце 1947 года родственница первой жены Сталина К.А. Аллилуева показала, что ее знакомый историк И.И. Гольдштейн настроен антисоветски. От Гольдштейна получили показание на его знакомого З.Г. Гринберга, который в свою очередь, был знаком с Михоэлсом. Тот был арестован в конце 1948 года и после интенсивного допроса показал, будто Михоэлс в 1946 году говорил ему о намерении использовать для создания Еврейской республики брак дочери Сталина Светланы с евреем Григорием Морозовым. Из Гринберга выбили также показания, будто Михоэлс проявляет повышенный интерес к личной жизни вождя, что было расценено как умысел на теракт. Сталин распорядился немедленно уничтожить Михоэлса. 13 января 1948 года великий режиссер и актер глава ЕАК Соломон Михоэлс был убит в Минске сотрудниками МГБ. Убийство было инсценировано как несчастный случай — наезд грузовика, но тотчас распространились слухи, что Михоэлса убило. Чтобы перевести стрелки, МГБ само запустило слух, что режиссера убили "польские фашисты" (эта версия звучала и на процессе 1952 года). Михоэлса, из-за его популярности в стране и мире, решили убить тайно, без суда.
26 марта 1948 года Абакумов представил в ЦК и Совмин записку, где утверждал, что руководители ЕАК ведут антисоветскую и шпионскую работу в пользу американской разведки.
20 ноября 1948 года Политбюро приняло постановление о роспуске ЕАК. Был также закрыт Еврейский театр, другие еврейские культурные учреждения и органы печати. В конце 1948 — начале 1949 года были арестованы почти все фигуранты процесса 1952 года, а также ряд других евреев из числа деятелей науки, культуры си номенклатурных руководителей среднего звена. Следователям быстро удалось получить требуемые показания от секретаря ЕАК Фефера, на которых и строилось все обвинение. Но дело затянулось на три с лишним года. Дело, вероятно, было в том, что наверху никак не могли выработать сценарий будущего процесса. К тому же в июле 1951 года был арестован Абакумов, в связи с чем сменилась команда следователей. Ряд подследственных так и не признал своей вины. Открытый же процесс имел смысл только в том случае, если бы удалось убедить в виновности членов ЕАК хотя бы часть мировой общественности. Обвинения же были просто смехотворны. Пересылавшиеся за границу пропагандистские материалы, в том числе и предназначенные для знаменитой "Черной книги" о геноциде против евреев, выдавались за шпионские сведения, а частные разговоры о растущем проявлении антисемитизма в СССР пи о возможности формирования еврейской дивизии для участия в Великой Отечественной войне, а затем — для борьбы с арабами в Палестине, — за антисоветскую деятельность. Процесс сделали закрытым. Еще до начала суда, 3 апреля и1952 года, новый глава МГБ Сергей Игнатьев представил Сталину проект приговора. Всех подсудимых предлагалось расстрелять, кроме академика Лины Штерн, крупного физиолога. Ее планировалось сослать на 10 лет. Сталин приговор утвердил, снизив срок ссылки Штерн до 5 лет.
На суде не признали своей вины Лозовский, Шимиелович, Брегман и Маркишд Последний, впрочем, поддержал обвинения против других членов ЕАК в национализме и антисоветской деятельности, напомнив, что еще в 1944 году подал донос в парторганизацию Совинформбюро о националистической и контрреволюционной деятельности руководства ЕАК. Но это его не спасло, равно как и активно сотрудничавшего со следствием и судом Фефера. Он, как и Юзефович, заявил, что был секретным осведомителем органов госбезопасности, что, однако, не избавило несчастных от казни.
Задержка с приведением приговора в исполнение, возможно, объяснялась тем, что параллельно готовилось еще несколько процессов над евреями, в том числе по печально знаменитому "делу врачей". Одним из фигурантов должна была стать Полина Жемчужина, сосланная в феврале 1949 года. В конце 1952 года ее доставили в Москву. Вероятно, и Молотова собирались сделать одним из обвиняемых. Членов ЕАК могли оставить в живых как будущих свидетелей. Лозовский как-никак был заместителем Молотова. Но Сталин в конце концов решил несчастных расстрелять, полагая, что в будущих процессах обойдется без них. Процессы над еврейскими "буржуазными националистами" призваны были помочь утверждению русского имперского сознания, которое Сталин рассчитывал использовать для укрепления своей власти. Кроме того, евреи должны были стать козлами отпущения за все трудности послевоенной жизни. Лишь смерть вождя помешала постановке новых политических процессов.
После смерти Сталина Берия добился реабилитации кремлевских врачей и лишения наград офицеров МГБ, убивших Михоэлса. Он также предложил реабилитировать осужденных по делу ЕАК, но дело застопорилось из-за его ареста. Реабилитировали членов ЕАК только 22 ноября 1953 года. Военная Коллегия Верховного Суда постановила, что "некоторые из осужденных в период работы в ЕАК присваивали себе не свойственные им функции: вмешивались от имени Комитета в разрешение вопросов о трудоустройстве лиц еврейской национальности, возбуждали ходатайства об освобождении заключенных евреев из лагерей, а также в своих отдельных литературных работах, письмах и разговорах иногда допускали суждения националистического характера. Воспользовавшись этим, Абакумов и его сообщники возвели эти действия… в государственные контрреволюционные преступления". Коллегия отменила приговор "за отсутствием состава преступления". Постановление не было опубликовано, дабы не дать пищу "сионистам", и сваливала всю вину на уже расстрелянного Абакумова, поскольку открытая критика Сталина еще не началась. Лишь по возвращении в печать имен Михоэлса, Квитко, Фефера и других расстрелянных люди могли судить об их реабилитации.
"Борьба с космополитами" неожиданно принесла Берии определенные выгоды. Абакумов совершил роковую ошибку, запытав до смерти в камере-холодильнике одного из "врачей-вредителей", Якова Гиляровича Этингера, личного врача Берии, кстати сказать. Этингер скончался 2 марта 1951 года. 4 июля 1951 года Абакумов был снят с поста министра госбезопасности, а 12 июля арестован. Расследовавшая деятельность Абакумова комиссия в составе Маленкова, Берии, М.Ф. Шкирятова и С.Д. Игнатьева констатировали: "В ноябре 1950 года был арестован еврейский националист… врач Этингер. При допросе старшим следователем МГБ т. Рюминым арестованный Этингер, без какого-либо нажима (избиения резиновыми дубинками серьезным средством давления, разумеется, не считали. — /Б. С./), признал, что при лечении т. Щербакова А.С. имел террористические намерения в отношении его и практически принял все меры к тому, чтобы сократить его жизнь. ЦК ВКП(б) считает это признание Этингера заслуживающим серьезного внимания. Среди врачей несомненно существует законспирированная группа лиц, стремящихся при лечении сократить жизнь руководителей партии и правительства (стареющий Сталин все чаще задумывался о смерти и подозревал, что кто-то из докторов может искусственно укоротить его век. — /Б. С./). Нельзя забывать преступления таких известных врачей, совершенные в недавнем прошлом, как преступления врача Плетнева аи врача Левина, которые по заданию иностранной разведки отравили В.В. Куйбышева и Максима Горького (Вячеслав Менжинский и Максим Пешков в перечне выпали из-за малозначительности этих фигур с точки зрения начала 50-х. — /Б. С./)… Однако министр государственной безопасности Абакумов, получив показания Этингера о его террористической деятельности… признал показания Этингера надуманными и прекратил дальнейшее следствие по этому делу… Таким образом, погасив дело Этингера, Абакумов помешал ЦК выявить безусловно существующую законспирированную группу врачей, выполняющих задания иностранных агентов по террористической деятельности против руководителей партии и правительства…"
