Пользуясь невозможностью режима Чан Кайши оказать Шен Ши Цаю серьезную военную помощь, оппозиционные силы, при поддержке СССР, начали восстание, в ходе восстания китайские войска были полностью изгнаны с трех округов Синьцзяна — Илийского, Алтайского и Тарбагатайского. Шен Ши Цай был свернут (в 1948 году он погиб при невыясненных обстоятельствах).

12 ноября 1944 года в городе Кульдже была образована «Восточно-Туркестанская республика» (ВТР). Руководство правительства ВТР во главе с муллой Алихан-Тюре (Алихан Тура Сагони), узбеком по национальности, организовавшим в 1943 году в Кульдже «Организацию свободы Восточного Туркестана», было настроено антикитайски и промусульмански. 5 января 1945 года на четвертом заседании Временного правительства ВТР был принят «Манифест 9 пунктов», согласно которому: на территории Восточного Туркестана ликвидировалось господство китайцев; на территории Восточного Туркестана создавалась суверенная республика с равенством всех национальностей; провозглашалась необходимость развития промышленности, сельского хозяйства, животноводства, частной торговли, повышение материального благосостояния народа; поддержка ислама, как религии большей части населения Восточного Туркестана; свобода и защита других религий; развитие культуры, образования и здравоохранения; установление дружественных отношений со всеми демократическими государствами, в особенности с правительством граничащего с Восточным Туркестаном СССР; установление связи с правительством Китая в экономической и политической областях; организация армии из всех национальностей Восточного Туркестана; национализация банков, почт, телеграфа, леса и природных недр; ликвидирование вредных проявлений индивидуализма, бюрократизма, национализма, алчности и коррупции.

После ухода с политической арены Алихан-Тюре (он был арестован советскими органами безопасности, вывезен в СССР и до своей смерти в 1976 году жил в Ташкенте, где написал книгу о пророке Мухаммеде) Временное правительство было реорганизовано, к власти пришли просоветские группы. Армия республики, насчитывавшая около 30 тысяч человек, находилась под советским контролем. В 1944–1946 гг. в Синьцзяне действовала оперативная группа наркомата госбезопасности СССР во главе с начальником отдела специальных заданий генерал-майором Владимиром Егнаровым, его заместителем был начальник 4-го отдела 1-го (разведывательного) управления НКГБ генерал-лейтенант Александр Лангфанг.

Именно в этом неспокойном районе в 1946 году специальным решением Сталина Эйтингону было поручено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности Компартии Китая в подавлении сепаратистского движения уйгуров, которых финансировали и снабжали оружием гоминьдановцы и английская разведка.

Совместно с китайскими коммунистами были образованы диверсионные группы под общим командованием сотрудника разведки Героя Советского Союза полковника Николая Прокопюка. Деятельность советских спецслужб по организации противодействия мятежникам успешно завершилась, К 1949 году уйгурские сепаратисты потерпели поражение.

Эйтингон к началу 1947 года вернулся в Москву.

В Синьцзяне дальнейшие события развивались следующим образом.

К середине 1949 года, к моменту вооруженной победы китайских коммунистов в гражданской войне, позиция СССР изменилась. Москва опасалась создания в Синьцзяне исламского государства, под влиянием Англии и США. Еще ранее под давлением СССР руководство ВТР было вынуждено пойти на соглашение с Мао Цзэдуном, который, как и все лидеры КПК, был противником независимого Синцзяна и допускал лишь его автономию. Тем не менее политические силы, выступавшие за суверенный Восточный Туркестан, сохраняли влияние.

В ходе переговоров было принято решение о направлении делегации Синьцзяна на заседание Политического консультативного совета для обсуждения и принятия совместной программы. Выехавшая для участия в конференции в Пекине 27 августа 1949 года из Кульджи в Алма-Ату возглавляемая бывшим президентом ВТР, заместителем председателя коалиционного правительства Ахметжаном Касими (имеются данные о его пребывании в тюремном заключении в СССР в конце 1930-х годах, после чего он был завербован НКВД и переправлен в Синьцзян) делегация Синьцзяна погибла в авиационном катастрофе на самолете ИЛ-12 в районе Иркутска. В делегацию также входили генералы Исхак-бек и Далельхан, бывший вице-президент ВТР Абдукерим Аббасов (по мнению уйгурских историков, сотрудник советской разведки под псевдонимом «Иран»), переводчик А. Иминов, адъютант Г. Керимов, племянник Касими и советский вице-консул в Кульдже Василий Борисов, которого уйгурские историки считают резидентом НКВД в Синьцзяне. Существует версия, принятая некоторыми уйгурскими историками, что на самом деле члены делегации были доставлены в Москву и там убиты.

По словам Сайфудина Азизи, через несколько дней после отъезда делегации из Кульджи советский консул сообщил ему, что делегация из Алма-Аты вылетела в Новосибирск; затем поступило сообщение о прибытии делегации в Иркутск. Вплоть до 3 сентября никакой информации не было. 3 сентября советский консул вызвал С. Азизи и сообщил полученную из Москвы срочную телеграмму следующего содержания:

Когда делегация ВТР в составе Сайфудина Азизи, Сюй Чжи и Алимжана, выехавшая из Кульджи 8 сентября, прибыла в Иркутск, Азизи встретился с двумя советскими офицерами (полковник и подполковник) «по их просьбе». Как рассказали эти офицеры, самолет с делегацией в течение трех дней находился в Иркутске; на третий день, когда погода улучшилась, он вылетел, но над озером Байкал не смог набрать необходимую высоту из-за сильного урагана и получил приказ вернуться на аэродром. Самолет начал разворот, развернулся на 60 градусов, и связь с ним неожиданно прекратилась. На место предполагаемой катастрофы вылетели поисковые самолеты и в одной из глубоких расщелин обнаружили участок с обгоревшими деревьями. По приказу из Москвы в этот район был направлен поисковый отряд альпинистов, который в течение недели пытался добраться до места гибели самолета, но безуспешно. По словам полковника, они организовали второй поисковый отряд и в ближайшие дни направят его. Как вспоминает Сайфудин, когда они пролетали над этим районом, он видел в бинокль место аварии и «возможно, трупы», лежащие «в значительном удалении от обломков самолета».

На основании этих свидетельств другая часть уйгурских историков считает версию о том, что делегация Касими побывала в Москве, не подтверждаемой никакими свидетельствами. Различные источники, приводимые ими, указывают совершенно разные даты трагедии.

Как бы то ни было, серьезных противников присоединения к Китаю в Синьцзяне не осталось. По соглашению с советским руководством ЦК Компартии Китая принял решение об освобождении Синьцзяна не к середине 1950 года, как планировалось раньше, а к концу 1949 года. 20 октября 1949 года войска Народно-освободительной армии Китая заняли Урумчи. 17 декабря было сформировано Синьцзянское провинциальное народное правительство, в состав которого вошли 9 уйгуров, 3 казаха, 4 китайца, 2 дунгана и по одному представителю от всех других народов. Возглавил правительство Бурхан Шахиди, а его заместителями стали Сайфуддин Азизи и Гао Цзиньчунь (китаец). В 1955 году ВТР прекратила свое существование как независимое государство и стало китайской провинцией — Синьцзяно-Уйгурским автономным районом. Так в середине 1950-х годов, после смерти Сталина, завершился период советского влияния в Синьцзяне. Это совпало с выводом, по решению Хрущева, Советских войск из Маньчжурии и передачей всех баз сухопутных войск и военно-морского флота СССР Китаю.

Неспокойно было и на Западе. С 1944 по 1956 годы не прекращалась партизанская война в Литве. Главной силой была Литовская освободительная армия (ЛЛА), руководимая Верховным комитетом освобождения Литвы.