Нападение Германии на Советский Союз потребовало ускорить формирование специального соединения, способного действовать как на линии фронта, так и в районах, оккупированных войсками противника. 26 июня 1941 года Берия подписал приказ о создании войск Особой группы при НКВД СССР. Начальником группы был назначен Павел Судоплатов (официально его назначение было оформлено приказом по наркомату от 5 июля), заместителями — Эйтингон, Мельников, Какучая. Начальниками ведущих направлений по борьбе с немецко-фашистскими войсками, вторгшимися на территорию Прибалтики, Белоруссии и Украины, стали Серебрянский, Маклярский, Дроздов, Гудимович, Орлов, Киселев, Масся, Лебедев, Тимашков, Мордвинов. Всем службам и подразделениям НКВД вменялось в обязанность оказывать Особой группе содействие людьми, техникой и вооружением для развертывания разведывательно-диверсионной работы в ближних и дальних тылах немецких войск. Главными задачами создаваемой группы были: ведение разведопераций против Германии и ее союзников, организация партизанской войны, создание агентурной сети на захваченных территориях, руководство специальными радиоиграми с немецкой разведкой с целью дезинформации противника.

В конце лета 1941 года формирование Особой группы в составе двух мотострелковых бригад, трех рот и школы специалистов фактически было завершено. Командовал соединением комбриг П. М. Богданов, начальником штаба был назначен подполковник В. В. Гриднев. Начсостав целиком состоял из оперативных работников госбезопасности, командиров пограничных и внутренних войск, преподавателей и слушателей Высшей школы погранвойск, Высшей школы НКВД и других учебных заведений НКВД СССР. Рядовой состав набирался из числа добровольцев — военнослужащих пограничных и внутренних войск, спортсменов Центрального института физкультуры, Центрального дома Красной Армии и общества «Динамо». По решению ЦК ВЛКСМ «О мобилизации комсомольцев в войска Особой Группы при НКВД СССР» в ряды соединения вступили около 800 комсомольцев. Исполком III Коммунистического Интернационала направил в Особую группу значительное число политических эмигрантов — чехов, поляков, испанцев, немцев, австрийцев, болгар, прежде всего из числа бывших интербригадовцев, имевших опыт гражданской войны в Испании.

С июля по октябрь 1941 года соединение дислоцировалось в ближайшем Подмосковье, проводя интенсивную боевую учебу по специальным программам. Но уже в этот период в тыл врага были направлены первые разведывательно-диверсионные отряды. В конце августа 1941 года на оккупированной территории Смоленской, Орловской, Курской, Брянской областей, а также в ряде районов Белоруссии и Украины начали действовать отряды Д. Н. Медведева, А. К. Флегонтова, В. Зуенко, особая спецгруппа и несколько оперативных групп.

В начале октября 1941 года войска Особой группы были переформированы в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения НКВД СССР (ОМСБОН) в составе 1-го и 2-го мотострелковых полков (7 батальонов), четырех отдельных рот (саперно-подрывной, связи, автомобильной, парашютно-десантной), разведывательно-диверсионного отряда, школы младшего начсостава и специалистов. Общая численность бригады составляла 10 500 человек. В октябре 1943 года бригада была переименована в Отряд особого назначения (ОСНАЗ) при НКВД-НКГБ СССР (в некоторых источниках соединение называется Отдельным отрядом особого назначения (ОООН).

С 15 октября 1941 года ОМСБОНом командовал полковник М. Ф. Орлов, бывший начальник Себежского училища войск НКВД, заочник Военной академии им.

М. В. Фрунзе. Комиссаром бригады был чекист А. А. Максимов. После его гибели комиссаром стал депутат Верховного Совета СССР первого созыва, полковой комиссар А. С. Майсурадзе. Руководителями разведки ОМСБОНа были чекист Антуфеев и майор-пограничник Б. К. Спиридонов. 1-м полком бригады некоторое время командовал H. Е. Рохлин. Затем его командиром был назначен подполковник В. В. Гриднев (в 1942–1943 годах он командовал ОМ С БО Ном), комиссаром — старший лейтенант госбезопасности С. И. Волокитин. Командиром 2-го полка стал майор С. В. Иванов, комиссаром — майор С. Т. Стехов.

Перед ОМСБОНом ставились задачи: оказание помощи Красной армии посредством разведывательных, диверсионных, военно-инженерных и боевых действий; содействие развитию массового партизанского движения; дезорганизация фашистского тыла, выведение из строя коммуникаций врага, линий связи и других объектов; осуществление стратегической, тактической и агентурной разведки; проведение контрразведывательных операций.[31]

Боевой деятельностью бригады руководил 2-й Отдел (созданный 3 октября 1941 года на базе Особой группы), а затем — 4-е Управление НКВД во главе с Павлом Судоплатовым.

Структура нового управления была следующей:

4 УПРАВЛЕНИЕ НКВД (133 человек по штату):

Руководство.

Секретариат.

Финансовая группа.

Информационно-учетное отделение.

1 ОТДЕЛ (зарубежный):

Руководство.

Секретариат.

1 отделение (Европейское).

2 отделение (Африка, Дальний Восток).

3 отделение (Ближний Восток, Турция, Иран, Афганистан, арабские страны, Средняя Азия, Закавказье).

4 отделение (работа с военнопленными и интернированными).

2 ОТДЕЛ (территории СССР, оккупированные противником):

Руководство.

Секретариат.

1 отделение (г. Москва и Московская область).

2 отделение (УССР, Молдавская ССР, Крымская АССР).

3 отделение (БССР).

4 отделение (области РСФСР, Карело-Финская ССР).

5 отделение (Литва).

6 отделение (Латвия).

7 отделение (Эстония).

8 отделение (вербовка спецагентуры из числа заключенных лагерей).

9 отделение (учетное).

3 ОТДЕЛ:

Руководство.

Секретариат.

1 отделение (технической подготовки).

2 отделение (оперативное).

3 отделение (материально-технического снабжения). 1-й и 2-й отряды взрывников.

4 ОТДЕЛ:

Руководство.

Секретариат.

1 отделение (Д).

2 отделение (ТН);

3 отделение (подготовки).

4 отделение (материально-техническое).

Отдельная рота саперов.

Штаб истребительных батальонов и партизанских отрядов (15 человек по штату):

Руководство.

1 отделение (истребительные батальоны).

2 отделение (партизанские отряды).[32]

Таким образом, всю войну Павел Анатольевич руководил партизанскими и разведывательно-диверсионными операциями в тылу немецко-фашистских войск,

германского посла. В ходе судебного разбирательства, длившегося целый месяц, Павлов и Корнилов категорически отрицали свою вину, в то время как Абдурахман и Сулейман ее подтверждали. В результате суд признал всех обвиняемых виновными. Сотрудники советских учреждений были приговорены к 20 годам заключения каждый, а студент и парикмахер «схлопотали» по 10 лет (в августе 1944 года Павлов и Корнилов были освобождены из тюрьмы и возвратились в Москву).

Вдобавок, к неудавшемуся покушению, 3 мая 1942 года сотрудник резидентуры Разведупра РККА в Анкаре И. Ахмедов обратился к турецким властям с просьбой о политическом убежище. Предатель рассказал туркам все, что знал о работе резидентур ГРУ и И НО НКВД в Турции, выдал двух нелегалов и пояснил причину того, почему фон Папен остался жив. Оказалось, что уровень подготовки Токката был крайне низок. Боевик слишком рано снял предохранитель бомбы, в результате чего взорвался сам. «Ему бы камнями бросаться, а ему взрывное устройство всучили», — хихикал предатель.

Неудачная операция по ликвидации фон Папе на вызвала гнев Сталина и Берии. Над головой Наума Эйгингона сгущались грозовые тучи. Павлу Судоплатову стоило великих трудов отстоять своего заместителя.