Одновременно с этим японцы предприняли попытку массовой заброски своей агентуры в Порт-Артур. Это были шпионы, работавшие на японскую военно-морскую разведывательную службу. Жандармский ротмистр Загоровский, обеспечивавший безопасность в крепости, доносил в Харбин начальнику Заамурского корпуса пограничной стражи генералу Чичагову следующее:

«Из потопленного у Голубиной бухты брандера удалось высадиться и проникнуть в крепость переодетым японским шпионам, скрывшимся в городе, а по ночам с окрестных высот устраивавшим сигнализацию с неприятельской эскадрой. Две ночи это замечалось. Сигналы подавались фонарем с разных мест и даже между домом коменданта крепости и интендантскими складами. Приняты энергичные меры к задержанию виновных. Сообщается о задержании 20 человек, которые были пойманы при передаче неприятелю сигналов. Населению разъяснялась ответственность за шпионаж в военное время, и было дано поручение гражданскому комиссару объявить об этом и расклеить объявления на русском, китайском и английском языках».

Японская разведка уделяла особое внимание порт-артурским укреплениям еще до начала войны. Так, в феврале 1899 г. японский шпион был пойман прямо во время съемки порт-артурских укреплений. Особую опасность японский шпионаж приобрел в Порт-Артуре после того, как крепость блокировала японская армия. Позднее выяснилось, что наиболее важные секретные документы, как правило, добывали те вражеские агенты, которые находились на службе у российских чиновников, в семьях старших офицеров в качестве прислуги и домашних парикмахеров. Японских разведчиков было нелегко разоблачить, ибо они брались за любую работу, чтобы получить возможность собирать нужные сведения для Генерального штаба и морского ведомства. Так, известно, что подрядчиком по очистке нечистот в Порт-Артуре был не кто иной, как сам помощник начальника штаба осадной 3-й японской армии. Ежедневно «подрядчик», восседая на ассенизационной бочке, совершал многочасовые поездки по городу, не забывая посетить самые укромные уголки крепости. Поэтому японский командующий генерал-полковник Маресуке Ноги был прекрасно осведомлен обо всех изменениях в системе русской обороны.

Резидентом японской разведки в Порт-Артуре был профессиональный наемник, называющий себя Рафаэлем де Ногалесом. Он утверждал, что еще подростком участвовал в испано-американской войне. Официально этот авантюрист представлялся как совладелец фирмы, торгующей швейцарскими часами. Это позволяло ему контактировать со всеми слоями порт-артурского общества. Одним он предлагал великолепные швейцарские хронометры по весьма умеренным ценам, другим охотно давал под небольшой процент взаймы деньги, третьи были распространителями его товара. Его клиентами были офицеры порт-артурского гарнизона и эскадры. Ногалеса охотно принимали в домах военных руководителей и высшего гражданского чиновничества Порт-Артура. Особо доверительные отношения у него сложились со штабными и интендантскими офицерами и чиновниками. Все они являлись его невольными информаторами, а кроме того, ему подчинялась широкая сеть японских шпионов из китайцев и корейцев, проживающих в Порт-Артуре.

Самой значительной фигурой среди японских шпионов был старый китаец Лин. Он долгое время успешно работал на японскую разведку. Контейнером для переноски шпионских сведений ему служили золотые зубы. Как правило, Лин записывал добытую информацию и рисовал схемы местности с помощью лупы на маленьких кусочках пергамента, а затем скатывал их в шарики размером с булавочную головку и вкладывал в один из зубов, который потом заделывал воском. Он был пойман во время неожиданной облавы в осажденном городе. Содержимое его вставных зубов было обнаружено совершенно случайно. Лин понес наказание по законам военного времени.

Много японских шпионов оказалось среди переводчиков — китайцев и корейцев, работавших в порт-артурской администрации и вольнонаемными в гарнизоне. 18 сентября 1904 г. российский министр внутренних дел князь Святополк-Мирский доверительно информировал наместника на Дальнем Востоке адмирала Алексеева о следующем: «Пребывающий в Санкт-Петербурге корейский посланник уведомил, что ему доподлинно известно, будто бы подкупленные Японией корейцы и переодетые в корейские платья японцы занимаются разведками в пределах империи и в местах расположения наших войск на Дальнем Востоке; при этом названный посланник высказал, что, в видах предупреждения злонамеренных замыслов означенных лиц, было бы, быть может, целесообразным направлять для определения их личности подозрительных корейцев во Владивосток к начальству корейской общины в этом городе, заслуживающему, по мнению посланника, полного доверия».

Порт-артурская контрразведка проделала определенную работу по повышению бдительности среди гражданского населения, солдат, офицеров, матросов и особенно пограничных стражников. Это во многом ослабило разведывательный потенциал противника. Однако все же следует признать, что эффективность деятельности японских шпионов и кадровых разведчиков в Порт-Артуре и Маньчжурии оказалась достаточно высокой. Во время войны на российском Дальнем Востоке, и в частности в Порт-Артуре, оказалось большое число авантюристов, спекулянтов, жуликов и просто проходимцев, которые слетелись сюда в расчете на легкое обогащение. «Тут были и бывшие сахалинцы, отбывшие свои сроки наказания, беглые каторжники, проживавшие по чужим или поддельным документам, тут были и евреи, кавказцы, греки, турки, армяне, немцы, французы, англичане и другие народности, которые занялись всевозможными делами и не брезговали никакими средствами для своей наживы… Из Шанхая, Тяньцзиня через Инкоу и Синминтин к нам легко проникал контингент людей самых неблагонадежных, и неудивительно, что среди этих иностранцев-авантюристов было и немало японских шпионов», — писал заведующий жандармско-полицейским надзором Маньчжурской армии Отдельного корпуса жандармов подполковник Шершов. Из этого криминального и полукриминального элемента японская разведка вербовала кадры шпионов и диверсантов.

Высшее японское командование понимало, что без уничтожения русского Тихоокеанского флота невозможно решить исход Русско-японской войны. Наличие боеспособной русской эскадры было серьезным препятствием для развертывания сухопутной японской армии, массовой высадки японского десанта и перенесения активных военных действий на материк, в Маньчжурию. Между тем попытка блокировать на внутреннем рейде порт-артурскую эскадру с помощью брандеров и минных постановок не удалась. После того как командование эскадрой принял энергичный и талантливый флотоводец С. О. Макаров, задача разгромить и уничтожить ее в морском сражении представлялась весьма проблематичной. Оставался чисто самурайский путь, не требующий большого напряжения сил и средств. Было решено убрать командующего русским Тихоокеанским флотом. Однако С. О. Макаров проводил практически все время на кораблях эскадры, и совершить террористический акт силами многочисленной японской агентуры во время короткого пребывания его в Порт-Артуре было практически невозможным. Оставался единственный путь — уничтожить командующего русским флотом вместе с флагманским кораблем. Физическое устранение наиболее талантливых полководцев и офицеров противника входило в стратегию и тактику войны японского Генерального штаба.

Гибель броненосца «Петропавловск» и адмирала Макарова до сих пор остается загадкой Русско-японской войны. Любая спецслужба стремится не оставлять следов своей деятельности. Особенно если речь идет о террористических актах, физическом устранении того или иного лица. Однако есть все основания полагать, что японским спецслужбам удалось решить эту задачу. Безусловно, агентурные данные о постоянных курсах русской эскадры во время выхода ее из порт-артурской гавани и возвращении обратно, эволюциях, совершаемых при крейсерстве, расположении заградительных минных полей, береговых батарей и прожекторных установок позволили японским штабным специалистам достаточно точно рассчитать место постановки минной банки на пути русского флагмана. Разведывательные данные не вызывали сомнения у японского военного командования, ведь их готовили профессионально подготовленные разведчики из числа офицеров японского флота и Генерального штаба. Не было сомнений и в том, что вице-адмирал Макаров будет находиться на флагманском броненосце и лично вести эскадру.