Выявившееся во время Крымской войны техническое отставание отечественного военно-морского флота активизировало деятельность военно-морской разведки. С конца 1830-х гг. она велась морскими агентами при русских посольствах за рубежом. Кроме того, для ведения разведки привлекались офицеры флота, направлявшиеся за границу для наблюдения за постройкой заказанных Россией кораблей и изучения опыта иностранных флотов. Разведку вели также русские офицеры-волонтеры на службе в экипажах военных судов зарубежных государств.
В 1903 г. в целях создания особого органа, который бы отвечал за разработку и составление планов войны на море, была произведена реорганизация Главного морского штаба. Морской ученый комитет штаба был разделен на две части: Распорядительную-учебную часть и Стратегическую. В Стратегической части было учреждено Оперативное отделение, которое, в том числе, должно было обеспечивать организацию и ведение разведки флотов иностранных государств. Периферийную разведку организовывали и вели штабы морских сил Балтийского, Черного морей и Тихоокеанского флота. С этой целью, например, использовались корабли-стационары, которые постоянно находились на стоянке в одном из иностранных портов. Суда-стационары с конца XIX в. и вплоть до начала Первой мировой войны находились в ряде портов Европы, Китая и Кореи. На Востоке, в частности, предпочтение отдавалось Шанхаю. В этом городе находился особый район, созданный для проживания иностранных подданных и не подлежащий юрисдикции местных властей, поэтому порт посещали военные корабли многих стран.
С выделением в 1863 г. военной разведки в особый вид деятельности вооруженных сил МИД перестал быть основным в России организатором сбора разведывательной информации военного характера за границей. Тем не менее, Министерство иностранных дел России продолжало активно использовать «политические сношения» с иностранными государствами для добывания секретной информации. Сведения политического, экономического и военного характера поступали из-за границы в Канцелярию МИД, а оттуда — в Азиатский департамент и Департамент внутренних сношений.
С 1892 г. в Канцелярии сосредоточивалась вся переписка МИД с миссиями за границей и с иностранными державами, а также переписка между подразделениями МИД внутри империи. В ведении Азиатского департамента находились дела, касающиеся Востока, всех азиатских стран, Дальнего Востока и Африки. Департамент внутренних сношений занимался делами Западной Европы и Западного полушария. Наряду с центральными установлениями МИД существовал заграничный департамент внешних сношений. В его состав входили посольства России в великих державах (Австро-Венгрии, Англии, Германии, Италии, США, Турции, Франции и Японии), миссии во всех остальных странах, с которыми имелись дипломатические отношения, генеральные консульства, вице-консульства и консульские агентства. За рубежом организация изучения страны пребывания возлагалась на главу дипломатического представительства. Такая работа велась часто негласными способами с использованием тайной агентуры.
В целях повышения обороноспособности страны в 1862 г. военный министр Д. А. Милютин приступил к постепенному реформированию местного военного управления на основе создания военных округов. Новая система должна была устранить чрезмерную централизацию и способствовать быстрому развертыванию армии в случае войны. Военные округа создавались постепенно, начиная с 1862 г. и вплоть до 1906 г. Введение окружной системы военного управления привело к созданию специальных органов военной разведки в штабах военных округов, которые приступили к организации и ведению разведки вооруженных сил государств, граничащих с территорией округа. Органы разведки в округах и подчиненных им соединениях комплектовались офицерами Генерального штаба (выпускниками академии Генерального штаба)[616].
В каждом армейском корпусе было четыре должности Генерального штаба: начальника штаба, старшего адъютанта и двух офицеров для поручений. В дивизии, в свою очередь (стрелковой, пехотной, кавалерийской, казачьей), было по две должности Генерального штаба — начальника штаба и старшего адъютанта. В управлении каждой отдельной бригады была предусмотрена одна должность офицера Генерального штаба — начальник штаба. По две должности офицеров Генерального штаба имелось и в штабах крепостей. Предполагалось, что офицеры на должностях Генерального штаба в штабах соединений должны организовывать и вести разведку, включая тайную агентурную, но на практике агентурная разведка велась лишь в редких случаях. Штабы военных округов в приграничных округах (Варшавском, Виленском, Киевском, Кавказском) состояли из трех управлений: Управления генерал-квартирмейстера, Управления дежурного генерала и Управления начальника военных сообщений. В остальных округах они состояли из двух управлений: Строевого управления и Мобилизационного.
Организация разведки сопредельной стороны и сбор разведывательной информации вменялись в обязанность Отчетным отделениям Управлений генерал-квартирмейстеров штабов военных округов. Отчетные отделения возглавлялись офицерами Генерального штаба в должности старшего адъютанта. Координацию разведывательной работы штабов военных округов осуществлял фактически Генеральный штаб. Между штабами военных округов и центральными органами военной агентурной разведки не существовало четкого разграничения обязанностей по ведению разведки за рубежом. Отсутствовала налаженная система обмена разведывательной информацией и оперативного взаимодействия. Разведывательные органы штабов военных округов при организации разведки командировали на проведение рекогносцировок под тем или иным предлогом или прикрытием офицеров Генерального штаба, иногда привлекали к тайному сотрудничеству иностранцев. В ряде стран Ближнего и Среднего Востока активно использовали негласных военных агентов, — работавших на консульских должностях. Кроме того, в отдельных случаях штабы военных округов направляли за рубеж негласных агентов, которые добывали порой важные разведывательные сведения, включая секретные документы.
По данным Главного штаба наиболее активно и результативно разведка велась в Киевском и Варшавском округах в отношении наиболее вероятных противников — Германии и Австро-Венгрии. Активно велась разведка в Кавказском военном округе против давних противников России — Турции и Персии. В этих округах широко использовалась зарубежная агентура из числа иностранцев, которая добывала весьма важные секретные документы. Много полезной информации поступало в Главный штаб из Туркестанского военного округа. Здесь, в силу специфики региона, разведка велась в основном средствами наблюдения и использованием осведомителей, так как во многих случаях документальных материалов по интересующим разведку вопросам просто не существовало. Штаб округа непрерывно отслеживал обстановку в регионе, оперативно докладывал о полученной разведывательной информации, налаживал взаимодействие с представителями МИД России в Азии. В остальных округах разведка велась менее активно и без особого эффекта. Работа с тайной агентурой зачастую подменялась проведением рекогносцировок офицерами-разведчиками. Военная разведка на Дальнем Востоке замыкалась на наместника царя, в результате чего разведывательные сведения из этого региона в Петербург почти не поступали.
Частью военной реформы стало укрепление границ Российской империи. С момента своего формирования пограничная стража имела очень серьезный недостаток. Если на суше стражникам довольно легко удавалось справляться с нарушителями границы, то на море контрабандисты действовали совершенно беспрепятственно. Личного состава пограничной стражи едва хватало для охраны всей прибрежной полосы, особенно на Балтике. Масштабы контрабанды здесь, главным образом из Восточной Пруссии и Швеции, приняли поистине катастрофические размеры. В 1868 г по распоряжению Александр II для усиления охраны морских рубежей была учреждена Балтийская таможенная крейсерская флотилия. На флотилию возлагалась охрана границы «в таможенном, карантинном, политическом и полицейском отношениях». Организационно флотилия входила в состав Балтийского флота, одновременно подчиняясь, как и все прочие подразделения пограничной страже, Таможенному управлению Министерства финансов.
