Весной 1940 года Бандера созвал второй так называемый «великий сбор» ОУН, на котором подавляющее большинство составляли бандеровцы. На этом сборище Мельник официально был отстранен от руководства ОУН и исключен из ее состава, а Бандера объявлен «вождем» оуновской организации. Так в оуновском подполье образовалось два течения, существующие до настоящего времени, — бандеровское и мельниковское, каждое со своими центрами: центральным «проводом» ОУН бандеровцев и центральным «проводом» ОУН мельниковцев.

После раскола ОУН Бандера стал действовать еще активнее. Он усилил засылку эмиссаров в западные области Украины с тем, чтобы создавать там подпольные организации, подчиненные ему, а не Мельнику. Перед эмиссарами ставилась задача собирать шпионские сведения для германской разведки, готовить вооруженное восстание против Советской власти, организовывать диверсионную, террористическую и иную вражескую деятельность оуновского подполья. По заданию и при помощи немецко-фашистской разведки Бандера в течение короткого времени, за февраль — март 1940 года, перебросил через границу СССР в западные области Украины значительное количество специально отобранных им оуновцев.

В марте 1940 года органами государственной безопасности была проведена вторая операция, в ходе которой арестовано 165 активных участников ОУН, в том числе руководящий состав Львовского краевого «провода» и ряд главарей окружных, уездных и надрайонных «проводов» ОУН.

В связи с арестом главарей львовского краевого «провода» в конце марта 1940 года краковский центр нелегально перебросил в гор. Львов новый состав краевого «провода», который создал «штаб» по организации вооруженного восстания. Этот «штаб» оуновского подполья также был выявлен и ликвидирован органами государственной безопасности в 1940 году.

Благодаря агентурно-следственным мероприятиям, проведенным по делу участников львовского краевого «провода», были выявлены и ликвидированы оуновские организации в Ровенской, Станиславской и Дрогобычекой областях, областные и окружные центры ОУН, вскрыта так называемая «женская сетка» оуновской организации, участницы которой широко использовались в качестве связников между главарями и низовыми звеньями ОУН.

После ареста второго состава львовского краевого «провода» ОУН закордонный центр вновь перебросил во Львов своих эмиссаров и опять восстановил Львовский краевой «провод», просуществовавший до сентября 1940 года.

Львовский краевой «провод» восстановил областные и окружные организации и их центры, возобновил связь с уездными, районными и сельскими организациями ОУН и развернул работу по сбору шпионских сведений для немецко-фашистской разведки и подготовке вооруженного восстания.

Следует сказать, что, начиная с 1939 года, германская военная разведка «Абвер» стала особенно настойчиво требовать от краковского центра ОУН шпионских сведений о Советском Союзе и активизации вражеской деятельности националистического подполья на Украине.

В целях усиления шпионской деятельности оуновцев «Абвером» был создан в гор. Кракове специальный разведцентр. По показаниям работавшего в нем сотрудника «Абвера» Паулюса, разведцентр имел задание организовать сбор разведывательных сведений по всем областям Украины, используя для этой цели как бандеровцев, так и мельниковцев, засылать с их помощью агентуру на советскую территорию и подготовить вооруженное восстание на Украине.

В тех же целях «Абвер» использовал и реакционное униатское духовенство.

Бандера и представитель мельниковцев Сушке усиленно подбирали наиболее подходящих лиц из числа украинских националистов для заброски их на советскую территорию. Сначала эти лица направлялись в специально созданные разведпункты, замаскированные под лагери; там под руководством германских офицеров они проходили специальный курс обучения, а затем перебрасывались на советскую территорию. В целях подготовки подпольных организаций на Украине к вооруженному восстанию, по указанию своего зарубежного центра бандеровцы усиленно создавали на территории УССР вооруженные группы, запасались оружием.

Арестованные главари оуновского подполья показали, что вооруженное восстание приурочивалось к осени 1940 года, когда ими ожидалось военное нападение фашистской Германии на Советский Союз. Во всех организациях ОУН были выделены специальные разведчики, которые вели наблюдение за зданиями, где размещались воинские части и органы государственной безопасности, а также проведены другие мероприятия по подготовке к восстанию. В тех же целях оуновское подполье уделяло особое внимание националистической обработке молодежи, особенно учащихся. По всей «периферии» львовского краевого «провода» были созданы молодежные (юнацкие) организации и группы ОУН, задачей которых являлось ведение националистической пропаганды среди учащихся и подготовка наиболее подходящих из них к вербовке в оуновские организации. Участники этих молодежных оуновских организаций широко привлекались в качестве связников, разведчиков, распространителей вражеских листовок и т. п.

В целях пресечения подрывной деятельности оуновцев органы государственной безопасности провели ряд операций по ликвидации подполья, в результате чего в сентябре 1940 года был ликвидирован третий состав львовского краевого «провода», арестован ряд главарей областных и окружных организаций, связников, содержателей явочных и конспиративных квартир и других активных участников бандеровского подполья. Связь бандеровцев во многих местах была нарушена, техника захвачена, подполье дезорганизовано.

После этого в октябре 1940 года оуновцы создали во Львове новый, четвертый по счету, центр для ведения шпионской и иной подрывной работы на территории западных областей УССР.

В конце осени 1940 года оуновцы усилили террористическую деятельность против партийно-советского актива. В западных областях Украины был совершен ряд террористических актов против местного сельского актива. В целях пресечения террористической деятельности оуновских организаций и дальнейшего разгрома националистического подполья, в декабре 1940 года в западных областях Украины были подготовлены и проведены новые крупные чекистские операции по изъятию главарей и активных участников ОУН. Во время этих операций было арестовано свыше 1000 оуновцев, в том числе член львовского краевого «провода», главарь львовской городской оуновской организации, курьеры, связники, содержатели конспиративных и явочных квартир и другие активные оуновцы.

Агентурными и следственными данными, полученными органами государственной безопасности, было установлено, что оуновское подполье по указанию закордонных центров занималось главным образом подготовкой вооруженного выступления, намечавшегося на весну 1941 года.

Агентура органов государственной безопасности сообщала, что подполье ОУН приводит в боевую готовность свои организации. Это было подтверждено и показаниями арестованных оуновцев. Оуновцы заготовили большое количество антисоветской литературы и листовок, разработали разные инструкции, мобилизационные планы и другие документы, в которых содержались основные установки по вопросам вооруженного выступления.

С октября 1939 по апрель 1941 года органами государственной безопасности в западных областях Украины был вскрыт ряд широко разветвленных подпольных антисоветских организаций и групп украинских националистов, арестовано большинство участников этих организаций, у которых изъято значительное количество оружия, боеприпасов, печатной техники. С целью подрыва пособнической базы националистов были выселены семьи активных оуновских нелегалов. Однако полностью ликвидировать оуновское подполье в западных областях Украины к началу нападения фашистской Германии на Советский Союз не удалось.

В июне 1941 года, в момент нападения фашистской Германии на Советский Союз, в ряде районов западных областей оуновские банды, которые не удалось ликвидировать органам государственной безопасности, хотя и не смогли организовать массовых вооруженных выступлений, но нападали на работников чекистских органов, военнослужащих Советской Армии, партийных и советских активистов и убивали их из-за угла.